一切都源于一个破碎的梦想，一个父亲对逝去之人的执着追求。小富士博士，本是宝可梦研究界的奇才，却在失去女儿小爱的那一刻，选择了与黑暗为伍。
他原本是关都地区备受尊敬的学者，专注于宝可梦的遗传学和进化机制。但小爱的夭折如同一道无法愈合的伤口，吞噬了他的理智。
那是一场突如其来的疾病，小爱那双明亮的眼睛永远闭上了，留给富士博士的只有无尽的悔恨。
为了复活小爱，富士博士走上了危险的道路。他秘密与火箭队合作，那是一个以野心和权力为名的组织，领导者坂木野心勃勃，总是在幕后操控着各种阴谋。
火箭队看中了富士博士的才华，提供资金和技术支持，而富士博士则把新岛——一个偏远的、被遗忘的岛屿——作为他们的实验基地。
新岛上，狂风呼啸，海浪拍打着岩岸，仿佛在警告着即将到来的灾难。
在实验室的深处，富士博士开始了克隆技术的疯狂研究。他先是复制了关都地区的最初伙伴宝可梦，那些陪伴着无数训练家成长的经典物种：喷火龙、妙蛙种子、水系的杰尼龟
……这些克隆体在试管中诞生，闪烁着不自然的光芒。富士博士的眼睛里充满了狂热，他喃喃自语道：“如果我能重现生命，或许就能把小爱带回来。”
他的助手们——那些被火箭队雇佣的科学家——在实验室的灯光下忙碌着，但他们的脸上总带着一丝恐惧，因为他们知道，这不仅仅是科学，而是对自然秩序的亵渎。
接着，富士博士将目光投向了更宏大的目标。他从古老的传说中获取灵感，利用梦幻的睫毛化石——那是一种被封印在岩石中的神秘物质——制造出了超梦。
梦幻是传说中的宝可梦，拥有强大的精神力量，而超梦则是它的变种，通过克隆技术诞生的奇迹。实验室里充斥着电光和能量波动，
当超梦第一次睁开眼睛时，整个房间都震颤了。超梦的身体散发着紫色的光芒，它的眼睛里闪烁着好奇和混乱。“Mewtwo...”它低声呢喃，声音如同一阵风掠过。
但富士博士不止于此。他试图制造出一个具有小爱意识的生命体。他从小爱的DNA样本中提取数据，结合克隆技术，创造出了几个实验体。
这些生命体长得和小爱相似，拥有她的一部分记忆和情感。其中一个实验体甚至能模糊地回忆起儿时的欢乐。
幼年的超梦在实验室的隔离区里孤独地成长，它对这些新生的“姐妹”产生了兴趣。它们一起玩耍，超梦用心灵力量移动玩具，小爱的克隆体则发出银铃般的笑声。
“超梦，你觉得怎么样？”富士博士有一天问它，声音带着疲惫的兴奋。超梦用心灵感应回应：“我...感觉...温暖。它们像...家人。”超梦的话语在空气中回荡，像一股无形的波浪。
那些日子，实验室成了一个奇怪的世外桃源。超梦和克隆体们成了朋友，它们在夜深人静时一起探索，分享着简单的快乐。但实验的本质是脆弱的。
一次意外的能量爆发导致了灾难。克隆体们开始不稳定，身体像雾气般消散。小爱的意识体发出了最后的哭喊：“爸爸...救我...”然后，一切都化作了虚无。除了超梦，其他克隆体都消失了。
超梦受到了惊吓，它的精神力量失控了。实验室的墙壁崩裂，设备爆炸，能量风暴席卷了整个新岛。
富士博士惊恐地看着这一切，他知道自己犯下了不可饶恕的错误。“不！超梦，冷静下来！”他大喊道。但超梦的眼睛里充满了愤怒和困惑，它咆哮道：“为什么...为什么她们消失了？我...不是怪物吗？”
在千钧一发之际，富士博士注射了镇定剂。那是一种强力的药物，直接作用于超梦的大脑。超梦的身体逐渐软化，它陷入了深沉的沉睡。
在那之前，它的目光扫过富士博士，似乎在问最后一个问题：“我...是什么？”从此，超梦失去了那些记忆——关于小爱克隆体、关于友情、关于实验室里的温暖一切都像梦境般被抹去了。
多年后，当超梦再次苏醒时，新岛已经成了废墟。坂木试图利用它的力量，将它作为火箭队的终极武器。“超梦，你是完美的存在。加入我们，统治这个世界。”
坂木在黑暗的房间里低语道。但超梦的自我意识觉醒了，它对自身的存在产生了疑问。“我为什么在这里？我是谁？”这些问题如洪水般涌来，导致它暴走。
能量波席卷了整个岛屿，实验室被摧毁，火箭队的成员四散逃命。坂木的计划彻底失败，他试图用捕捉装置束缚超梦，但那强大的精神力量轻易将一切撕碎。
从此，超梦销声匿迹，消失在世界的角落，只留下新岛上的一片废墟。
而与此同时，关都地区的生活还在继续。立志成为宝可梦大师的小智一行人——小智、伊利斯和小刚——正踏上他们永无止境的旅程。
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