龙朔二年，公元662年，春季正月辛亥日，册立波斯都督卑路斯为波斯王。
二月甲子日，改革百官名称：门下省改为东台，中书省改为西台，尚书省改为中台；侍中改为左相，中书令改为右相，仆射改为匡政，左、右丞改为肃机，尚书改为太常伯，侍郎改为少常伯；其余二十四司、御史台、九寺、七监、十六卫，都按含义更改名称，职责依旧不变。
甲戌日，浿江道大总管任雅相在军中去世。任雅相作为将领，从未奏请让亲戚故吏随军，手下官员都通过相关部门正式补授，他对人说：“官职无论大小，都是国家的公共器物，怎能随意方便私人！”因此军中赏罚公平，众人都佩服他的公正。
戊寅日，左骁卫将军、白州刺史、沃沮道总管庞孝泰，与高丽在蛇水交战，兵败战死，他的十三个儿子也一同阵亡。苏定方包围平壤许久未能攻克，恰逢大雪，于是解围撤军。
三月，郑仁泰等大败铁勒于天山。铁勒九姓得知唐军将至，集合十余万人抵御，挑选数十名骁勇健壮者挑战。薛仁贵射出三箭，杀死三人，其余挑战者都下马投降。薛仁贵将这些投降者全部活埋，然后率军穿越沙漠向北，进攻铁勒残余部众，俘获叶护兄弟三人后返回。军中传唱道：“将军三箭定天山，壮士长歌入汉关。”
思结、多滥葛等部落原本据守天山，听说郑仁泰等将至，都前来迎接投降；但郑仁泰等放纵士兵袭击他们，掠夺部落财物赏赐将士。铁勒各部相继远逃，将军杨志追击，被铁勒军击败。侦察骑兵报告郑仁泰：“敌军的辎重就在附近，可以前去夺取。”郑仁泰率领一万四千轻骑兵，日夜兼程赶赴，越过沙漠到达仙萼河，却没找到敌军，粮草耗尽只得返回。途中遭遇大雪，士兵饥寒交迫，丢弃铠甲兵器，杀马充饥，马吃完后就自相残杀为食，等回到边塞时，剩余士兵仅八百人。
军队返回后，司宪大夫杨德裔弹劾上奏：“郑仁泰等诛杀已投降的部众，导致虏寇逃散；不体恤士兵，不计算粮草，致使尸骸遍野，丢弃的铠甲武器被敌人获取。自本朝开创以来，从未有过如此惨重的失败。薛仁贵在任职期间，贪婪淫乱、恣意妄为，虽然夸耀战功，却无法弥补损失。请求将他们交付司法部门审讯治罪。”皇帝下诏让他们以功赎罪，全部赦免。
任命右骁卫大将军契苾何力为铁勒道安抚使，左卫将军姜恪为副使，安抚铁勒残余部众。契苾何力挑选五百精锐骑兵，疾驰进入铁勒九姓部落中，铁勒人十分震惊。契苾何力对他们说：“国家知道你们都是被胁迫反叛的，赦免你们的罪责，罪责只在酋长身上，抓获酋长此事就了结。”各部落大喜，共同擒获叶护、设、特勒等二百余人交给契苾何力，契苾何力列举他们的罪状后全部斩首，铁勒九姓从此安定。
甲午日，皇帝从东都出发；辛亥日，驾临蒲州；夏季四月庚申朔日，抵达京师长安。辛巳日，修建蓬莱宫。
五月丙申日，任命许圉师为左相。
六月乙丑日，首次下令僧、尼、道士、女官必须向父母致敬。
秋季七月戊子朔日，大赦天下。丁巳日熊津都督刘仁愿、带方州刺史刘仁轨在熊津以东大败百济军，攻克真岘城。
起初，刘仁愿、刘仁轨等驻守熊津城，皇帝给他们下敕书：“平壤的大军已经撤回，一座孤城难以独自坚守，应当撤军前往新罗。如果金法敏（新罗王）需要你们留下镇守，可以暂时停驻在那里；如果他不需要，就应渡海返回。”将士们都想向西返回中原。刘仁轨说：“臣子为国家利益效命，应当誓死不二，怎能先考虑个人安危！皇上想要消灭高丽，所以先诛杀百济，留下军队驻守，控制其心腹之地；虽然残余敌寇众多，但我们守备严密，应当厉兵秣马，出其不意发动攻击，按理说没有攻克不了的。获胜之后，士兵人心安定，然后分兵占据险要之地，扩展势力范围，飞速上表奏报朝廷，请求增兵。朝廷知道我们有成功的把握，必定会任命将领出兵增援，援军一到，敌人自然会被歼灭。这不仅不会放弃已有的功劳，还能永久平定海外。如今平壤的大军已经撤回，如果再放弃熊津，那么百济的残余势力用不了多久就会重新兴起，高丽的逃寇又何时才能消灭！况且现在我们占据一座城池，处于敌人腹地，一旦移动，就会被敌军擒获；即便进入新罗，也只是寄人篱下的客人，倘若不如意，后悔就来不及了。何况福信凶狠残暴，君臣之间互相猜忌，还会自相残杀；我们正应当坚守城池观察局势变化，趁机夺取百济，绝不能轻易移动！”众人听从了他的建议。
当时百济王丰与福信等认为刘仁愿等困守孤城、毫无援军，派使者对他们说：“大使等何时向西返回，我们会派人相送。”刘仁愿、刘仁轨知道他们没有防备，突然出兵袭击，攻克支罗城以及尹城、大山、沙井等营寨，杀死和俘获大量敌军，分兵驻守这些地方。福信等认为真岘城地势险要，增兵防守。刘仁轨趁守军稍有松懈，率领新罗兵在夜间逼近城下，攀着草木登上城墙，天亮时就占据了城池，从此打通了新罗的运粮通道。刘仁愿于是上奏请求增兵，朝廷下诏征发淄、青、莱、海四州的七千士兵赶赴熊津。
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