“技术可交流，主权不能失”的方针，为帝国在思想与技术层面划定了清晰的边界。然而，要将对外交往的潜在利益，尤其是滚滚而来的贸易利润，切实转化为充盈国库、支撑新政的白银，则需要一套高效、严密且杜绝贪腐的制度保障。
前明的“市舶司”制度早已废弛，清初的“十三行”虽有雏形，但管理混乱，弊窦丛生，朝廷所得往往十不及一。
陈远深知，海关乃国家财赋之咽喉，洋商聚集之渊薮，治理好坏，关乎国计民生，亦关乎对外形象与主权尊严。
启明九年，在初步理顺与西洋诸国关系、南洋贸易日盛、国内工商业渐兴的背景下，陈远下诏，以雷霆手腕，推行海关制度改革，旨在建立一套“利权归国，高效廉洁，便于商旅”的新体系。
改革由户部尚书牵头，工部（负责港口、关卡建设）、刑部（负责缉私、司法）、都察院（负责监察审计）及新设的外务通商司协同办理。
核心是颁布《大陈海关总章》及一系列实施细则。
首先，确立“海关”的独立性与中央直辖地位。
诏令宣布，在广州、厦门（月港）、宁波、云台山（松江府上海县，因其位于长江入海口、辐射江南腹地的潜力而被选为新兴口岸）四处，设立直属户部的“海关监督衙门”，简称“海关”。
海关监督由皇帝特简，通常由户部、内务府或皇帝亲信的干练官员担任，不受地方督抚节制，直接对户部和皇帝负责。
其下设征收、稽查、登记、外交（与洋商交涉）等各科，人员从原市舶司、地方税关中择优留用，并大量招募精通算学、律法、外语（葡、荷、拉丁语）的新进士子、吏员，经严格考核培训后上岗。
海关衙署的建筑、银库、码头、查验场，均由工部统一规划建造，务求坚固、规范、高效。
其次，推行“一口通商，划一税则”。
为便于管理和控制，诏令明确以上四口为对外通商正口，其他沿海港口，除福州、泉州可对东洋（日本、琉球）及南洋华人商船有限开放外，一律不得与西洋商船贸易，违者以走私论处，地方官同罪。
此举虽有限制，但集中了资源，也避免了各口岸竞相降低税率吸引商船导致的税收流失和内耗。
《海关税则》的制定，是改革的重中之重。
由户部、外务通商司会同广州、厦门等地有经验的行商、洋商通事反复磋商，并参考了西洋国家的关税制度（通过耶稣会士和荷兰人了解），力求“简明公平，便于稽征，保护本土”。
税则主要分以下几类：
1. 船钞：按商船梁头尺寸（衡量载重量）分等征收，取代以往按船只数量或估价的混乱做法。
西洋大船税重，中国商船、南洋华人小船税轻，以示优待。
2. 货税：从量税与从价税结合。
对大宗、易计量的货物如茶叶（按担）、生丝（按包）、瓷器（按件）、蔗糖（按石）等，实行从量税，税率固定。
对高价值、品种繁杂的货物如西洋呢绒、玻璃器、香料、珠宝等，实行从价税，税率一般为“值百抽五”（5%），但奢侈品（如钟表、香水）可抽十，本国急需物资（如西洋书籍、精密仪器、良种）可减免，鸦片等毒物严禁进口。
所有货物需在海关指定码头卸货，经官吏查验、登记、估价、征税、粘贴“税讫”印封后，方准起岸入库或转运。
3. 附加税与规费：明令废除一切“陋规”、“火耗”、“杂派”。
但为弥补海关行政开支、港口建设及“养廉”所需，允许在正税之外，征收固定的、公开的“钞关税附加”（约为船钞的20%）和“货物查验保管费”（按货值极小比例）。
所有税费名称、标准张榜公布，严禁官吏额外索取分文。
第三，革新征税与稽查手段，运用技术，打击走私。
标准衡器与度量：由工部统一制造颁发标准砝码、丈尺、量器至各海关，定期校验，杜绝大小斗、长短尺之弊。
簿记与报表：推行新式复式记账法（由耶稣会士传入改良），要求各海关每日记账，每月结册，按季、按年造具详明报表，分送户部、都察院审计。
报表需列明船只数目、货物品类数量、应收实收税款、开支细目等，力求透明。
强化稽查：各海关配备缉私船队和巡丁，由熟悉水性的沿海民壮、退伍水师士兵组成，在口岸附近水域及沿海要道巡逻，严查绕越偷漏。
鼓励商民举报走私，查实后以没收货物价值的三成重奖。
对抓获的走私犯，无论华洋，一律按《大陈律》严惩，洋商走私则加倍罚款，屡犯者吊销贸易执照，驱逐出境。
“保商”与“行商”制度改造：保留并规范广州原有的“十三行”制度，但将其纳入海关管理体系。
行商需向海关缴纳巨额“行帖”保证金，并承担为其担保的外商纳税、行为的连带责任。
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