李建成和李元吉骑马到了临湖殿，察觉到情况不对，立马掉转马头，打算往东跑回自己的宫府。李世民在后面追着喊他们，李元吉赶紧拉开弓，对着李世民就射，可连拉了几次都拉不满弓。这时候李世民一箭射出去，直接把李建成给射死了。
紧接着，尉迟敬德带着七十多个骑兵赶到，手下人放箭，把李元吉射下了马。李世民的马受到惊吓，跑到树林里，被树枝绊住，李世民也跟着摔倒，一时爬不起来。李元吉趁机跑过去，抢过李世民的弓，想要掐死他。就在这千钧一发之际，尉迟敬德骑着马大喝一声冲了过来，李元吉吓得赶紧往武德殿方向跑，尉迟敬德在后面追着射箭，把李元吉也给杀了。
翊卫车骑将军冯翊人冯立听说李建成死了，感叹道：“哪能活着的时候受他的恩，死了就逃避为他解难呢！”于是就和副护军薛万彻、屈咥直府左车骑万年人谢叔方，带着东宫和齐王府的两千精兵，火速赶往玄武门。张公谨力气大，一个人关上大门，挡住了他们，他们没法冲进去。云麾将军敬君弘负责掌管玄武门的宿卫，此时正驻扎在玄武门，他挺身而出，准备迎战。身边亲近的人劝他说：“这事儿还不知道咋发展呢，先别急，看看情况再说，等咱们的援兵到了，排好阵势再打，也不晚啊。”敬君弘不听，和中郎将吕世衡大喊着冲了上去，结果都战死了。敬君弘是敬显俊的曾孙。
守门的士兵和薛万彻等人拼了好一会儿，薛万彻大声鼓噪，扬言要攻打秦王府，秦王府的将士们都吓坏了。这时候尉迟敬德拿着李建成和李元吉的脑袋给他们看，东宫和齐王府的士兵一看，顿时就溃散了。薛万彻带着几十个人逃进了终南山。冯立杀了敬君弘之后，对他的手下说：“这下也算是稍微报答太子了！”说完就解散了士兵，自己逃到了野外。
这时候皇上正在海池划船呢，李世民派尉迟敬德进宫担任宿卫。尉迟敬德穿着铠甲，拿着长矛，直接来到皇上跟前。皇上吓了一大跳，问道：“今天是谁在作乱？你到这儿来干什么？”尉迟敬德回答说：“秦王因为太子和齐王发动叛乱，起兵把他们杀了，担心惊动陛下，所以派我来担任宿卫。”皇上转头对裴寂等人说：“真没想到今天会发生这种事，这可怎么办啊？”萧瑀和陈叔达说：“李建成和李元吉本来就没参与起义的谋划，对天下也没什么功劳，他们嫉妒秦王功劳大、威望高，就一起搞阴谋。现在秦王已经把他们讨伐诛杀了，秦王的功劳那是盖过天地，天下人都心服口服。陛下要是立秦王为太子，把国家大事交给他，那就没什么可担心的了。”皇上说：“好！这本来就是我一直以来的想法。”
当时，宫里的宿卫、秦王府的士兵和东宫、齐王府的人还在打个不停。尉迟敬德请求皇上亲自下道命令，让各路军队都听秦王指挥，皇上答应了。天策府司马宇文士及从东上阁门出去宣读圣旨，大家这才安定下来。皇上又派黄门侍郎裴矩到东宫去给那些将士们说明情况，他们就都解散了。皇上把李世民叫来，安抚他说：“最近这段时间，我差点就像曾参母亲听到三次有人说曾参杀人就相信了那样，对你产生了误会。”李世民听了，跪在地上，趴在皇上胸前，大哭了好久。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，都因为这事儿被处死，还被从宗室名册上除名了。
一开始，李建成答应李元吉，等自己当了皇帝，就立他为皇太弟，所以李元吉才拼死帮他。这事儿完了之后，将领们想把李建成和李元吉的一百多个亲信都杀了，还要没收他们的家产。尉迟敬德坚决反对，说：“有罪的就他们俩，现在已经伏法了。要是再牵连他们的党羽，这可不是求安稳的办法。”大家这才作罢。当天，皇上下诏大赦天下。叛逆的罪名，就只算在李建成和李元吉头上，其他人一概不追究。那些和尚、尼姑、道士、女道士，都让他们照旧。国家各种事务，都由秦王来处理。
辛酉日，冯立和谢叔方主动出来自首。薛万彻躲起来了，李世民多次派人去劝他，他才出来。李世民说：“这些人都是忠于自己的主子，是义士啊。”就把他们都释放了。
癸亥日，皇上立李世民为皇太子，还下诏说：“从现在起，国家的大小事务，都先交给太子处理，处理完再上奏给我。”
司马光评论说：立嫡长子为太子，这是符合礼法的。但是唐高祖能得到天下，那可全是唐太宗的功劳。隐太子李建成平庸无能，却位居太宗之上，地位和势力互相猜忌逼迫，肯定是容不下彼此的。要是唐高祖能像周文王那样英明，隐太子能像泰伯那样贤良，唐太宗能像子臧那样有节操，那祸乱从哪儿来呢！既然做不到这样，唐太宗一开始还想等他们先动手，然后再回应，这样的话，事情也是不得已才做的，还算好。结果后来被手下人逼迫，以至于在宫门口流血冲突，对亲兄弟下了杀手，被千古之人嘲笑，真是可惜啊！那些开创基业、传承帝统的君主，他们的行为可是子孙后代效仿的榜样，后来中宗、明帝、肃宗、代宗的皇位传承，难道不是有人拿这件事当作借口吗！
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