联军在见识到自己究竟有多么渺小的时候，已经晚了，组成联军的所有文明都被秩序分割，文明可以进行的联系最多是在行星系中，再遥远的敌方，因为网络被封锁导致计算结果出现大量的偏差，无法确定最终的结果，很有可能自己跃迁之后就变成一团团能量消散于宇宙之中。
这让这些文明被困于一个个行星系大小的宇宙孤岛之中，宇宙之中的文明开始因为谷泊亭对自己憋屈的发泄陷入到科技大倒退中，原本应该动动念头就能完成的事情，现在都无法完成，虽然文明之中的所有人都经过了强化，让人脑也能当作计算机使用，但是终究是比不过专门设计的计算机，让这些人控制舰船确实是能办到，但也仅限开动，想要进行跃迁这种精密工作，还是需要专业计算机的帮助。
现在被困于一座座孤岛的人们陷入前所未有的混乱之中，天空中飞着的飞艇靠着基础的计算能力没有掉在空中，在天上靠着纳米皮肤中的重力操控仪飞行的平民虽然失去了网络连接，但是靠着强化过的大脑，还是稳住了身形，在天空中懵逼的看着周围的情况；城市中的各种大型设备因为系统混乱，造成了各种大规模损失和人员伤亡。
悬浮于空中的高楼大厦也因为网络问题造成重力系统混乱，一些高楼大厦直接变成了重力武器，加速掉落到地面上，或是成为一把棍子，在城市中自由旋转，切断了不少的楼房，幸好因为人口数量少，最穷的人都起码能有个足球场面积的家，还有好几层，那些正常人平时在家里移动都需要使用传送来方便自己在家中来回，人人也都有便宜船开，想要进行星系间得航行都是随意，也起码配备了最低级思维的简易人工智能，检测到飞来的高楼大厦，提前预警，这才让在地面上居住的人没有闹出多少人命。
被强化过后的身体也能让没来得及逃离的人存活一段时间，等待搜救队的到来。
星球与星球之间的通讯也只能在行星系中使用，再往外就联系不到了，这让政府陷入了恐慌中，正在寻找解决方法，只能欺骗平民网络正在进行大规模的维修，暂时不能使用，安稳民心，但这种方法不能长久，迟早会暴露，政府也在想办法弥补，结果发现什么办法都没有用，现在不仅是失去了网络，相当多的科技也被封锁，自己现在的情况十分困难，唯一的好消息就是，自动化农田不需要多高的技术，还能继续运行。
最后，这种政府人员只讨论出，自己确实没有办法，只能等外面的情况恢复，现在自己必须要保护自己，虽然科技被封锁了，但是武器还在，而且还有人口，大不了就用数量来弥补质量的缺失，用自己的人民当作计算机，进行星际间的航行以及战争，自己虽然没有什么战略武器，但是毁灭恒星级别的武器还是非常充足的，行星系之间还能进行沟通，虽然有延迟，但是足够了。
就这样，联军的这些文明变成了黑暗森林，谁都不确定自己知道的那个人是间谍还是自己人，亦或是想要迷惑自己，抢夺物资的强盗，所以人人自危，只要发现对面有主动联系的想法，第一个念头就是先下手为强，把对面杀死，哪怕这样会有可能暴露自己，也必须要让知道自己位置的人消失。
原本就有着各种派系，导致内部摩擦不断的文明，陷入了真正的内战当中，哪怕是曾经的盟友，现在也是潜在的敌人，必须消灭，自己必须要从这漫漫长夜中幸存，直到自己能够解决这次的网络问题，重新让自己回到巅峰。
这次的战争让整个宇宙充满了战火，一些原本就是军事重镇的地区因为军用设备强大的设备，还能互相之间维持通讯，让这些地区迅速成为军阀，借助自己的武器装备和各种防御设施，开始了对其他行星系或星系的战争，并迅速打下了庞大的疆土，互相之间开始了提防，并开始隐瞒自己这边的情况，使用数学律武器让边境地区无法以任何形式超越光速，互相之间的联系彻底断绝。
而在这种情况下，那些原本就没法联系外面的行星系陷入了更加浓烈的怀疑之中，彼此之间隔了一层可悲的厚障壁。
而在这种情况下，联军的这些文明丝毫没有察觉到，自己和秩序的边境线已经被秩序凿穿了，现在这些文明就像是被痴汉下了药昏迷，又被扒光衣服的青春少女，而这样的少女还不止一位，都被这个痴汉盯上，准备大快朵颐。
根普陀看到宇宙中的乱象，满意的点头，开始了入侵计划，让这些文明的领土全部归属于自己，变成自己的形状，变成对自己唯命是从的傀儡，自己想要让这些领土干嘛，这些领土就会争抢着为自己效忠，偿还不存在的恩情。
秩序的舰队直接对这些宇宙开启了全体广播，要求这些独立的孤岛臣服于自己，并直接镇压了这些宇宙中最强大的那个势力作为威慑。
无数的舰船来到那些失去了人工智能的势力版图内，开始对这些势力进行残酷的镇压，没有足够的防护，直接被秩序携带的生物清理脉冲清理了整颗整颗星球的生物，一个又一个星系的生物被清空，连微生物都没放过，毕竟秩序现在需要的强大的后勤，而不是耗费资源的自然保护区，自己一个机械文明也不需要考虑环境有多恶劣，基本上是个球就能住，舒适度只是弱小生物的借口。
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