仁宗皇帝及其新生代班底的上位，并未带来朝堂上的一言堂。
相反，随着开国元勋的凋零和太上皇的逐步淡出，以往被强力皇权和元老威望所压制的各种政见分歧 与观念差异，开始更清晰地浮现于朝堂议事与报刊论战之中。
这些分歧不仅存在于守旧派 与改革派 之间，更深入改革派内部，乃至新生代统治集团的不同派系之间，呈现出错综复杂的局面。
新旧观念的碰撞，在政策制定、人事任免、思想文化等各个领域激烈上演。
分歧的主要维度：
1. 变革的“速度”与“深度”之争：这是最核心的分歧。
以仁宗皇帝、部分开明阁臣及少数激进少壮派为代表的一翼，主张“全面深化，加速推进”。
他们认为“新政”成果显着，但诸多根本性弊端（如官僚体系低效腐败、财政制度不透明、司法不独立、教育未普及、底层民众困苦）尚未触及，需在政治体制（如扩大议院权力、试行地方自治）、法律体系（编纂民法典、刑诉法）、社会政策（更完善的劳动保障、土地改革尝试）等方面进行更深层的制度性改革，甚至有人私下探讨“君主立宪”的具体步骤。
而另一翼，以较为稳健的阁臣、多数中层技术官僚及部分与旧势力有联系的官员为代表，主张“巩固成果，稳步推进”。他们担心过快的制度变革会引发社会动荡、官僚体系反弹、甚至动摇国本，强调应在现有框架内“补偏救弊”，优先发展经济、科技、教育，待条件更成熟时再行政治改革。前者批评后者“畏葸不前”，后者指责前者“激进冒进”。
2. “国权”与“民权”的平衡：在“开放言路”和“立宪”思潮影响下，如何处理“国家权力”（皇权、官权）与“民众权利”的关系成为焦点。
激进派（多与报界、学界激进分子有思想联系）呼吁进一步扩大“民权”，包括言论、出版、集会、结社的自由，司法独立以保障民权，推行更广泛的地方选举，甚至提出“开国会”的诉求。
稳健派则认为，在国民素质（教育未普及）、外部环境（列强环伺）下，过度强调“民权”会削弱国家动员能力和行政效率，当前应以“国权”优先，集中力量办大事（国防、基建），对“民权”的扩展需严加控制和引导。
仁宗本人倾向于在维护皇权和行政效率的前提下，有限度地扩大“民权”，如完善《报律》、尝试在州县层级设立“咨议局”（咨询机构），但反对立即“开国会”。
3. 经济政策的分野：围绕“工商”与“民生”的侧重出现分歧。
一派（多与新兴工商业阶层联系紧密）力主继续大力鼓励工商业，给予资本家更多优惠和自由，甚至主张“铁路、电报、主要矿产彻底商办”，认为唯有资本充分活跃，国家才能富。
另一派（包括部分同情底层民众的官员、受传统“重农”思想影响者、以及担忧贫富差距过大的有识之士）则强调“重工亦需重农”、“发展需惠及全民”，要求朝廷加强对工矿企业的监管（执行《工矿章程》），立法保障工人权益，抑制土地兼并，增加农业投入，防止经济发展成果被少数人垄断，导致社会两极分化。
双方在税收政策、土地政策、劳动立法等问题上争论不休。
4. 文化教育方针的冲突：在“中体西用”的大框架下，具体如何“用”？“新学”体系中，儒学 应占多大比重？
是否应确立“孔教”为国教？如何看待西学 中的社会政治理论（如自由、平等、民主）？
在大学堂，是应侧重培养“通才”（通晓中西学问）还是“专才”（精通科学技术）？
在基础教育中，是推广白话文 还是坚持文言文？这些议题在学部（新设）、翰林院、各大学堂及报刊上引发了无休止的争论。
5. 外交战略的取向：面对日益复杂的国际局势，是继续坚持“以夷制夷”、有限合作（主要与英、德），还是应更积极地“融入国际社会”、寻求与更多列强（如美、法）乃至日本改善关系？
在海外殖民（吕宋）和利益拓展上，是应稳健经营，还是可更进取扩张（如向荷属东印度、法属印度支那方向渗透）？
海军建设是应全力追赶欧洲一流，还是以满足区域防御和航线保护为主？军内和外交系统内部存在不同声音。
新旧观念碰撞的具体表现：
这些分歧并非空谈，而是体现在具体事务的激烈博弈中：
预算案争论：在审议年度预算时，主张加大海军、铁路、重工业投入的“强国派”与要求增加教育、农业、民生投入的“惠民派”在户部和内阁吵得不可开交。
人事任免风波：仁宗欲提拔一位精通西法、主张扩大议院权力的少壮派官员入阁，遭到多位资历深厚的保守派阁臣和部分稳健派官员的联合反对，认为其“年少躁进”、“学说不醇”，引发朝堂激烈辩论。
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