在内炼方法方面，作者总结了前人的内炼经验和方法，提出了“筑基炼己”、“炼精化炁”、“炼炁化神”、“炼神还虚”、“炼虚合道”等五个阶段的内炼过程，并详细阐述了每个阶段的修炼方法和步骤。其中，“筑基炼己”阶段主要是通过调整饮食、呼吸、心态等来净化身体和内心；“炼精化炁”阶段主要是通过内丹术、按摩、导引等方法来激发身体的能量；“炼炁化神”阶段主要是通过冥想、观想等方法来提升内在的精神力量；“炼神还虚”阶段主要是通过禅定、内观等方法来达到身心合一的境界；“炼虚合道”阶段主要是通过修炼自然、无为等方法来达到与道合一的境界。
可以说《性命圭旨》是一本系统阐述道教内炼理论和方法的书籍，它指导无数人的修行。但我今天仍然要指出这本书其实属于旁门左道。主要原因是作者的境界不够，虽然对修行有一定的理解，但是没有达到根本上的开悟。因此搞了一个很复杂的道学，把简单的东西复杂化了，明明修行，只需修心。他却区分内外，搞出了五个步骤。就像现在中医学校教学生学中医，他们让医学生学习每个病的治疗方法就是把中医简单的东西给复杂化，其实中医治疗对应调理的是人体阴阳、表里、寒热、虚实八纲辩证，而不是对应治疗成千上万种疾病。
所以我告诉你，不要看到古书就觉得好，听到别人讲什么修行方法，就觉得高明。必须结合自己的实修去体会，才能明辨是非真假。”道士讲完后，等刘莲领会。
“师父，既然你说这些书都是旁门左道，为什么会流传到今天？古人难道无法分辨是非吗？”
“现代人难道无法分辨是非吗？为什么现在的中医教材是会变成这个样子？今天我要告诉你一个道理，就是‘反者道之动’。正理在人世间是行不通的，人世间用的都是反理，所以说‘反者道之动’。道的本质是恒常不变不动，也就是宇宙规律，作为标准是不会变动的。但是宇宙从无到有的时候，宇宙处在运动变化之中，人们也对宇宙的认知也在变化中，反映出来就是大家有不同的认知，对事物的对错，各有各的评判标准。能分清是非正反的合道者是非常少的。”道士说完，沉默不语。
刘莲把道德经翻到第四十章，原文“反者道之动，弱者道之用，天下万物生于有，有生于无。”刘莲心想，宇宙未生就是无，无是不动的，当无变为有的时候，就是反者道之动，因为‘有’相对于‘无’是反者。相对来说，无强过有。有为弱的一方，也就是说，宇宙中有形有相的能量是弱于无形无相的暗能量。道借助有而产生作用，暗能量借助有形有相的物体产生作用，就是‘弱者，道之用‘’。在道的作用下，万事万物产生，在暗能量的参与下，时时处于变化和运动当中。所以道是隐藏在有形的事物之后，人们难以察觉到的，同理人的认知也可能是错的！
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