桓玄打算逃到汉中去，屯骑校尉毛修之，是毛璩的侄子，他骗桓玄说可以带他入蜀，桓玄就信了他。宁州刺史毛璠，是毛璩的弟弟，死在了任上。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之以及参军费恬，带着几百人，护送毛璠的灵柩回江陵。五月壬午，在枚回洲碰到了桓玄。毛佑之、费恬马上迎上去攻打桓玄，箭像雨点一样射过去。桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人，赶紧用身体护住桓玄，结果都被射死了。益州督护汉嘉人冯迁抽出刀，冲上前要砍桓玄，桓玄连忙拔下头上的玉导给他，说：“你是什么人，竟敢杀天子！”冯迁说：“我杀的就是你这个天子的逆贼！”说完就把桓玄斩了，又杀了桓石康、桓浚、庾赜之，抓住桓昇送到江陵，在街市上斩首。皇帝在江陵恢复了皇位，任命毛修之为骁骑将军。五月甲申，宣布大赦天下，那些因为害怕桓玄逼迫而跟着他造反的人，一概不再追究。五月戊寅，把神主牌位送回太庙。刘毅等人把桓玄的首级传送过来，挂在朱雀桥上示众。
刘毅他们打了胜仗之后，觉得大事已定，就没急着继续追击。又赶上刮风，船也没法前进。桓玄死了快十天了，各路军队还没赶到。当时桓谦躲在沮中，扬武将军桓振躲在华容浦，桓玄原来的将领王稚徽驻守巴陵，他派人告诉桓振说：“桓歆已经攻下京城，冯稚又拿下了寻阳，刘毅他们的军队在半路上都败退了。”桓振听了特别高兴，召集了两百多人，去偷袭江陵，桓谦也聚集人马响应他。闰五月己丑，他们又攻下了江陵，杀了王康产和王腾之。桓振在行宫见到皇帝，骑着马，挥舞着兵器，一直冲到台阶下，问桓昇在哪里。听说桓昇已经死了，他瞪大眼睛对皇帝说：“我们桓家哪点对不起国家，为什么要被这样赶尽杀绝！”琅邪王司马德文从床上下来，对他说：“这哪里是我们兄弟的意思啊！”桓振气得想杀了皇帝，桓谦苦苦劝阻，他才下马，收起怒容，行礼后出去了。闰五月壬辰，桓振为桓玄举行哀悼仪式，设立灵堂，追谥桓玄为武悼皇帝。
闰五月癸巳，桓谦等人带着大臣，捧着玉玺绶带给皇帝，说：“皇上之前效法尧禅让给舜，现在桓玄建立的楚国气数已尽，老百姓的心又重新归附晋朝了。”于是让琅邪王司马德文兼任徐州刺史，任命桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦再次担任侍中、卫将军，加授江、豫二州刺史。皇帝身边的侍从护卫，都是桓振的心腹。
桓振年轻的时候品行不咋好，桓玄都没把他当子侄辈看待。到了这时候，桓振感叹说：“桓玄当年要是早点重用我，也不至于落到这个下场。要是桓玄还在，我当前锋，天下都能轻松平定。现在只能自己单干，又能有什么好结果呢？”于是他就纵情声色，肆意杀人。桓谦劝桓振带兵出战，自己守着江陵，桓振向来瞧不起桓谦，没听他的话。
刘毅到了巴陵，杀了王稚徽。何无忌、刘道规在马头进攻桓谦，在龙泉进攻桓蔚，都把他们打败了。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直接攻打江陵，刘道规说：“兵法讲究能屈能伸，不能盲目进攻。桓家好几代人都在西楚这个地方，手下人都愿意为他们卖命。桓振勇冠三军，很难跟他正面交锋。咱们先停下来养精蓄锐，慢慢想办法对付他，不用担心打不赢。”何无忌不听。桓振在灵溪迎战，冯该也带兵来会合，何无忌等人被打得大败，死了一千多人。他们只好退回寻阳，刘毅等人向朝廷上奏章请罪。刘裕因为刘毅负责指挥各路军队，就免去了他青州刺史的职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄死了，就从白帝出发进军，到了枝江，又听说何无忌等人在灵溪战败，也带兵撤退了。没过多久，罗述、甄季之都生病了，柳约之就假意投降桓振，想找机会偷袭他，结果事情泄露，桓振把柳约之杀了。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂收拢剩下的人马，坚守涪陵。
六月，毛璩派将领攻打汉中，杀了桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋天七月戊申，永安皇后何氏去世。
后燕的苻昭仪生病了，龙城人王荣说自己能治好她。结果苻昭仪还是死了，燕王熙把王荣绑在公车门，肢解了然后焚烧。
八月癸酉，把穆章皇后安葬在永平陵。
北魏设置了六谒官，仿照古代六卿的制度。
九月，刁骋谋反，被处死，刁氏家族就此灭亡。刁氏向来富有，家里的奴仆和门客横行霸道，独占山林湖泽，成了京口的一大祸害。刘裕把刁家的财产都散了，让老百姓根据自己的能力去拿，一整天都没拿完。当时州郡闹饥荒，老百姓就靠这些物资度过了难关。
乞伏乾归和杨盛在竹岭交战，被杨盛打败了。
西凉公李暠立儿子李歆为世子。
北魏主拓跋珪来到昭阳殿，对百官进行改任和补缺。他把朝廷的文武官员都召集过来，亲自选拔，根据每个人的才能授予官职。爵位分为四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。一品到四品的官员中，以前有功劳但没有爵位的旧臣，都追加封爵；皇室宗亲关系疏远的，以及异姓继承爵位的，都根据情况降低爵位。又设置了五等散官，品级从五品到九品；文官中才能出众的，武官中能当将帅的，品级也在五品到九品之间；百官有职位空缺的时候，就从这些人中挑选填补。北魏的官名大多不沿用汉、魏时期的旧称，而是仿照上古时期的龙官、鸟官，把各曹的使者叫做凫鸭，取它们飞得快的意思；把负责侦察的候官叫做白鹭，取它们伸长脖子远望的意思；其他的官名也大多类似。
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