邴原本就擅长饮酒，但自从外出游学后，八九年间滴酒不沾。他独自背着书箱，徒步前行，一路辛苦求学。在陈留，他拜韩子助为师；在颍川，他尊崇陈仲弓；在汝南，他与范孟博结交；在涿郡，他亲近卢子干。临别时，师友们知道邴原不喝酒，便准备了米肉为他送行。邴原说：“我本来是能喝酒的，但因为担心喝酒会荒废学业，所以才戒掉了。如今要与大家远别，承蒙你们为我饯行，那我就喝一次吧。”于是，大家一起围坐饮酒，邴原一整天都没有喝醉。回到家乡后，邴原把信归还给孙崧，并解释了没有使用这封信的原因。
后来，邴原被郡里征召，担任功曹主簿。当时，鲁国的孔融正在北海郡任职，他下令选拔能够担任公卿的人才，于是任命郑玄为计掾，彭璆为计吏，邴原为计佐。孔融有一个很宠爱的人，他常常对这个人赞不绝口。后来，这个人让孔融失望了，孔融一怒之下想要杀掉他，朝中的官吏们纷纷为其求情。当时，这个人也在座，他叩头至流血，可孔融依旧没有消气。唯独邴原没有为他求情。孔融问邴原：“大家都为他求情，为什么只有你不说话？”邴原回答道：“明府您原本对他不薄，还常常说年终时要举荐他，就好像把他当作自己的儿子一样。如此一来，朝中官吏受您的恩宠，没有谁能超过他。可如今您却要杀他。您喜欢他的时候，就把他当作儿子一样对待；厌恶他的时候，却要置他于死地。我实在愚笨，不明白您到底是为什么喜欢他，又为什么厌恶他。”孔融说：“他出身低微，我成全了他和他的兄弟，提拔重用他。可他现在却辜负了我的恩情。对于这种人，善良就举荐，作恶就诛杀，这本就是为君之道。以前应仲远担任泰山太守时，举荐了一个孝廉，可没过多久就把他杀了。做君主的，对人的态度哪有一成不变的呢！”邴原反驳道：“仲远举荐孝廉，却又杀掉他，这有什么道义可言？孝廉是国家精心选拔的优秀人才。如果举荐他是对的，那么杀掉他就是错的；如果杀掉他是对的，那么举荐他就是错的。《诗经》中说：‘那个人啊，不能善终。’这就是在讽刺这种行为。俗话说：‘喜欢他就希望他活着，厌恶他就希望他死掉。既希望他活，又希望他死，这就是糊涂啊。’仲远糊涂到了极点，明府您又何必效仿他呢？”孔融听后，大笑道：“我只是开个玩笑罢了！”邴原又严肃地说：“君子说话，要从自身出发，影响百姓。言行是君子立身的关键，哪有把杀人当作玩笑的道理呢？”孔融无言以对。
当时，汉朝逐渐衰落，朝政腐败，官员们靠贿赂办事。邴原见状，便带着家人再次前往郁洲山中。郡里又举荐他为有道之士，孔融写信劝说他：“你修养品性，保持贞洁，清高自守，不去危险的邦国，长久隐居在安乐之地。如今王室多难，天子西迁到镐京。圣明的朝廷求贤若渴，四处寻访有才德的人。我奉命前来求贤，诚恳地希望你能出山相助。国家即将倾覆，寡妇都知道担忧；家庭即将破败，缇萦都能挺身而出。她们不过是普通女子，都能坚守这样的道义。我实在希望你能以仁爱为己任，伸出援手，拯救百姓于危难之中。可你却悠闲地安居不出，对国家的危难不管不顾，难道君子就是这样的吗？根矩啊根矩，你可以出山了！”邴原看了信后，便前往辽东。
辽东地区老虎肆虐，危害百姓，可唯独邴原居住的村落没有虎患。有一次，邴原在路上捡到别人遗失的钱，他把钱系在树枝上。没想到，这钱不仅没人来取，后来系钱的人反而越来越多。邴原询问原因，有人告诉他这棵树被当作神树。邴原很厌恶因为自己而形成这种不合礼制的祭祀，便向众人解释清楚，于是村民们把这些钱收集起来，用作祭祀土地神的费用。
后来，邴原想要回到家乡，在三山停留。孔融得知后，写信给他：“当年随会在秦国，贾季在翟国，他们都无处寻求依靠，令人叹息不已。不久前得知你来到三山。《诗经》里说：‘从镐京归来，我已长久在外奔波。’如今我派五官掾前来问候，慰问你旅途的辛劳，希望你告知我你的近况，让我安心。如今祸乱不止，拥兵自重的豪强们如同下棋争胜一般争斗不休。”邴原看完信后，便又返回辽东。就这样过了十多年，他才偷偷回到家乡。他已经向南走了好几天，公孙度才发觉他离开了。公孙度知道再也追不上邴原，感叹道：“邴君就像云中的白鹤，不是那些捕捉鹌鹑、燕雀的网所能网住的。况且是我自己放他走的，就不要再去追寻了。”邴原因此免去了危难。
回到家乡后，邴原致力于讲述礼乐制度，诵读诗书经典，他的门徒有数百人，其中有数十人对他所传授的道义深信不疑，身体力行。当时，郑玄学识渊博，见闻广泛，注解了很多经典典籍，因此吸引了众多儒雅之士。邴原也凭借着高远的志向、清白的品德，保持着淡泊的心境，说话谨慎，行为端正，所以很多杰出的人才都前来归附他。当时，天下的清议之士都说青州有邴、郑两家的学问。
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