用军功授勋制来提升军队的作战能力和凝聚力并不是马仲英的一时之意，其时历朝历代都有一套完善的制度，例如朱元章开创大明就曾定下祖制，非军功不得授爵，但这种制度却又有一定的缺陷性，这便是袭爵制。
袭爵制就是指原有爵位的第一继承人承袭爵位，对于世子以外的其余继承人则减三等袭爵，这种制度令得大量不学无术的勋贵子弟可以躺在祖先的功劳簿上继承爵位和军职，导致了军队作战能力的急剧下降，楚军面前的满清政权就是最好的例子，入关才四十年不到，就从当初吹嘘的“满洲不及万，满万不可敌”，沦落到依靠绿营兵才能上战场得境地。
要保证楚军的战斗力，马仲英未的军功授爵制，就必须要吸取明朝和伪清的教训，为此，马仲英采用了秦朝的军功爵制，同时加入了勋章体系。
新的楚军军功爵制规定，士兵只要斩获旗兵一名，便可以升迁一级官位了。这旗兵还要看归属哪个旗，汉军旗和蒙军旗的旗兵只能升为副职，满八旗为正职，当然，斩获绿营兵同样能晋级，不过需要十名绿营才能抵一名汉八旗。
而且，马仲英还规定必须在将敌人俘虏或者杀死之后，将其首级带回，作为军功的证据。此外，凡行伍中人，不论出身门第，一律按照其所立军功的大小接受赏赐。
即便是高高在上的朱明和马家宗室，也必须遵循这一标准，宗室之人未立军功者便不得列入宗族的簿籍，不得拥有爵位，马仲英至今不给两个哥哥封爵，其目的就是为了给全军做一个表率。如果立功者战死疆场，那他的功劳还可以记在儿子或兄弟头上，这便是，一人立功，全家受益，但只限于当代。
此外马仲英还规定，伯爵以上者可袭爵三代，三代后，若无有军功，则逐代下降，比如李兴的封爵是赵国公，从他开始三代后，若没有足够的功勋，他重孙的爵位就要降为侯爵，第五代就降为伯爵，直至夺爵。
这样的军功爵制，为的就是安抚已经封爵的将左之心，同时让他们不放松对子嗣的教育。
至于勋章制度，马仲英则推出了，《楚军勋赏条例》，条例明文规定：“凡国之军人，对于国家建有勋绩或镇摄内乱立有勋绩者，均得颁给勋章。此外，非军事人员于战事建有勋功者，亦可颁给之。
按马仲英的设想，楚军勋章分为三等，主要根据士兵或者将官在战场上的表现颁布勋章，能制造出于国有利的武器，机械，对于国家有重大贡献的普通百姓、医疗人员乃是贩夫走卒，亦可以得到楚军勋章。
“待江南制造局建成后，先给孤打造一批金牌，分铜、银、金三种，不要太大，有这个圈大就可以了，上面刻上我楚军军旗，军旗下分别再刻上一等、二等、三等，待拿下武昌后，孤有大用。”
按照现有的工业水平，马仲英显然打造不出后世那些精巧华丽的勋章，但该有的意思肯定要有，这样才能增强士兵的荣誉感。
“殿下放心，江南制造局的前期准备工作，卑职已经在办了，从苏州采购的六十台水力镗床、三十台水力锻床，月内就能运到，五月份投入生产绝对没有问题。”
负责筹备江南制造局的中书省右丞相金光祖连忙应承了下来，他是个聪明人，自然知道这三种金牌上篆刻的等级代表了什么意思，更知道马仲英打造这批金牌的目地。
“金先生辛苦了，张德才还在琼州，江南制造局和华亭市舶司还要麻烦你费费心。”
上次出征采石之前，马仲英就议定了在江南设置制造局以及开设市舶司之事，有琼州为模板，马仲英相信这些事金光祖和牛天宿一定能办好，因此在回南都后，并没有过问，今天正好谈及到制作勋章事宜，索性就着话头又说了一次。
牛天宿接口道：“华亭开市舶司的事，卑职已经联络了一批苏松和浙北的士绅，过了十五，就准备和他们见面，商谈具体事宜，想来也不会有什么问题。”
“诸位先生都是孤的肱骨心腹，有你们主持地方政务，孤自然放心。”
马仲英说完后，又把头转向了马三德，他刚才已经说，这次商议的事，并不只是军队扩编和军功授爵的事，锦衣卫扩编同样关系到楚军的统治基础。
“大帅，末将前些日子刚从琼州学堂调来了五百学员，加上此前调入内卫的八百余名军中子弟，这才勉强把锦衣卫在江南的架子搭了起来，要扩充编制，末将以为还是在军中直接挑选为好，要不您从第一旅和第三旅各抽一个营给我。”
明朝锦衣卫的具体职能乃是侍卫仪仗，侦缉刑讯，监察地方，在全国有四十八个卫所，各卫所设千户一名，百户数名，主要由北镇抚司统管，南镇抚司则是负责诏狱刑讯，此外还有经历司，管理朝廷和地方的舆情和档桉，这和楚军内卫的职能并无区别，但锦衣卫关系重大，所有成员唯一效忠对象便是皇帝，因此能入选锦衣卫的几乎都是军中后人。
如今马仲英要扩编锦衣卫，马三德唯一想到的办法，就是直接拉一支军队过来，而第一旅和第三旅的编制都多出了一个营，还不如直接把这两个营调到他手下，毕竟现在从民间招人，他也不放心。
“那就依你之见，孤这就行文李兴，让他把镇虏营调到南都，秦兄弟，你把疾火营也让出来，本帅再给你们补两个营。”
镇虏营和疾火营乃是琼州军创建时的老营头了，也是马仲英起家的部队，虽然经过了这么多次的战役，军中的士卒换了好几茬，但还是有不少骨干在的，调这两个营宿卫南都，马仲英自然放心。
“……末将领命！”
秦怀忠白了马三德一眼，他哪里想到这狗东西会把主意打到他和李兴的身上，可马仲英话都说到这份上了，又不敢不答应，只得躬身应了一声。
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