漕运衙门的风波刚刚平息，林远案头又堆起厚厚的海防图与商路密报。东南沿海的倭寇虽遭重创，但胡文远残部与葡萄牙人勾结愈发紧密，他们依托澎湖列岛的隐秘据点，把持着南洋贸易要道，更通过走私白银、火器不断扩充势力。与此同时，张居正推行的一条鞭法急需稳定的白银来源，开辟合法海运航线已刻不容缓。
“掌柜，泉州港传来消息。”苏婉娘将浸着海盐的信笺展开，“当地海商联名上书，愿自筹船只参与官方海运，但...”她压低声音，“他们忌惮倭寇截杀，更担心朝廷随时恢复海禁。”林远摩挲着舆图上标注的暗礁区域，想起在漕运改革时研发的折叠式战船——或许可以将其民用化，打造兼具防御与运输功能的商船。
林远深知，设立海运联营司、调拨火器等事宜均需朝廷首肯。他连夜整理详细奏疏，附上商船改造方案、护航计划、海运联营司章程，以及火器调拨的必要性说明：“南洋海盗装备精良，若无火器护航，首航必败。神机营改良佛郎机炮可御敌于海上，恳请陛下恩准调拨。”次日，奏疏经张居正呈递御前。
御前会议上，兵部尚书激烈反对：“神机营火器乃国之重器，岂可轻易赐予商船？”林远据理力争：“商船虽为民用，却行官方海运之责，且倭寇所用火器多购自葡萄牙人。若商船无御敌之力，不仅首航失败，更令大明威严扫地。”他呈上倭寇战船装备清单，“此次调拨仅二十门火炮，且由朝廷派员监督使用。”
万历皇帝翻阅奏章，沉吟良久后朱批：“准奏。着神机营调拨改良佛郎机炮二十门予海运联营司，由物流监查司派员监管，不得有误。”有了圣旨，林远立即着手推进相关事宜。
三日后，物流学堂的工坊内，匠人们正将青铜护甲嵌入商船龙骨。林远设计的“镇海号”商船采用双层船壳结构，外层木板可快速拆卸，露出内层的防御铁网；甲板下方暗藏滑轮升降式弩机，遇敌时能在半柱香内完成武装部署。更巧妙的是，船舱借鉴漕运粮仓的分格设计，既便于货物分类，又能在受损时隔离进水区域。
然而，海运首航的筹备并非一帆风顺。朝中保守派以“祖制海禁不可废”为由激烈反对，礼部侍郎甚至上书：“若开放海运，必致番邦异俗浸染，动摇国本！”林远据理力争：“永乐年间郑和七下西洋，彼时万国来朝。如今海禁之下，走私猖獗，反让倭寇坐大。”他呈上详细数据，“若开通南洋航线，仅香料贸易一项，每年可增税银百万两。”
海运联营司的组建过程中，林远从倒戈的漕帮中选拔出经验丰富的水手，又在泉州、广州招募熟悉南洋航线的老船工。为平衡各方利益，他依据圣旨要求，设立“海运联营司”，制定严格章程，明确规定允许民间商船以入股形式参与，承诺“官方护航、利润三七分成”，其中三成归朝廷，七成由参与的海商按股份分配。但仍有海商心存疑虑，泉州巨贾陈万贯直言：“林大人，若无足够火器护航，我们的商船就是倭寇的活靶子。”
林远立即安排神机营工匠与物流学堂弟子协同，将调拨的佛郎机炮安装至“旋转炮台”装置。该装置通过滑轮与齿轮联动，炮手可单人操作火炮转向，且设有双重保险防止私自开火。同时，朝廷派来的火器监军每日查验火炮使用记录，确保火器管控严密。
启航当日，泉州港旌旗招展。十二艘“镇海号”商船组成雁形编队，船头雕刻的龙头吞口在阳光下泛着冷光。林远亲自坐镇旗舰，望远镜中掠过送行人群中复杂的目光——既有期待，也有怀疑。当船队驶入外海，他展开最新情报：胡文远的“海鲨会”已在台湾海峡布下三道封锁线，葡萄牙人的武装商船也在马六甲海峡附近游弋。
行至澎湖列岛海域时，了望手突然高喊：“左前方发现三艘挂骷髅旗的船只！”林远举起望远镜，只见倭寇战船正呈三角阵型包抄而来，船头架着从葡萄牙人手中购得的红衣大炮。“按预案行事！”他下令升起信号旗，商船队迅速散开，外层船壳轰然拆解，露出闪烁寒光的防御铁网。
战斗一触即发。倭寇炮火击中一艘商船的船舷，却被铁网弹开；林远指挥的旗舰则利用旋转炮台精准反击，佛郎机炮的轰鸣声中，倭寇战船的桅杆应声而断。关键时刻，暗影小组点燃“震天雷”，巨大的爆炸声掀起数丈高的水柱，两艘倭寇战船当场沉没。残余倭寇见状，慌忙升起白旗逃窜。
首战告捷并未让林远放松警惕。当船队抵达马六甲海峡时，葡萄牙武装商船并未直接攻击，而是派出使者登船谈判。“林大人，你们破坏了海上规矩。”葡萄牙船长皮雷斯把玩着火铳，“这片海域的贸易，应由我们和海鲨会说了算。”林远不动声色地展示船舱内的丝绸、瓷器，又亮出朝廷公文与火器调拨圣旨：“大明商船依法贸易，阁下若想合作，可按市价购买货物；若想动武...”他示意炮手转动炮台，“我们的火器乃圣上钦准，专为保家卫国。”
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