“小霞已经安抚好黑曜犬了，我帮你拿了块黑曜晶。” 小智把黑曜晶递过去，“村长说黑曜晶能中和暗能，你试试放在香薰石旁边，效果可能更好。” 莎莉娜接过黑曜晶，冰凉的晶体贴着掌心，她把它放在香薰石旁，果然，黑曜晶泛出淡灰光芒，与香薰的绿色光芒交织，黑曜兔身上的黑纹很快就消失了。
“谢谢你，小智。” 莎莉娜的脸颊泛起微红，她把星茧蛹抱起来，“你看，星茧蛹好像更喜欢黑曜晶的光芒，刚才它的茧身亮了一下，说不定快进化了。” 小智凑近看了看，星茧蛹的茧上确实有几道细微的光纹，像在积蓄能量，他笑着点头：“等它进化了，肯定更厉害，到时候帮我们对抗暗能组织！”
主线的追查也有了进展。超梦和拉蒂欧斯跟着脚印，在黑曜村后山的山洞里发现了暗能组织的临时营地 —— 地上散落着几个空的暗能结晶瓶，石壁上画着一个奇怪的符号，和丰缘信物上的暗能纹路相似。拉蒂亚斯用超能力扫描山洞，发现石壁深处有一道暗门：“里面有很强的暗能波动，还有…… 原始核心的气息！”
超梦的光带推开暗门，里面是一间狭窄的石室，石室中央放着一块破碎的黑曜晶，晶体内嵌着一丝淡金色的能量 —— 正是原始核心的碎片！但碎片周围缠绕着厚厚的暗能，像一层黑色的壳，把金色能量包裹住。“暗能组织应该是想提取碎片的能量，却失败了，才把它留在这里。” 超梦的光带试图驱散暗能，却发现暗能里混着某种特殊的结晶，比之前遇到的更顽固。
“需要大家一起合力！” 拉蒂欧斯立刻返回村子，把消息告诉小智。众人赶到山洞时，丰缘信物的红光与石室里的原始核心碎片产生强烈共鸣，信物表面的土黄色光芒暴涨，与碎片的金色能量遥相呼应。
“小霞，星露鱼的水波动负责稀释暗能；莎莉娜，星茧蛹的治愈波动保护碎片，别让它被暗能侵蚀；超梦、拉蒂欧斯兄妹，我们用能量托住碎片！” 小智的指令清晰有力，众人立刻行动起来。
星露鱼的水波动像细雨般落在暗能外壳上，蓝色的水纹一点点渗透进去，暗能的颜色开始变浅；星茧蛹的治愈波动形成一层绿色的保护膜，裹住原始核心碎片，防止它被暗能伤害；超梦的红色光带、拉蒂欧斯的蓝色气流、拉蒂亚斯的紫色超能力交织在一起，托着碎片慢慢升起；小智则握紧丰缘信物，土黄色的光芒注入碎片，金色能量渐渐挣脱暗能的束缚，在石室里绽放出温暖的光芒。
“成功了！” 小霞激动地拍手，星露鱼也跟着跃出水面，溅起的水花沾在她的脸颊上，她却毫不在意，眼睛紧紧盯着碎片，“这就是原始核心的碎片吗？比想象中更温暖！”
莎莉娜轻轻碰了碰碎片的光芒，脸上露出温柔的笑容：“星茧蛹好像很喜欢这个能量，你看它的茧身！” 星茧蛹的银白茧身此刻泛着金色的光纹，茧的顶端出现一道细小的裂痕，似乎有什么东西要破茧而出。
就在这时，丰缘信物突然吸收了碎片的一部分能量，表面映出一幅完整的地图 —— 黑曜山谷深处有一个 “黑曜祭坛”，暗能组织的首领正带着手下往那里赶，祭坛中央，赫然放着另一块更大的原始核心碎片！
“他们的目标是集齐碎片，在黑曜祭坛唤醒暗能！” 超梦的语气凝重，“我们必须尽快赶到祭坛，阻止他们！”
离开山洞时，黑曜村的村民们早已在门口等候，阿黑手里拿着一袋黑曜晶和一张手绘的山谷地图：“这是我们村的‘守护黑曜晶’，能抵抗暗能，还有这张地图，标注了去祭坛的近路，希望能帮到你们！”
当晚，众人在黑曜村外露营。小刚用黑曜米和原始核心碎片附近采集的 “金光草” 做了 “金光饭团”，饭团泛着淡淡的金色，吃起来带着温暖的能量。小霞把星露鱼放在浅水区，用守护黑曜晶帮它强化水波动，星露鱼的鳞片此刻泛着蓝金交织的光芒，看起来更加强壮；莎莉娜则守在星茧蛹身边，星茧蛹的茧裂得更大了，偶尔能看到里面淡紫色的翅膀尖，莎莉娜轻声说：“别急，我们等你进化。”
小智坐在篝火旁，手里拿着丰缘信物和村长送的地图，眉头微微皱着。小霞走过来，递给他一杯温热的黑曜米茶：“别太担心，我们有这么多伙伴，一定能阻止暗能组织的。” 她的指尖碰到他的手背，带着淡淡的暖意，小智抬头看向她，笑着接过茶杯：“谢谢你，小霞。有你们在，我一点都不害怕。”
莎莉娜也走过来，把一块新做的香薰石放在他身边：“这是用金光草和黑曜晶粉做的，能让人保持清醒，等下赶路的时候用。” 她的声音很轻，却带着坚定的力量，“星茧蛹进化后，肯定能帮上大忙，我们一起加油。”
小智看着身边的两人，又看了看篝火旁玩耍的皮卡丘、星露鱼，还有静静待在莎莉娜怀里的星茧蛹，心里充满了力量。丰缘信物的红光映着他的脸颊，地图上的黑曜祭坛不再是可怕的目的地，而是他们守护羁绊的战场。
夜色渐深，飞行船再次启航，朝着黑曜山谷深处飞去。船舱里，星茧蛹的茧身泛着越来越亮的光芒，丰缘信物的红光指引着方向，而伙伴们的笑声和宝可梦的叫声，成了对抗黑暗最温暖的力量 —— 他们知道，一场硬仗即将到来，但只要彼此相伴，就没有克服不了的困难。
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