泉州海战的捷报传回京城，万历皇帝龙颜大悦，下旨重赏水师将士。然而，林远并未沉浸在胜利的喜悦中。战后清点时他发现，虽然击溃了胡文远与葡萄牙的联合舰队，但朝廷的军备开支已接近极限。更棘手的是，沿海局势并未真正安定——那些曾依附于海鲨会的海商们，开始通过垄断货源、哄抬运价，试图重新掌控南洋贸易。
"掌柜，这是近日的商船货运清单。"苏婉娘将厚厚一摞账本推到案头，"自海战结束，香料价格暴涨六成，棉布等货物的收购价却压得极低。泉州的陈记商行、广州的李记货栈，都在联手操控市场。"林远翻开账本，目光停留在一串数据上：这些海商控制着七成以上的南洋航线物资，甚至连渔民捕获的新鲜海产，都要经他们之手才能销往内地。
与此同时，暗影小组传来密报：部分海商暗中与葡萄牙残余势力勾结，准备在吕宋岛建立新的走私据点。更令林远忧虑的是，沿海渔民因货物滞销、税赋加重，生活愈发艰难，已有不少人开始铤而走险，加入走私团伙。
"必须打破这种垄断。"林远在物流监查司召集会议，参会者除了漕帮旧部、水师将领，还特意邀请了数位渔民代表。一位皮肤黝黑的老渔民拍着桌子："林大人，我们出海捕鱼，却要被那些奸商抽三成'过路费'，连渔网破损了都没钱修补！"另一位年轻渔民则展示着手中的鱼获："新鲜的石斑鱼，在码头只能卖半价，到了城里却翻了五倍！"
林远沉思良久，提出了"海运联盟"的构想："朝廷、海商、渔民三方共建联盟，渔民的渔获、手工业者的货物可直接通过联盟商船运输，省去中间盘剥；海商以船队入股，按贡献分配利润；朝廷则提供护航与税收优惠。"但此提议立刻遭到漕帮老舵主的反对："那些海商都是老狐狸，岂会乖乖听话？"
为了争取支持，林远决定先从试点入手。他选择了饱受盘剥的漳州月港，亲自走访渔民村落，承诺"联盟商船优先收购渔获，且价格比市面高出两成"。同时，他让物流学堂的工匠改良渔舟，加装简易的保鲜舱——利用双层木桶夹冰的设计，使渔获的保鲜时间延长三日。
然而，海商们很快展开反击。他们先是散布谣言，称"海运联盟是朝廷巧立名目搜刮民脂"，又通过控制码头装卸工，拒绝为联盟商船提供服务。林远早有准备，他从漕帮中抽调人手，在月港新建专属码头，并引入物流学堂研发的齿轮式起重机，装卸效率比人工提升数倍。
面对海商的抵制，林远采取"农村包围城市"的策略。他派人深入沿海渔村，教授渔民编织新式渔网、建造小型冷藏船。这些小型冷藏船采用双层船板结构，中间填充稻草与棉絮隔热，底部设有可更换的冰舱，渔民出海捕捞时，能将渔获保鲜时间延长至五日。但要将渔获运往京城，仅凭小型冷藏船远远不够。
林远在沿海重要港口选址，建造大型冷藏专用仓库。这些仓库借鉴冰窖原理，以砖石砌成，墙壁厚达三尺，内壁镶嵌锡板防止水汽渗入。仓库内设置多层木架存放渔获，地下凿有深达两丈的冰井，冬季采集天然冰块储存其中，通过人力驱动的齿轮绞盘运送冰块维持低温。
当小型冷藏船满载渔获返航，会立即将货物转运至港口的大型冷藏仓库暂存。至于后续运输，林远根据距离和时效需求灵活安排：运往南方沿海城市的渔获，通过联盟商船直接海运；而要送往京城及北方地区的货物，则采用"海运+漕运+陆运"联运模式。先由联盟商船将渔获沿海北上至长江口，再转漕运船只沿长江逆流而上，抵达大运河后通过漕船运往北方，最后由改装的带冷藏隔舱的马车完成陆运段运输。
在商业层面，林远推出"以货易货"的灵活交易模式。渔民可用渔获换取盐、铁器等生活物资，也可折抵税赋。他还在联盟内部发行"海贸券"，作为货物交易的凭证，这种类似现代汇票的票据，极大方便了远距离贸易。
随着联盟影响力扩大，海商们的垄断开始松动。泉州巨贾陈万贯坐不住了，他带着一众海商代表找到林远："林大人，我们愿加入联盟，但必须保证原有份额。"林远却拿出一份详细的市场调研报告："诸位请看，若维持现状，三年内南洋贸易将萎缩四成。只有联合起来，才能对抗葡萄牙人的卷土重来。"
最终，双方达成协议：海商以船队、码头等资产入股，占联盟股份的40%；渔民与手工业者占30%；朝廷占30%。作为交换，海商必须放弃垄断定价权，接受联盟统一的运价标准。为防止内部腐败，林远在联盟中设立监察部，成员由锦衣卫、渔民代表、物流监查司三方共同组成。
海运联盟成立当日，月港码头人山人海。二十艘悬挂联盟旗帜的商船整装待发，船上既装载着丝绸、瓷器，也堆满了渔民的渔获。林远站在旗舰上，望着欢呼的人群，心中却不敢有丝毫懈怠。暗影小组最新的密报显示，葡萄牙人已在马六甲集结新的舰队，而朝中保守派正以"与民争利"为由，弹劾海运联盟。
夜色渐深，林远在联盟总部反复推演未来局势。窗外，海风拍打着新建的仓库，里面存放着渔民们用渔获换来的农具和种子。苏婉娘送来刚截获的密信，脸色凝重："掌柜，陈记商行暗中资助了一批海盗，准备袭击联盟商船..."林远握紧手中的联盟章程，烛火映照着上面的"共济海疆"四字。他知道，这场关乎海上经济命脉的较量，才刚刚拉开帷幕。
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