以小女孩的愿望为蓝图，以未知图腾的超能力为建材，一个巨大的“工程”开始了。
首先是墙壁，光滑的壁纸上开始渗出晶莹的颗粒，迅速蔓延、凝结，化作七彩流转的水晶。然后是天花板、地板……整座大宅从内部开始被迅速晶体化。
家具、摆设，一切都被包裹在坚硬而美丽的水晶之中，仿佛时间静止。但水晶并未停止，它们冲破墙壁，向天空延伸，一座巍峨而诡异的结晶塔以肉眼可见的速度拔地而起，取代了原来的大宅。
未知图腾们为小美创造了一个绝对“安全”的堡垒，一个与外界隔绝的、只属于她的完美世界。在这里，没有失踪，没有等待，没有孤独。
塔的中心，是小美原来的卧室，如今已变成了一座水晶宫殿。小美站在宫殿中央，身上的睡衣也变成了闪烁着星光的华丽裙子。她面前，水晶如同有生命般汇聚、塑形，最终变成了秀力博士的模样。
“小美。”‘爸爸’开口了，声音和神态都与真正的秀力博士一般无二，只是眼神深处缺少了那份真实的温度，“看，爸爸回来了。以后爸爸永远陪着你，再也不离开你了。”
小美扑进‘爸爸’的怀里，触感是真实的温暖。她用力点头，眼泪再次涌出，但这次是喜悦的泪水。“嗯！爸爸！”
然而，幻象越是完美，真实的内心就越被侵蚀。小美没有察觉到，在她沉浸在“父爱”中时，她指尖的皮肤，也开始泛起一丝不易察觉的结晶光泽。她的心，正在逐渐被这个由她愿望构筑的牢笼同化。
几天后，结晶塔的存在终于被外界发现。它的范围开始缓慢而不可阻挡地向外扩张，翠绿的草原因被晶体覆盖而失去生机，如同大地患上了无法治愈的疮疤。
消息像野火一样传开，自然也传到了真新镇。大木博士在得知好友秀力失踪、其住所异变的噩耗后，立刻联系了小智的母亲花子。两人忧心忡忡，第一时间赶到了绿地镇。
而与此同时，一路旅行的小智、小刚和伊利斯，也在因缘际会下抵达了这里，并遇到了性格直爽的训练家小凌。在进行了友好的对战切磋后，四人结伴而行，共同面对着这片正在被奇异结晶吞噬的草原。
“那就是……结晶塔？”小智站在坡顶，望着远处那座折射着不祥光芒的巨塔，感到一阵心悸。皮卡丘在他肩头不安地叫了一声：“皮卡……（里面有很悲伤的感觉……）”
小凌快速将镇上的传闻告知了他们：博士失踪，独女小美被困塔中，结晶不断扩张。
“秀力博士他……”小刚面色凝重。
“妈妈和大木博士已经先到了！”小智掏出黑蓝相间的洛托姆手机，“洛托姆，联系妈妈！”
屏幕亮起，洛托姆的声音带着杂音：“信号受到强烈干扰，洛托！无法接通！”
不安在蔓延。突然，一声威严的咆哮从塔的方向传来，一道炽热的身影如流星般冲向绿地镇！
“那是……什么宝可梦？”小凌惊呼。
小智眼神锐利：“从来没见过的……速度好快！”
不祥的预感成真。当他们赶回宝可梦中心时，得到了如晴天霹雳般的消息：花子被那只名为炎帝的传说宝可梦掳走了！
“炎帝……它带着花子小姐，直接返回了结晶塔！”大木博士又惊又怒，却无能为力。
“妈妈！”小智如遭雷击，转身就要冲向结晶塔，被小刚和伊利斯死死拦住。
“小智，冷静！冲动解决不了问题！”小刚低喝。
“皮卡皮卡！（小智，冷静下来！）”皮卡丘也焦急地抓着他的衣服。
“必须要有计划，洛托！”洛托姆手机飞旋着，“能量分析确认，塔的核心是大量‘未知图腾’的精神力量，它们能具现化思想，洛托！
劫走花子女士的行为，很可能是为了满足塔核心灵——很可能是小美——对‘完整家庭’的渴望，洛托！”
小智强迫自己深呼吸，拳头紧握，指甲陷进掌心。他看向那座吞噬了他母亲的巨塔，眼中燃烧着坚定的火焰。
“我明白了。”他的声音低沉却清晰，“我要进去。不仅要救妈妈，也要把那个叫小美的孩子从那个虚假的世界里拉出来！未知图腾是因为她的孤独才这么做的，对吧？她不是坏人，她只是……太可怜了。”
“皮卡丘！（我们一起去！）”皮卡丘跳上他的肩头，用电蹭表示支持。
小凌上前一步：“我也去。多一个人多一份力量。”
“谢谢。”小智点头，看向洛托姆，“洛托姆，分析入口和未知图腾的弱点！”
“塔结构不稳定，入口在变化，洛托！未知图腾的力量源于意识，或许需要从意识层面瓦解幻象，洛托！”
“意识层面？”伊利斯思考着，“要让小美自己意识到真相？”
“很可能，洛托！”
“无论如何，必须进去了！”小智下定决心，“小刚，伊利斯，小凌，我们走！”
四人冲向结晶塔。越是靠近，精神压迫感越强，低语般的杂音在脑中萦绕。地面结晶裂开，凝聚出数只水晶幻影宝可梦，拦住了去路。
“是幻影！皮卡丘，十万伏特！”
“皮卡——啾！”金色电光闪耀，粉碎了最先冲来的幻影。小凌的火岩鼠也喷出火焰助战。
战斗声中，小智紧盯着塔身上那个不断开合、如同漩涡般的水晶入口。
“我们掩护你！”小刚喊道，“小智，找准机会！”
“里面情况不明，千万小心！”伊利斯叮嘱。
小智重重点头，目光锁定入口。妈妈，还有那个被困在孤独幻梦中的女孩，都在里面。
“皮卡丘，我们上！”
“皮卡！（明白！）”
一道电光，义无反顾地射向那幽深、闪烁着不祥光芒的入口，冲向一切孤独与幻象的起源之心。
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