其职能基本回归洪武年间的旧制，仅保留核实军功、拟定军队增减计划之权。
其余权力悉数划归军部，且军部官员不再由文官充任，改由屡立战功、稳重老成的武将担任。
并仿照汉代重号将军之制，凡在军部任职者，皆授新增的前、后、左、右将军印信。
官秩定为正二品，与六部尚书相较，在职责与地位上完全对等。
恰设四员，地位相衡，权力均等，避免重演内阁首辅、次辅之争，导致一人独揽大权的局面。
当然，他们亦不掌握实际兵权，职能类比内阁，专责协助皇帝处理军政与国防要务。
形同皇帝的军事顾问，仅有参议之权，而无决断之实。
参谋司与后勤司亦一并划入军部管辖。
户部拨付的军费粮饷，直接对接后勤司，不再经由兵部之手，从而在制度上最大限度遏制贪腐之弊。
更为关键的是，文官与武将之间的关系，自此不再是上下隶属，而是趋于平等。
无论边军，还是早已名存实亡的五军都督府，皆直接受军部节制。
众所周知，一向自视清高的文人士大夫，素来轻视武将。
朱由校此举，正是担忧武将在外征战，却因文官掣肘而得不到后勤保障。
历史上军队被文官借职权或名义克扣压制之事，历朝皆有发生。
至于武将的升迁与调遣，则须军部与兵部共同议定方可生效，此乃朱由校有意为之的制衡之策。
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