进化论激起的滔天巨浪，迅速从学术期刊和精英沙龙，席卷至帝国各大报刊的版面、学堂的讲堂、教会的布道坛乃至茶馆酒肆的闲谈之中。
这场由“生物进化论”引爆的“宗教与科学”大论战，其规模之广、言辞之烈、牵涉利益之深、触及灵魂之痛，在“启明”朝思想史上可谓空前。
它不再局限于事实真伪的辨析，而是演变为两种根本不同的世界观、两种对立的文化权威之间，争夺人心与话语权的生死搏杀。
论战的主要阵营与观点：
1. 科学派（进化论支持者）：
核心力量：格致院 的生物学家、地质学家、古生物学家；新式大学堂 的理科教员；受西学影响深厚的留学归国人员；以及部分信奉“科学救国”、将进化论视为激励变革武器的改革派报人、思想家。
主要论点：
证据确凿：列举化石记录、生物地理分布、比较解剖学、胚胎发育 的重演现象等，证明生物并非一成不变，而是有共同的祖先和演化的历史。
自然规律：强调进化是自然力作用的结果，无需超自然干预。以此宣扬理性、实证 的科学精神，反对盲从和迷信。
社会寓意：大力阐发“物竞天择，适者生存”对社会、国家的警示意义，呼吁变法图强，以免在“天演”中被淘汰。
这部分言论往往最具煽动力，也最易被扭曲。
调和姿态：部分温和的科学派尝试与宗教调和，提出“科学研究物质世界，宗教关怀精神价值，两者领域不同，不必冲突”，或接受“神导进化论”。但这并未被多数激烈反对者接受。
2. 宗教派（主要是基督教，尤其是新教基要派，部分天主教保守派，以及部分将儒学“天道观”神圣化的士大夫）：
核心力量：在华外国传教士（特别是新教激进派）；中国基督徒 中的虔诚信徒；儒家卫道士 中视“天道”、“性命”为神圣不可侵犯者；以及部分担忧进化论动摇社会道德基础的保守官员、乡绅。
主要论点：
扞卫《圣经》权威：坚持《创世纪》是上帝启示的真理，字句无误。
人类是上帝特殊创造，拥有灵魂和道德意识，绝非猿猴后代。
进化论是对上帝、对《圣经》的亵渎。
攻击进化论缺陷：指出进化论中缺失的环节、自然选择机制的偶然性等问题，质疑其作为“科学真理”的完备性。
认为其仍是“假说”，且与许多观察事实矛盾。
道德与灵魂的危机：痛斥进化论将人“兽化”，否定灵魂不朽和死后审判，必将导致道德沦丧、人欲横流、社会秩序崩溃。
认为这是“魔鬼”用以摧毁信仰、祸乱人心的工具。
护教与反制：传教士加紧布道，出版护教小册子，在教会学校严禁讲授进化论。
部分士大夫则强调“天理”、“性命”之奥妙非科学所能尽窥，试图从哲学层面贬低科学的价值。
3. 调和派与中间派：
包括部分开明耶稣会士、试图调和儒学与科学的学者、以及觉得双方都有道理但又无法完全信服的普通知识分子。
他们试图寻找中间道路，但声音在激辩中往往被淹没。
论战的激烈表现：
1. 报刊笔战白热化：《格致汇编》成为科学派主阵地，连续刊发支持进化论的长篇论文和证据。
教会刊物（如《万国公报》等）则连篇累牍进行批驳。
其他民间大报如《申报》、《新闻报》也开辟专栏，双方投稿激辩，常常演变为互相指责、扣帽子（“洋奴” vs “愚昧”）。
2. 学堂成为战场：在新式学堂，特别是教会学校和官立大学堂，是否讲授进化论成为敏感问题。
支持进化的教员可能被学生质疑、被同僚排挤，甚至被解聘。
教会学校则严禁提及，违者严惩。
学生中也分成两派，辩论激烈。
3. 社会层面发酵：进化论的相关争论通过白话小报、说书、传言等方式，在市民中流传，被简化和扭曲，引发了广泛的猎奇、恐慌和道德谴责。
街头甚至出现讽刺漫画和俚语。
4. 政治介入的阴影：保守派官员趁机将科学派与“用夷变夏”、“毁弃纲常”联系起来，上奏要求朝廷“申明正学，屏斥邪说”。
一些地方官迫于压力，开始查禁宣传进化论的书籍报刊。
科学派则向开明官员和通过报刊呼吁“学术自由”、“勿以政干学”。
“科玄论战”的雏形与深远影响：
这场由进化论直接引发的争论，实质上是科学理性 与宗教/传统信仰 在中国语境下的首次大规模正面冲撞。
它提前预演了二十世纪初那场着名的“科玄论战”的许多核心议题：科学能否解决人生观问题？
理性与信仰如何共存？传统价值在现代科学冲击下何以自处？
争论的结果没有赢家。科学派未能说服广大信众和传统士人，进化论本身也远未被普遍接受为“真理”。
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