接着，前秦军队逼近淝水列阵，东晋军队无法渡过淝水。谢玄派遣使者对阳平公苻融说：“您孤军深入，却紧靠着淝水布阵，这是打算打持久战，不是想速战速决啊。如果您能把军阵向后稍稍移动，让东晋军队能够渡过淝水，来一决胜负，这不也是很好的吗！”前秦众将领都说：“我们人多，他们人少，不如阻拦他们，让他们无法上岸，这样才能万无一失。”苻坚说：“只需领兵稍稍后退，等他们渡到一半时，我们出动铁甲骑兵逼近冲杀，没有不胜的道理！”苻融也认为这话有理，于是指挥军队后退。前秦军队一退就停不下来，谢玄、谢琰、桓伊等人率领军队渡过淝水进攻他们。苻融骑马奔驰，巡视军阵，想指挥后退的士兵，结果马被绊倒，随后被东晋士兵杀死，前秦军队于是全线溃败。谢玄等人乘胜追击，一直追到青冈。前秦军队大败，士兵自相践踏而死的很多，尸体遍布田野，都堵塞住了河流。那些逃跑的士兵听到风声和鹤的鸣叫声，都以为是东晋军队追来了，日夜不敢停歇，在草丛中行军，在野外露宿，再加上饥饿和寒冷，死亡的人有十分之七八。起初，前秦军队稍稍后退时，朱序在军阵后面大声呼喊：“前秦军队失败了！”士兵们于是狂奔逃命。朱序趁机和张天锡、徐元喜一起投奔东晋。东晋军队缴获了秦王苻坚乘坐的云母车以及仪仗服饰、武器器械、军用物资、珍宝牲畜等，多得数不清，又收复了寿阳，擒获前秦淮南太守郭褒。
混乱当中，苻坚中了流箭，独自骑马逃到淮河以北，此时的他非常饥饿，有百姓送来一壶水泡饭、一块猪腿肉，苻坚吃完后，便赏赐给那人十匹布帛、十斤绵絮。那人推辞说：“陛下厌倦安乐，自取危难困苦。我是陛下的子民，陛下是我的君主，哪有儿子供养父亲还要回报的呢？”说完头也不回地离开了。苻坚对张夫人说：“我现在还有什么脸面治理天下啊！”说着潸然泪下。
当时，前秦各路军队都已溃败，只有慕容垂率领的三万人完好无损，苻坚率领一千多骑兵前去投奔他。慕容垂的世子慕容宝对慕容垂说：“我们燕国覆灭，天命和人心都归向您，只是时机还没到，所以您才暂时隐藏行踪。如今秦主兵败，来投靠我们，这是上天赐予我们恢复燕国的机会，这个时机不能错过，希望您不要因为苻坚的一点小恩小惠，就忘记国家社稷的重任！”慕容垂说：“你说得对。但他是怀着诚心来投靠我的，我怎么能伤害他呢！如果上天要抛弃他，还用担心他不灭亡吗？不如保护处于危难中的他，来报答他过去的恩德，再慢慢等待他出现破绽，然后图谋他。这样既不辜负过去的心意，又能凭借道义夺取天下。”奋威将军慕容德说：“前秦强大时吞并了燕国，现在前秦衰弱了，我们图谋它，这是报仇雪耻，不是辜负过去的心意；兄长您为什么不要这到手的机会，反而要把数万军队交给别人呢？”慕容垂说：“过去我被太傅慕容评排挤，无处安身，逃到前秦才得以活命，秦主把我当作国士对待，恩德礼遇十分周到。后来我又被王猛陷害，无法为自己辩解，只有秦主能明白我的清白，这份恩德我又怎么能忘记呢！如果氐族人的国运真的要终结，那我会安抚召集关东的民众，来恢复祖先的功业，而关西地区终究不会归我所有。”冠军行参军赵秋说：“明公您应当恢复燕国的国运，这在谶语中已经有预兆。现在时机已经到了，您还等什么呢！如果杀了秦主，占据邺城，然后擂鼓向西进军，关中地区也不会再归苻氏所有了！”慕容垂的亲信党羽大多劝他杀了苻坚，但慕容垂都没有听从，反而把自己的军队全部交给了苻坚。平南将军慕容暐驻守郧城，听说苻坚兵败，便抛弃军队逃走了；到达荥阳后，慕容德又劝说慕容暐起兵恢复燕国，慕容暐没有听从。
此时，谢安收到驿站送来的书信，得知前秦军队已经失败，当时他正和客人下围棋，随手把书信放在坐榻上，脸上没有丝毫喜悦，继续下棋。客人问他书信内容，他缓缓回答说：“小辈们已经打败了敌军。”下完棋后，他返回内室，跨过门槛时，竟然没发觉木屐的齿被碰断了。
到了丁亥日，谢石等人回到建康，带回了前秦的乐师，这些乐师能演奏传统的音乐，从此朝廷宗庙才开始有了完备的金石乐器演奏的音乐。乙未日，朝廷任命张天锡为散骑常侍，朱序为琅邪内史。
这时，秦王苻坚收拢逃散的士兵，等到达洛阳时，手下还有十多万人，文武百官、仪仗物品和军队的阵容大致已经恢复了。
这时，慕容农对慕容垂说：“您不在他人危难时逼迫他，这种道义声望足以感动天地。我听说秘记上写道：‘燕国复兴应当在河阳。’在果实未成熟时摘取，和等它自己掉落，不过相差十来天，但其中的难易、好坏，差别就太大了！”慕容垂内心赞同他的话，当走到渑池时，便对苻坚说：“北方边境的百姓，听说朝廷大军失利，轻易骚动不安，我请求奉陛下的诏书去安抚他们，顺便去拜谒先帝的陵墓宗庙。”苻坚答应了他。权翼劝谏说：“国家军队刚战败，各地都有背离之心，应当召集名将，让他们驻守京城，来巩固国家根本，安定地方。慕容垂勇猛有谋略，是世代称雄东方的豪杰，近来因为躲避灾祸前来归附，他的野心难道只是做一个冠军将军吗！这就像养鹰一样，它饥饿时就依附于人，每当听到狂风呼啸，总会有翱翔云霄的志向，现在正应该紧紧束缚住它，怎么能解开绳索，任由它随心所欲呢！”苻坚说：“你说得对。但我已经答应他了，普通人尚且不违背诺言，何况是君主呢？如果天命注定有兴有废，本来就不是靠智慧和力量能改变的。”权翼说：“陛下看重小信用而轻视国家社稷，我预见他会一去不返，关东的战乱，就要从这里开始了。”可惜，苻坚不听，还派遣将军李蛮、闵亮、尹国率领三千士兵护送慕容垂。又派遣骁骑将军石越率领三千精锐士兵驻守邺城，骠骑将军张蚝率领五千羽林军驻守并州，镇军将军毛当率领四千士兵驻守洛阳。权翼暗中派遣勇士在河桥以南的空仓库中埋伏，准备截杀慕容垂，慕容垂起了疑心，从凉马台用草扎成木筏渡过黄河，让典军程同穿上自己的衣服，骑着自己的马，和仆人一起前往河桥。埋伏的士兵发动袭击，程同骑马逃脱。
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