但自我怀疑归自我怀疑，康熙该做的事情还是要做的，在看了一眼奏折以后，康熙将西北有战功的年羹尧提拔为川陕总督，之后，康熙立刻派遣将领去镇压朱一贵的起义军。
此时，台湾的朱一贵义军却陷入了内斗。
事情是这样的，随着起义军节节胜利，台湾被起义军占领了，朱一贵的手下们立刻开始出馊主意，就说大家跟着你打天下需要一个名分，劝朱一贵称王。
朱一贵本来就是农户出身的，确实也没怎么读过书没什么见识，于是朱一贵答应了称王。在打下了台湾府城以后，整个台湾除了北部淡水以外，都已经由义军掌控，原本的台湾知府王珍也已经逃得不见人影了。于是，朱一贵由“大明中兴大元帅”称号改为“中兴王”，建元“永和”。这体现了朱一贵确实有短视的弱点，立足未稳时却选择称王，这排斥了台湾本地的士绅阶层，他们想要染指权力，但朱一贵急着称王分割权力，导致他们没拿到想要的——士绅阶层离心了。
当然，这其实也不是什么大事，自古以来的农民起义目标都是打碎旧王朝，也自然不一定要和士绅阶层合作！但朱一贵起义的问题最终还是出在内部。
此时义军仿佛形势大好，随着义军的节节胜利，内部的矛盾分裂就开始了，之前率部加入了起义军的杜君英开始想获得更大的权力。由于朱一贵没有儿子，杜君英居然提出了离谱的要求：“大王，既然你没有儿子，何不立我的儿子当太子？这样我们两家如一家，才有机会推翻清朝！”
杜君英也是个短视的人，台湾都没全部打下来，他就开始想天下了，并且提议自己儿子当别人家的太子，这种话简直是滑稽。朱一贵虽然没有什么文化，却也直接拒绝了杜君英：“我朱一贵虽没什么学识，但也知此等事不可胡来。你莫要再提这荒唐要求，好好与我一同对抗清军才是正理。”杜君英见朱一贵拒绝，心中大为不满，表面上应承着，可暗地里却开始谋划。他联合了一些同样对朱一贵心怀不满的将领，打算伺机而动。而朱一贵这边，并未完全意识到内部的危机，依旧忙着部署防御清军的事宜。
此时，被派来镇压起义军的清军将领已率领大军逼近台湾。清军的逼近并没有让起义军内部的矛盾暂时被搁置，杜君英在寻找着新的机会。在一次与清军的小规模冲突中，杜君英故意拖延战机，导致义军损失惨重。朱一贵得知此事后，怒不可遏，他决定彻查此事，而这一查，也让杜君英的阴谋逐渐浮出水面…
杜君英立马率部逃亡出走，这让义军的战力受到了极大削弱。清朝派来的将领也不是弱者，康熙亲自点将，派遣的是福建水师提督施世骠、南澳总兵蓝廷珍，带领着精锐的水陆大军逼近。6月16日清军从鹿耳门登陆，却立刻听说了起义军内部杜君英的叛逃消息。
施世骠明白镇压朱一贵起义还是要拉一派打一派，于是施世骠立刻派人去找杜君英了。杜君英脱离了朱一贵以后正愁没办法洗白呢——他自视甚高，认为朱一贵离开了他就成不了大事（虽然事实如此，起义军实力被削弱，就注定打不过了）。于是杜君英立刻和施世骠派来的手下见面了。
杜君英开门见山：“若我归顺朝廷，可继续为民否？”杜君英的姿态摆得很低，并没有依靠自己的势力要求当官，这让使者听着很舒心。使者道：“杜壮士若能归顺朝廷，协助朝廷平叛，莫说继续为民，朝廷定有重赏。只要你能劝降部分叛军，或在战场上立功，加官进爵也并非不可能。”杜君英听后，心中一动，他本就为了权力，如今有此机会，自然不愿错过。当下便与使者商定了合作事宜，准备协助清军攻打朱一贵。
而朱一贵得知杜君英投靠清军后，又气又急，却也只能强撑着组织剩余义军抵抗。此时义军人心惶惶，战斗力大不如前。施世骠和蓝廷珍率领清军，在杜君英的指引下，对义军展开了猛烈攻击。朱一贵虽奋力抵抗，但在清军和杜君英的夹击下，义军节节败退。没过多久，朱一贵的起义军便被彻底镇压。
清军攻陷台湾府城，朱一贵退守沟尾庄。7月，朱一贵的部下杨旭、杨雄等叛变，设计灌醉朱一贵，将他交给了清军，朱一贵被俘，押送到京城等待斩首。
朱一贵只有一身蛮勇，知道自己难逃一死反而什么也不怕了。康熙在上朝时见到了这名噪一时的朱一贵。康熙虽然知道朱一贵起义事出有因，但作为皇帝在朝堂公审，必然还是要拿出该有的威严，康熙质问道：“你们口口声声说台湾官吏贪污腐败，为什么不选择向福建巡抚之类的大官检举？”
朱一贵不屑道：“狗皇帝你没点数吗？都到台湾做官了，哪个不是个顶个的混蛋？不是混蛋还不会被贬到台湾来呢！更何况，台湾是个孤岛，王珍让我们出海捕鱼都要给他钱才行，还跨过大海去找知府？我看你就是那啥…哦对，就是读书人说的，何不食肉糜！”
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