麟德元年（公元664年，甲子年）
春天正月甲子日，朝廷把云中都护府改成单于大都护府，让殷王李旭轮担任单于大都护。
当初，李靖打败突厥后，把三百个部落迁到云中城，阿史德氏做他们的首领。到了这时，部落的人渐渐多了起来，阿史德氏就到皇宫拜见皇上，请求按照胡人习俗，立一位亲王当可汗来统领他们。皇上召见他，对他说：“现在的可汗，就相当于古代的单于。”所以就改成单于都护府，让殷王在远方遥领这个职位。
二月戊子日，皇上到万年宫去。
夏天四月壬子日，卫州刺史道王李元庆去世。
丙午日，魏州刺史郇公李孝协因为贪污，被皇上赐死。司宗卿陇西王李博乂等人上奏说，李孝协的父亲李叔良为国家大事牺牲了，李孝协又没有兄弟，担心他家会断绝后代。皇上说：“法律是统一的，不能因为亲疏关系就区别对待，如果危害百姓，就算是皇太子也不能赦免。李孝协有一个儿子，还担心他家没人祭祀吗！”李孝协最后就在自己家里自杀了。
五月戊申初一，遂州刺史许悼王李孝去世。
乙卯日，在昆明的弄栋川设置姚州都督府。
秋天七月丁未初一，皇上下诏，打算在麟德三年正月到泰山举行祭祀大典。
八月丙子日，皇上回到京城，到以前住的宅子去，在那待了七天；壬午日，回到蓬莱宫。
丁亥日，任命司列太常伯刘祥道兼任右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。冬天十月庚辰日，检校熊津都督刘仁轨上书说：“我看现在留下来戍守的士兵，身体虚弱的多，强壮勇猛的少，衣服又破又旧，一心只想回西边的老家，根本没心思效力。我就问他们：‘以前在海西的时候，看到老百姓都争着应募参军，有的还请求自己准备衣服和粮食，这叫“义征”，为啥现在的士卒却是这样呢？’他们都说：‘现在的官府和以前不一样了，人心也变了。以前不管是东征还是西征，有人为国家牺牲，都有皇上派的使者去吊唁，追封官爵，有的还把死者的官爵转授给他弟弟，凡是渡海作战的，都赐勋一级。从显庆五年以来，出征的人多次渡海，官府却不记录功劳，死了的人也没人过问。州县每次征百姓当兵，那些强壮又有钱的，花钱找关系，都能逃避兵役；穷人就算又老又弱，被拉去就得上路。之前攻破百济和在平壤苦战的时候，当时将帅下命令，各种许诺立功受赏，啥好话都说尽了；可等回到西边，只听说被枷锁拘禁，赏赐被剥夺，勋级也没了，州县还不停地催逼，根本没法活下去，这公私两方面的困苦，说都说不完。所以之前从海西出发的时候，就已经有逃亡甚至自残的人了，可不是到了海外才这样。还有，本来大家把因为征战获得勋级当作一种荣耀；可近年来出征，都让有勋官的人去做拉车之类的苦役，和普通百姓干的苦活没啥区别，老百姓不愿意从军，大概就是这个原因。’我又问他们：‘以前士卒留镇五年，都还能维持，现在你们才过了一年，为啥这么缺衣少食呢？’他们都说：‘刚从家里出发的时候，只让准备一年的物资装备；现在都两年了，还没个回家的日期。’我检查了军士们留下的衣服，今年冬天勉强够用，可明年秋天往后，就完全没个准儿了。陛下把士兵留在海外，是想消灭高丽。百济和高丽以前就相互勾结支援，倭人虽然离得远，也相互呼应，如果没有驻守的士兵，他们又会变成一伙儿。现在既要派兵戍守，又要开展屯田，靠的就是士卒们同心同德，可大家都有这些想法，还怎么指望成功呢！如果不做出改变，好好地慰劳士兵，明确赏罚来鼓舞士气，还是像以前那样处理事情，恐怕军队会疲惫衰老，啥时候能立功就没个盼头了。这些不好听的话，可能没人愿意跟陛下您全说出来，所以我才坦诚相告，冒死上奏。”
皇上觉得他说得很有道理，就派右威卫将军刘仁愿带兵渡海，去替换原来镇守的士兵，还命令刘仁轨一起回来。刘仁轨对刘仁愿说：“咱们国家把军队远派到海外，想要谋划消灭高丽，这可不是件容易的事儿。现在庄稼还没收完，要是军吏和士卒一下子都换走，将领也回去，那些刚被征服的夷人心里还不安稳，肯定会出乱子。不如先留下原来的士兵，慢慢把庄稼收完，准备好物资粮食，分批遣返；将领先留下来镇守安抚，不能回去。”刘仁愿说：“我之前回海西的时候，被人狠狠诽谤，说我留了太多士兵，想占据海东，差点就遭了大祸。现在我只知道按照皇上的命令办事，哪敢擅自做主啊！”刘仁轨说：“做臣子的只要对国家有利，知道该做的就不能不做，哪能只顾虑自己呢！”于是就上奏陈述这样做的好处，还请求自己留下来镇守海东。皇上同意了他的请求。还任命扶馀隆为熊津都尉，让他去招抚剩下的部众。
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