少女名叫里香。此刻占据这个参赛者身份的，并非原本那个也叫里香的、怯懦的乡下武士之女——那姑娘在收到一笔远超预期的金钱和一整套她根本看不懂、但感觉很厉害的“护身符”后，就欢天喜地地把参赛资格让给了她。对里香来说，顶替一个名字相同的人混入演武，简直是小菜一碟。
她的思绪有些飘远。自从和那个神神叨叨的占星研社长——理香子，一起偷偷钻进冈崎梦美教授的“可能性空间移动船”之后，时间就变得混乱不堪。她至今还记得那令人心悸的警报，失控的飞船仪表盘，以及最后那令人绝望的、吞噬一切的黑暗——她们竟然一头撞向了黑洞的视界！那一瞬间，里香真的以为自己短暂而充满求知欲的人生就要结束了，内心充满了对梦美教授的愧疚，不该被理香子那句“寻找魔法世界中的科学力量”给忽悠了。
然而，再次睁开眼，迎接她的不是天堂或地狱，而是……平安时代的日本！语言不通、衣着怪异带来的麻烦不必多说。她还差点被几个不开眼的混混当成“外邦妖女”袭击，幸好随身携带的小工具（一个能释放强烈电火花的装置）及时派上了用场。更让她世界观崩塌的是，这个世界居然真的存在妖怪！那些只在传说和理香子的水晶球里见过的生物，居然活生生地在她眼前游荡！最糟糕的是，她完全找不到理香子的下落，那个麻烦的社长仿佛人间蒸发。
幸运的是，她的大脑——那个装载着未来知识宝库的“量子计算机”般的存在——依然运转良好。强大的理工科思维和动手能力成了她最大的依仗。凭借智慧和从“垃圾堆”（在她看来）里搜集到的材料，她硬是捣鼓出了一系列令人咋舌的“科技造物”：能自动进行防御的机关兽、利用杠杆和齿轮驱动的简易“战车”、甚至还有依靠化学原理产生烟雾或强光的“小玩意”。靠着这些超越时代的“魔物”，她甚至在一处废弃的寺院建立了一个小小的据点，足以自保。
但这并不是她想要的。夜深人静时，对未来的思念如同藤蔓般缠绕着她。她想念实验室里永远充满激情（和破坏力）的冈崎梦美教授，想念总是笑眯眯的宇佐见莲子，想念沉稳可靠的玛艾露贝莉·赫恩，想念总是在摸鱼的千百合……她想回家。
就在她几乎要被这个陌生而危险的时代磨平棱角时，一个关于“博丽神社”的传说，如同黑暗中的萤火般闯入了她的耳朵。传言中说，只要击败了那位神社的现任巫女，就能实现一个愿望！这个传说（虽然明显是编造的谣言）点燃了里香心中最后的希望之火。她立刻将目标锁定为博丽神社，凭借自己捣鼓出来的“科技造物”和一点点“物理说服”，她成功混入了戒备森严的平安京，打算稍作休整就启程寻找神社。
然而，就在她落脚歇息时，一个更令人振奋的消息如同电流般击中了她：那位传说中的博丽巫女，此刻就在平安京内！而且，她还将参加即将举行的平安京演武大会！
这简直是天赐良机！里香毫不犹豫地行动起来。寻找那个同名的、意志不坚的参赛者，用金钱和“护身符”收买，冒名顶替——这一切对她这个习惯了解决复杂问题的未来少女来说，行云流水，毫不费力。现在，她已经是演武大会的正式参赛者之一了。
此刻，里香小心翼翼地收起调试好的装置，将它藏进改装过的宽大袖袋里。她悄悄走到窗边，棕色的眼眸透过缝隙，谨慎地望向街道的另一端——那是博丽巫女一行人的方向。她的目光仿佛要穿透墙壁，锁定那个紫发的身影。
“只要能击败她……” 里香低声呢喃着，句尾不自觉地带上了一点独特的口癖，“なのです（来的）……” 她的手指下意识地抚摸着袖袋里那个冰冷而坚硬的装置轮廓，眼神中充满了坚定的决心，“就能许愿……让我和理香子，一起回家来的！”
平安京的喧嚣在窗外流淌，但对于这位来自未来的、孤独的科学家少女而言，整个世界仿佛都聚焦在了即将到来的演武场上，聚焦在了那位代表着“回家希望”的博丽巫女身上。她所依仗的，不是符咒，不是妖术，而是来自未来的、冰冷的“理”与“力”。
而像里香这样，被那真假难辨的流言吸引来的家伙，可远不止一个。射命丸文那篇胡编乱造的报道，就像往滚水里扔了块石头，激起的涟漪自诞生地一圈圈扩散，衍生出不知多少个稀奇古怪的版本。
藤原师辅、贺茂忠行这些明白人自然嗤之以鼻——击败一个巫女就能获得撼动高天原的力量？简直是天大的笑话！真要这么容易，历代博丽巫女早就被人挑战得脚不沾地了。
可架不住普通人就爱吃这一套。这些传说越传越邪乎，逻辑更是千疮百孔，偏偏有人就信以为真。人有时候就是这样，越是离奇唬人的事情，一旦先入为主扎根在脑子里，你再想让他不信，反而比登天还难。
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