仪凤元年，公元676年春季正月壬戌日，将冀王李轮改封为相王。
接着，纳州獠人反叛，朝廷下令黔州都督发兵讨伐。
二月甲戌日，将安东都护府迁移到辽东故城；此前在安东都护府担任官职的中原人，全部被罢免。将熊津都督府迁移到建安故城；此前被迁徙到徐州、兖州等州的百济百姓，都安置到建安。
天后劝说皇帝到中岳嵩山举行封禅大典；癸未日，下诏定于今年冬季在嵩山举行封禅仪式。
三月癸卯日，黄门侍郎来恒、中书侍郎薛元超一同担任同中书门下三品。来恒是来济的兄长；薛元超是薛收的儿子。闰月，吐蕃侵犯鄯州、廓州、河州、芳州等地，朝廷下令左监门卫中郎将令狐智通征调兴州、凤州等地的军队抵御。
己卯日，因吐蕃侵犯边塞，下诏停止中岳封禅。乙酉日，任命洛州牧周王李显为洮州道行军元帅，率领工部尚书刘审礼等十二位总管；并州大都督相王李轮为凉州道行军元帅，率领左卫大将军契苾何力等人，讨伐吐蕃。两位亲王都没有前往军中任职。
秋季八月乙未日，吐蕃侵犯叠州。壬寅日，下诏：“桂州、广州、交州、黔州等都督府，近来任命当地人士为官，选拔不够精细。从今以后，每四年派遣五品以上清正官员担任使者，同时命令御史一同前往负责官员的选拔任命。”当时的人称之为“南选”。
九月壬申日，大理寺上奏，左威卫大将军权善才、右监门中郎将范怀义误砍了昭陵的柏树，按罪应当除名；皇帝特意下令将二人处死。大理丞太原人狄仁杰上奏说：“二人的罪行不该判处死刑。”皇帝说：“权善才等人砍了昭陵的柏树，我不杀他们就是不孝。”狄仁杰坚持己见，反复劝谏，皇帝脸色大变，下令让他退下。狄仁杰说：“冒犯君主的威严直言进谏，自古以来都被认为是难事。我却认为，遇到夏桀、商纣这样的君主是难事，遇到唐尧、虞舜这样的君主就容易了。如今法律规定不至于处死，而陛下却特意要杀他们，这是让法律不被百姓信任，百姓以后该如何行事！况且张释之曾经说过：‘假如有人盗取了长陵的一捧泥土，陛下该如何处置？’如今因为一棵柏树就杀两位将军，后代会认为陛下是什么样的君主呢？我不敢遵奉诏令，是担心让陛下陷入不仁不义的境地，而且在地下也羞于见到张释之啊。”皇帝的怒气渐渐消解，最终将二人除名，流放到岭南。几天后，提拔狄仁杰为侍御史。
起初，狄仁杰担任并州法曹时，同僚郑崇质需要出使遥远的地方。郑崇质的母亲年老多病，狄仁杰说：“他的母亲这样，怎么能让他怀有万里之外的忧虑呢！”于是前往长史蔺仁基那里，请求代替郑崇质出使。蔺仁基一向与司马李孝廉不和，此事过后两人相互说道：“我们这些人难道不应该感到惭愧吗！”从此两人和睦相处。
冬季十月丁酉日，在太庙举行祫祭（集合远近祖先神主一同祭祀），采纳太学博士史璨的建议：禘祭（祭祀始祖及先祖）之后三年举行祫祭，祫祭之后二年举行禘祭。
郇王李素节是萧淑妃的儿子，机敏好学。天后厌恶他，将他从岐州刺史降职为申州刺史。乾封初年，皇帝下诏说：“李素节既然有旧疾，就不必入朝觐见了。”但李素节实际上没有病，他因为长久不能入朝见君，便撰写了《忠孝论》。王府仓曹参军张柬之趁机通过出使的机会，秘密将这篇文章封好呈给皇帝。天后见到后，诬陷李素节贪赃受贿，丙午日，将他降封为鄱阳王，安置在袁州。
十一月壬申日，更改年号为仪凤，大赦天下。
十二月戊午日，任命来恒为河南道大使，薛元超为河北道大使，尚书左丞鄢陵人崔知悌、国子司业郑祖玄为江南道大使，分别前往各道巡视安抚。
仪凤二年，公元677年春季正月乙亥日，皇帝举行亲耕籍田仪式（表示重视农业）。
起初，刘仁轨率军从熊津返回，扶馀隆畏惧新罗的逼迫，不敢留下，不久也返回朝廷。二月丁巳日，任命工部尚书高藏为辽东州都督，封朝鲜王，派遣他返回辽东，安抚高丽残余部众；此前被迁徙到各州的高丽人，都派他们与高藏一同返回。又任命司农卿扶馀隆为熊津都督，封带方王，也派遣他返回安抚百济残余部众，同时将安东都护府迁移到新城，统一管辖这些地区。当时百济地区荒凉残破，命令扶馀隆暂时居住在高丽境内。高藏抵达辽东后，图谋反叛，秘密与靺鞨勾结；朝廷将他召回，迁徙到邛州后去世，他的部众被分散迁徙到河南、陇右各州，贫穷弱小的人留在安东城附近。高丽的旧城被新罗占领，残余部众分散逃入靺鞨和突厥境内，扶馀隆最终也不敢返回故地，高氏、扶馀氏于是灭亡。
夏季四月，下诏因黄河南北地区发生旱灾，派遣御史中丞崔谧等人分别前往各道慰问赈济。侍御史宁陵人刘思立上疏认为：“如今小麦即将成熟、蚕桑已经到老熟阶段，农事正繁忙，皇帝派遣使者巡视安抚，百姓都会恭敬不安，忘记自己的家业，期望得到皇帝的恩惠，聚集起来迎接使者，对农事妨碍很大。既然是为了赈济，就必须建立账簿文书，本意是安抚百姓，结果反而造成烦扰。希望暂且委托州县官员负责赈济，等到秋天农事清闲后，再派遣使者前往褒奖或贬斥官员。”奏疏呈上后，崔谧等人便没有出发。
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