在孙传庭声嘶力竭、近乎死谏的苦苦劝说下，朱由检的理智逐渐回笼。他不得不承认，孙传庭说得对，自己御驾亲征去砍藩王，实在是气昏了头才会产生的荒谬想法。
但是，现实的压力丝毫没有减轻。如果他这个皇帝不想出个有效的办法来打破僵局，远在陕西的李邦华将会寸步难行，所有整顿军屯、安抚流民的计划都将化为泡影。
朱由检深吸一口气。他再次拉起孙传庭，不过这次不是冲向宫外，而是急匆匆地转身往回走，回到了乾清宫那堆满奏疏的御案之前。
他不发一言，径直提起朱笔，铺开明黄色的圣旨卷轴，略一沉吟，写下了一道措辞严厉、不容置疑的旨意：“奉天承运皇帝，制曰：兹谕秦王朱存机，见旨之日，即刻率领王府眷属及一应属官，速速启程入京陛见，不得以任何缘由延误羁留！钦此！”
写罢，他重重盖上皇帝之宝，将圣旨递给侍立一旁的王承恩：“用印，六百里加急，发往西安秦王府！”
圣旨一到秦王府，秦王朱存机展开一看，心里顿时“咯噔”一下，彻底凉了半截。他明白，事情已经彻底闹大了，当今天子这是明摆着要将他调离陕西老巢，好让李邦华等人放开手脚，清查、甚至夺取他的庞大家产！
然而，这煌煌圣旨，字字皆代表皇权，他纵然心中有一万个不甘、一千个不愿，也绝不敢公然抗旨。那形同谋反的罪名，他担当不起。
更让他感到心惊和羞辱的是，前来传旨的，并非寻常太监，而是他的老对头——总理陕西事务大臣李邦华本人！李邦华手持圣旨，面无表情地站在王府大堂之上，目光冷峻，声音不带一丝波澜地催促道：“秦王殿下，速速接旨吧。”
这无疑是皇帝对他最强烈的警告和最直接的施压。朱存机脸色铁青，双手微微颤抖，最终还是在王府属官惊恐的目光中，艰难地跪下，接过了那卷重如千斤的圣旨。
他刚一起身，还未来得及说些什么，李邦华便毫不客气地一招手。早已等候在府门外的周文郁立即率领一队精锐的关宁军士兵鱼贯而入，甲胄铿锵，瞬间控制了王府的各处要道，气氛顿时变得无比压抑。
李邦华的声音依旧平静：“陛下的旨意是‘速速入京’，不得延误。周总兵，带你的人，‘帮’秦王殿下和王府上下，速速收拾东西，即刻启程！”
这哪里是“帮忙”，分明是武装押解前的抄检和监视！朱存机看着眼前寒光闪闪的兵刃和士兵们冷峻的面孔，深知一切反抗都已徒劳，只能眼睁睁看着这些“丘八”闯入他的府邸深处，心中充满了屈辱和绝望。他经营多年的陕西根基，在这一刻，被皇帝一道圣旨和冰冷的刀兵，彻底瓦解了。
秦王之事暂且按下，朱由检在发出召秦王即刻入京的圣旨后，他再次提起朱笔，写下了第二道同样石破天惊的旨意：
“奉天承运皇帝，制曰：咨尔都察院右佥都御史孙传庭，忠勤敏达，刚正不阿。今特加授尔为‘京师总理大臣’，总揽北直隶境内所有皇庄之丈量、清点、稽查事宜。内外诸司，皆需配合协理，不得阻挠。特赐尚方剑，允尔便宜行事，凡有贪渎舞弊、抗命欺瞒、侵吞田产之员，无论品级勋爵，四品以下，先行拿问，若情罪确凿，可就地正法，先斩后奏！钦此！”
写罢，朱由检甚至不等墨迹完全干透，便一把将沉甸甸的圣旨卷轴和那柄象征着至高权力的尚方宝剑，塞还到仍跪在一旁的孙传庭怀里：“朕给你权柄，也给你期限！两个月！两个月内，务必给朕将此事彻底办妥！朕要看到清清楚楚的账册，看到实实在在的田亩！勿负朕望！”
孙传庭没有任何犹豫，猛地以头触地：“臣！孙传庭，领旨！叩谢天恩！必竭尽驽钝，粉身碎骨，亦要在两月之内，为陛下廓清奸佞，厘清田亩！若不能如期完成，臣……甘当军法！”
秦王被强制召京的风声迅速传遍了陕西各地。天子这番毫不留情、直指宗亲的雷霆手段，在带来巨大震慑的同时，也像一记重锤，狠狠敲醒了以惠安伯张庆臻、武清侯李国瑞为首的一干勋贵豪强。
他们猛然意识到，皇帝这次是动了真格，绝非虚张声势。巨大的危机感促使这些往日里或许还有龃龉的势力迅速抱团取暖，结成了更为紧密的同盟。俗话说，断人财路犹如杀人父母。朱由检那道强硬的圣旨非但没能让他们束手就擒，反而激起了他们拼死抵抗的决心——与其坐以待毙，眼睁睁看着世代积累的财富被夺走，不如铤而走险，合力对抗。
然而，尽管阻力集团完成了集结，但秦王朱存机这根最大的“主心骨”的离去，确实为李邦华、孙元化等人创造了前所未有的活动空间。来自顶层的、最直接的干预和庇护暂时消失了。他们趁机雷厉风行地推进清丈，以前所未有的力度打击中下层的爪牙和代理人。
在秦王离陕后的短短时间内，便有将近一万顷被非法侵占的军屯田地被成功清理出来，重新登记造册，划归大明朝廷直接管理。这些宝贵的土地资源，立刻被李邦华用于安置流民、招募乡勇、兴办军屯。既缓解了社会矛盾，恢复了生产，更在为下一步的“练兵平叛”积攒最重要的钱粮和兵源基础。一支由朝廷直接掌控、扎根于恢复生产的军屯之上的新力量，正在陕西悄然孕育。
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