间接探测法——1014eV以上的宇宙射线，由于通量小，必须使用间接测量，分析原始宇宙射线与大气的作用来反推原始宇宙射线的性质。当宇宙射线撞击大气的原子核后产生一些重子、轻子及光子（γ 射线）。这些次级粒子再重复作用产生更多次级粒子，直到平均能量等于某些临界值，次级粒子的数目达到最大值，称为簇射极大，在此之后粒子逐渐衰变或被大气吸收，使次级粒子的数目逐渐下降，这种反应称为“空气簇射”。地球地表的主要辐射源是放射性矿物，空气簇射的次级粒子是高空的主要辐射源，海拔20公里处辐射最强，100公里以上的太空辐射则以太阳风及宇宙射线为主。
空气簇射的成份主要以轻子居多，重子最少。探测空气簇射有三种方式：地面（及地下）阵列、契伦可夫望远镜、萤光望远镜。
地面（及地下）阵列通常需要多个带电粒子探测器组成，分布于广大平坦的区域，次级粒子才能有充足的取样，可全年操作。契伦可夫望远镜可探测由次级粒子产生的契伦可夫光，萤光望远镜可探测带电粒子游离氮气产生的萤光，这两种望远镜只能在夜间操作且需避开城市光源，平均操作时间只有10%。
宇宙射线为来自太阳系以外的高能量粒子，能量约从109eV to 1020eV以上。在靠近地球的太空中，每秒每平方公分约有一个宇宙射线穿过。宇宙射线的主要成份是质子，及其它核种从氦核到铁核以上，甚至微量的镧系元素。人造粒子加速器其最高能量约为1013eV。右图显示了宇宙射线的能谱，横跨12个数量级的能量。能谱上有两个有重要物理意义的转折点，1015eV称为膝点（knee），3′1018eV称为踝点（ankle）。极高能宇宙射线（Ultra High Energy Cosmic Rays: UHECR）主要研究1018eV以上的宇宙射线。为什么会有这么高的能量？它们的来源在那里？它们是什么粒子？这些都是宇宙射线物理学家的研究课题。
UHECR的研究经费在美国超导对撞机（Superconducting Super Collidea）计划终止后快速增加，并成为天文粒子物理学研究的三大主流之一（另两项为微中子与暗物质）。
宇宙射线中的核子之所以能够从他们遥远的源头一直到达地球，是因为宇宙中物质的低密度。核子与其它物质有着强烈的感应，所以当宇宙线接近地球时，便开始于大气层气体中的核子撞击。在粒子雨的过程中，这些碰撞产生很多π介子和K介子，这些是会很快衰退为不稳定的μ介子。由于与大气层没有强烈的感应以及时间膨胀的相对论性效应，许多μ子能够到达地球表面。μ子属于电离辐射，从而可以轻易被许多粒子探测器检测到，例如气泡室，或闪烁体探测器。如果多个μ子在同一时间被不同的探测器检测到，那么它们一定产自同一次粒子雨。
如今，新的探测手段能够不通过粒子雨这个现象检测这些高能粒子，也就是在太空中，不受大气层的干扰，直接探测宇宙线，例如阿尔法磁谱仪实验。
科学家们对宇宙射线可能对遥远的系外行星宜居性造成的影响开展研究。在过去20年间，科学家们使用地面和空间望远镜设备发现了上百颗系外行星，这唤起了人们的希望，人们认为在那些系外行星中或许存在着某种形式的外星生命。研究人员的兴趣尤其集中在那些位于所谓“宜居带”区域内的系外行星，在这些区域，行星距离恒星的远近适当，从而允许水以液态形式存在于其地表。在地球上，液态水孕育了丰富的生命形式。
研究人员认为，一颗行星遭受的辐射水平将影响其宜居性。尽管一颗行星经受的外部辐射通量中，来自它的“太阳”的通量要远高于来自星系的宇宙射线，但后者的粒子能量要远远高于太阳辐射中的光子和质子流能量，从而使其具有不可忽视的影响。
这项研究的作者迪米特里·艾特利(Dimitra Atri)是一名来自“蓝色大理石空间科学研究所”的天体物理学家，这是一家由来自世界各地的科学家们组成的非盈利研究机构。研究人员对可能影响行星接受到辐射剂量的两个重要因素进行了关注，包括其磁场的强度，以及大气层的厚度。
艾特利表示：“当我在对火星和地球开展研究时便开始思考这个问题。这两颗行星是近邻，但地球上拥有繁盛的生物圈，火星却是一片荒芜。这是为什么？”他说：“主要的原因就在于，相比地球，火星的环境辐射通量很高。这是因为火星的大气层相比地球几乎可以忽略不计，以地球的标准来看，它非常非常稀薄。另外火星也没有全球性的磁场，因此它便相应的缺乏地球那样面对宇宙射线的保护层。因此我认为正是这样的差异导致了两颗原本相似的行星完全迥异的命运。”
研究人员模拟了不同的行星情景，从完全缺乏磁场的行星，到像拥有地球那样强磁场的行星；从拥有非常稀薄大气层的行星，到拥有像地球那样浓密大气层的行星。艾特利表示：“我们知道地球的磁场保护着我们免受宇宙射线的伤害，我们也认为宇宙射线是对地面环境辐射通量造成显着影响的因素。”
然而出乎意料的是，艾特利表示：“我们发现行星的大气层厚度才是对行星地表辐射通量具有更重要作用的因素。”他说：“如果以地球为例，你将地球的磁场完全去除，那么我们暴露于环境中的辐射通量将上升两倍，这是非常大的增加，但尽管如此，这样也不会对我们的生存构成严重的威胁。然而，如果你保留磁场，但将地球的大气层浓度降低10倍，那么我们接受到的辐射通量将会上升两个数量级。”
科学家们现在倾向于认为那些围绕红矮星运行的系外行星是搜寻外星生命的理想地点，因为这类恒星相对暗弱，它们的数量是宇宙中最多的，大约占到宇宙中全部恒星数量的80%左右。
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