有了圣上的金口玉言，整军之事便毫无阻碍地展开。萧长风与周延奉旨，即刻调派羽林卫精锐，前往京畿十二卫所，逐一清查。先是裁汰老弱残兵，共计裁汰两万余人，这些人皆给予安家银两，遣返原籍，令地方官吏妥善安置；又从江南归朝的羽林卫中抽调一万精锐，补充各卫所，同时在京畿周边州县招募青壮，经严格筛选，择取三万余人，充实兵源，短短一月，京畿十二卫所便皆换了新颜，个个青壮挺拔，精神抖擞。
清查贪腐守将之时，却遇着了阻力。京畿右卫守将李奎，乃太后的远房侄子，依仗太后势力，克扣军饷数年，侵占良田千亩，府中金银无数。萧长风派人前去捉拿，李奎竟闭门不出，令亲兵把守府门，扬言“谁敢动我，便是与太后为敌”。
消息传回镇南王府，周延面露难色：“李奎乃太后亲眷，若是硬来，怕是会触怒太后，惹圣上为难。不如暂且搁置，待日后再作计较？”
“法不阿贵，天子犯法，与庶民同罪，何况一个太后远亲？”萧长风眸色冷冽，“李奎克扣军饷，败坏军备，罪大恶极，若饶了他，日后整军之事，谁还会服？太后深明大义，定知孰轻孰重。”
说罢，萧长风亲自率领五百羽林卫，直奔李奎府邸。李奎府门紧闭，亲兵手持刀枪，立于门前，见萧长风前来，个个面露惧色，却依旧强装镇定：“镇南王，我家将军乃太后亲眷，你敢擅闯？”
“太后亲眷，便可枉法？”萧长风声音冰冷，抬手一挥，“拿下！敢有反抗者，格杀勿论！”
五百羽林卫一拥而上，亲兵们本就心虚，怎敢与精锐羽林卫抗衡，瞬间便被制服。萧长风率军冲入府中，李奎正欲收拾金银珠宝出逃，被羽林卫当场擒获。从李奎府中，搜出的金银珠宝、绸缎布匹堆积如山，还有数本记录着克扣军饷、侵占良田的账本，铁证如山。
萧长风令人将李奎押至兵部，当堂审讯，李奎无可抵赖，只得一一招供。周延依军法，判李奎斩立决，抄没其所有家产，充作整军之费。消息传开，京畿上下震动，那些曾倚仗势力、贪腐枉法的卫所守将，皆心惊胆战，纷纷主动上缴克扣的军饷，投案自首，京畿整军之事，便这般顺顺利利地推进下去。
太后得知李奎被斩，虽心中不悦，却也知晓李奎罪有应得，且圣上与萧长风一心为国，并未多加怪罪，只是传旨太后宫中人等，谨言慎行，不可再倚仗势力胡作非为。经此一事，朝中权贵皆收敛了气焰，无人再敢阻拦整军之事，京畿十二卫所的整饬，便这般有条不紊地进行着。
除了裁汰兵源、严惩贪腐，修缮军备也是重中之重。萧长风令周延亲自督办，从江南调来能工巧匠，与京畿的军械坊一同打造战甲、火炮、战船。战甲皆用精铁打造，轻便坚固，火炮则改良了炮膛，威力更大，射程更远，战船则参照江南水师的战船样式，打造了数十艘大型战船，停泊在渭水与黄河交汇处，守护京畿水上要道。
为了让京畿卫所的兵士战力大增，萧长风又奏请圣上，令江南归朝的羽林卫将领，前往各卫所担任教习，操练兵士。这些将领皆是身经百战的精锐，操练之法严苛有效，每日天未亮，京畿各卫所的校场便响起震天的操练声，兵士们列阵、拼杀、射箭、操炮，个个练得汗流浃背，却无一人懈怠。萧长风则每日亲自前往各卫所校场，查看操练情况，遇着不认真操练的兵士，严加责罚，遇着表现优异的兵士，则重重奖赏，京畿卫所的兵士，战力一日日提升，精气神也与往日截然不同。
整军之余，萧长风也未忘关注民生。京畿周边州县，因前些年权贵侵占良田，不少百姓流离失所，萧长风令地方官吏，将清查出来的侵占良田，尽数归还给百姓，又奏请圣上，减免京畿周边州县赋税一年，鼓励百姓垦种。同时，他又令羽林卫协助地方官吏，修缮河道，疏通水利，确保农田灌溉。百姓们重获良田，又遇免税之恩，个个欢欣鼓舞，纷纷下地垦种，京畿周边的田野，很快便恢复了往日的生机，一片片新绿，在田野间铺展开来。
这日，萧长风前往京畿左卫校场查看操练，左卫守将秦峰，乃萧长风一手提拔的忠勇之将，曾随他一同平定江南，深得他的信任。秦峰见萧长风前来，即刻令兵士停止操练，列队行礼。萧长风抬手示意免礼，走到兵士们中间，抬手拿起一名兵士的战甲，查看其坚固程度，又拿起一把长枪，掂量其重量，满意地点头：“秦峰，你操练有方，兵士们个个精神抖擞，战甲军械也皆完好，值得嘉奖。”
秦峰躬身道：“皆是王爷教导有方，属下只是尽了本分。如今左卫三万兵士，皆是青壮精锐，战甲火炮一应俱全，若有战事，定能上阵杀敌，守护京畿。”
萧长风点了点头，走到校场中央，对着兵士们朗声道：“诸位将士，京畿乃天子脚下，国之根本，你们皆是大萧的精锐，守护京畿，便是守护圣上，守护天下百姓！如今大萧虽太平，却也不可掉以轻心，北方有匈奴虎视眈眈，东南有倭寇伺机作乱，唯有兵强马壮，才能震慑四方，让大萧的百姓安居乐业！本王希望你们，日夜操练，练就一身好武艺，若有朝一日，国家需要，便挺身而出，为大萧抛头颅，洒热血，护我河山，守我百姓！”
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