在张居正的暗中运作下，万历皇帝终于松口，同意进行小规模海运试点，但严令"不可声张，以免惊扰沿海百姓"。林远抓住机会，将第一批货物——五百石粮食和军用物资装上隐海船队。为确保安全，船队分成三路，沿着不同航线驶向辽东，每艘船上都藏有盖着户部密印的"墨印竹简"，记录着航行日志和货物清单，一旦遭遇不测，竹简可随浮标漂流，成为追责证据。
当船队顺利抵达辽东时，总兵官望着完好无损的货物，惊叹不已："陆运需半月，海运竟只需五日，且损耗不足一成！"消息传回京城，张居正借机在朝堂上展示了海运的账本与捷报，虽未明言背后筹备细节，却已让保守派哑口无言。但林远并未放松警惕，他知道，倭寇和严党绝不会坐视海运发展。果不其然，在船队返航途中，遭遇了倭寇的伏击。
隐海船队早有准备，凭借灵活的船身和张居正暗中调拨的火器，与倭寇展开激战。天枢护卫队成员登上倭寇船只近身搏杀，暗影小组成员则趁机烧毁对方的补给船。战斗持续到黄昏，倭寇见占不到便宜，只得仓皇撤退。
这场胜利让万历皇帝龙颜大悦，私下对张居正赞道："林卿家果然堪当大任。"而林远则趁热打铁，在沿海各地设立秘密补给点，这些补给点表面上是"官办渔货中转站"，实则储备淡水、粮草和维修工具；同时训练第二批船员，扩大船队规模。站在漳州月港的码头上，看着一艘艘福船在夜色中起锚，林远深知，大明的海上物流之路才刚刚开始，而背后有了朝廷的默许与支持，他终于能更从容地与倭寇、严党展开较量。
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