“菊石兽。（自从大灾变之后，我们的祖先就躲到了这里。）”多刺菊石兽回答，“菊石...菊石兽。（我们守护着圣地，等待新时代的到来。）”
“圣地？”小智好奇地问。
多刺菊石兽示意他们跟上，带领他们穿过一条隐蔽的通道。通道尽头是一个圆形的洞窟，洞窟顶部有一个天然的开口，一束阳光斜斜地照射进来，正好落在一块突出的岩石上。
岩石上，两只体型巨大的化石翼龙正栖息在那里，金色的眼睛在光线中闪闪发光。它们身后，隐约可见一个石台，上面摆放着什么东西。
“翼...龙！（入侵者！）”其中一只化石翼龙发出震耳欲聋的咆哮，展开巨大的翅膀。
多刺菊石兽赶紧上前：“菊石兽！（他们是朋友！）”
但化石翼龙显然不这么认为。它们腾空而起，在洞窟中盘旋，发出威胁的叫声。
“皮卡丘！”小智本能地将皮卡丘护在身后。皮卡丘却跳上前，脸颊的电气囊闪烁着电光。
“皮卡丘！（我们不想战斗！）”
化石翼龙根本不听解释，其中一只俯冲下来，尖锐的爪子直取皮卡丘。皮卡丘灵活地闪避，但还是被气流掀翻在地。
“没办法了！”小智咬牙，“皮卡丘，闪闪雷光！”
皮卡丘全身迸发出前所未有的强烈电光，整个洞窟被照得如同白昼。金色的电流如同活物般缠绕上俯冲的化石翼龙，让它发出痛苦的嘶吼。
另一只化石翼龙见状，从侧面突袭。小智敏锐地察觉到危险：“皮卡丘，左边！”
皮卡丘没有转身，而是将积蓄的电力猛地向左释放。第二道闪电精准命中偷袭的化石翼龙，两只远古掠食者同时坠落在地，痛苦地挣扎着。
小智没有犹豫，迅速掏出精灵球：“去吧！”
两颗精灵球分别命中两只化石翼龙，将它们收入其中。精灵球在地上剧烈摇晃，最终发出“叮”的一声轻响——收服成功！
洞穴中一片寂静，所有的化石宝可梦都敬畏地看着皮卡丘。即使是多刺菊石兽也显得十分震惊：“菊石...（如此强大的力量...）”
小智走过去捡起精灵球，然后注意到化石翼龙守护的那个石台。他走近查看，发现石台上嵌着一块奇特的石头——形状如同DNA螺旋，散发着淡淡的紫色光芒。
“这是...mega进化石？”小智小心翼翼地取下石头，“而且是化石翼龙的！”
就在这时，伊利斯发出一声惊呼：“小智，你看这里！”
小智转身，看到伊利斯正蹲在石台后方的一个凹槽旁。凹槽里静静地躺着两颗宝可梦蛋——一颗有着红蓝相间的螺旋花纹，另一颗则是黑金相间的奇特配色。
“这是...波克比的蛋！”小智一眼认出了第一颗蛋，“而另一颗...”他拿起那颗黑金相间的蛋，仔细端详，却毫无头绪。他下意识地摸了摸脖子上的时空之轮，但神器也没有给出任何反应。
多刺菊石兽游过来：“菊石兽。（这些蛋是远古的赠礼，属于命中注定的训练家。）”
小智沉思片刻，将波克比的蛋递给伊利斯：“这颗蛋给你照顾吧。”
伊利斯惊讶地接过蛋：“真的可以吗？”
小智点点头：“我相信你会是个好训练家。”然后他看向那颗黑金相间的蛋，“这颗...我想亲自孵化它，看看究竟是什么宝可梦。”
多刺菊石兽似乎对这个决定很满意：“菊石兽。（你们通过了考验。我们决定接受你的提议，迁移到你的小世界中。）”
接下来的时间里，小智打开小世界的入口，帮助所有的化石宝可梦安全转移。他特别为多刺菊石兽和一只表现出色的镰刀盔准备了精灵球，正式收服了它们。
当最后一只化石宝可梦进入小世界后，小智一行人找到了通往外界的路。当他们爬出洞口时，夕阳已经西沉，将整个大傻谷染成金色。
远处，小茂和他的团队正垂头丧气地收拾设备，显然一无所获。火箭队早已不见踪影，只留下他们那台被炸毁的机器残骸。
“我们做到了，皮卡丘。”小智轻声说，抚摸着肩膀上的伙伴。
“皮卡！（我们保护了它们！）”皮卡丘开心地蹭了蹭小智的脸颊。
伊利斯小心翼翼地抱着波克比的蛋：“我会好好照顾它的。”
小刚微笑着看着他们：“这真是一次不可思议的冒险。”
小智点点头，望向远方逐渐亮起的星辰。他知道，那颗神秘的宝可梦蛋将会带来新的故事，而他们的旅程，还远远没有结束。
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