后来又奉命南下川康边作战，经过血战百丈关后，任红四方面军兵站部站长。1936年再次随军北上，历经三过雪山草地的考验，于1936年10月离开四川，到达甘肃与一、二方面军实现了三军大会师。接着又被编入西路军，任西路军总部四局局长，参加西征作战。1937年1月，他率少数作战部队掩护西路军总后勤部，被敌骑兵分割包围于甘肃临泽。他率部坚守，苦战数日，终于突出了重围。西路军失利后，他历经九死一生才回到了延安。 1937年11月，任八路军129师独立支队司令员。这期间，日军占领了太原，对附近地区不断进行扫荡，烧杀抢掠，无恶不作。他虽为司令员，但却经常孤身杀敌，还腰插菜刀，夜闯太行山下小根村日寇炮楼，当地人传说他像走亲戚一样就炸飞了炮楼，人们又给取个绰号名“秦大胆”。
1938年1月4日，日军扫荡祁县阎漫村，杀害村民23名，奸污妇女40多人；2月13日，日军占领平遥县城，屠杀城内居民1000多人；3月30日，日军在太谷制造了惨绝人寰的‘二·一八惨案’，杀害群众290多人，3名妇女被轮奸致死，烧毁房屋1300多间……噩耗一个接一个传来，在秦支队引起了极大的震动。受害者的血泪控诉，让他怒火中烧，他是个血性汉子，向来勇武刚烈，在太行山下，八路军的秦支队已是家喻户晓，岂容侵略者如此猖狂？然而又不能轻易出战。国民党精兵利炮，整师整军，都挡不住日本人的进攻，他秦支队仅数千人，武器低劣，弹药奇缺，如果主动出击，会暴露实力，吸引敌人注意力，招致疯狂报复。不能强攻，那就智取。
于是，一场全方位的摸敌情、查动向、跟踪敌伪零星分队的活动展开了。他严令参谋处、敌工站和各县区游击队负责人，务必于近期内掌握为日本人带路、帮凶的罪大恶极的汉奸及日军零散分队的行踪。一切准备就绪，仙终于大开杀戒了。4月2日晚上，太原东南半壁河山度过了惊心动魄的一夜。十个县的军民一起行动，协助秦支队派出的捕俘队，一夜之间杀了100多个罪大恶极的汉奸，所有被杀的汉奸尸体上都有一张标语：凡给日军通风报信带路者均同此下场。落款是八路军秦支队。接着，在秦支队的辖区内，70余个日伪军据点又同时遭到袭击，260多名汉奸被杀，日军官兵也死伤惨重。此一招，震惊了日本人的魂，吓破了汉奸的胆，敌占区内一片恐慌，日伪军不敢出门了。
1940年6月，他调任129师新编第11旅副旅长，率部参加了百团大战。这个时期，他痛楚地认识到了没有文化的悲哀，也是因为当年在学校里打架丢了学籍，成为他十分遗憾的往事，于是他发奋学习，坚持每天写日记，常常对着镜子练演讲，终于成为一个既有赫赫战功，又有较高文化素养和颇有艺术细胞的军事将领。此后他历任晋冀豫军区第一分区司令员，129师新编11旅副旅长、太行军区第一军分区司令员兼地委书记，太行军区参谋长、太行纵队第五支队司令员等职，成为威震太行山区的着名战将。
真正让世界为之震惊、对他另眼相看的，却是那场惊心动魄的上甘岭战役。1952 年 10 月 14 日至 11 月 25 日，这短短的 41 天，却成为了抗美援朝战争中最为惨烈、最为惊心动魄的一场战役，同时也被誉为世界军事史上着名的防御战例。
在这场残酷的战斗中，中国人民志愿军展现出了无比顽强的意志和卓越的战术智慧。他们以坚韧不拔的毅力，死死地守住了阵地，抵挡住了以美军为首的“联合国军”如潮水般的疯狂进攻。这场战役的激烈程度超乎想象，双方都付出了巨大的代价，但最终，志愿军成功地守住了上甘岭，创造了战争史上的一个奇迹。而创造这个奇迹的人，正是当时担任志愿军军长的秦军长。他以其卓越的指挥才能和果敢的决策，带领着志愿军战士们在枪林弹雨中奋勇拼搏，最终取得了这场战役的胜利。
1952 年，朝鲜战争进入了相持阶段，双方在“三八线”附近展开了一场漫长而艰苦的拉锯战。上甘岭，这座位于朝鲜中部金化郡五圣山南麓的战略要地，成为了志愿军防御体系中的关键要点。美军为了打破这种僵局，决定发动一场名为“摊牌行动”（Operation Showdown）的大规模进攻，企图一举夺取上甘岭，从而对志愿军的防线构成严重威胁。
在第一阶段，美军犹如饿虎扑食般，调集了多达 6 万余人的庞大兵力，配备了 300 余门威力惊人的火炮，以及 170 多辆枪打不穿的坦克。在飞机的掩护下，他们气势汹汹地对上甘岭的 597.9 高地和 537.7 高地发起了猛攻。
面对如此强敌，秦军长毫不畏惧，他镇定自若地指挥着 15 军，与 12 军紧密配合，顽强地抵御着美军的猛烈攻击。在这场惊心动魄的战斗中，表面阵地几经易手，双方都付出了巨大的代价。尽管美军攻势如潮，我军依然坚守阵地，寸土不让。最终，由于敌强我弱，我军不得不转入坑道作战，以保存实力，等待反击的时机。
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