二十四日，曾国藩从安庆乘船出发，乘坐火轮驶往下游，停泊在采石矶。二十五日，抵达金陵大营，接见各营将领并予以慰劳，亲自审讯太平军首领李秀成，同时委派官员寻访咸丰三年金陵城陷时殉难的官员士绅遗骨。
二十六日，接到皇帝谕旨：“杨岳斌、彭玉麟、曾国荃联名呈报克复金陵大致情形的奏折已阅。逆贼首领洪秀全等率数十万部众长期盘踞金陵，负隅顽抗。曾国荃等率军围城，所部兵力不足五万，两年来已将城外贼寇营垒尽数扫平。今又在酷暑烈日之下，将士伤亡枕藉之际，全力猛攻，终克此坚城。若非曾国藩运筹得当，曾国荃及众将士奋勇效命，岂能建此奇功？览奏之余，不胜欣慰！此次立功诸臣既已攻破伪都，擒获元凶，着即从优施恩，同受重赏。钦此。”
二十七日，曾国藩巡视金陵城墙被地道爆破攻破之处，并逐一视察城外各军营垒。
二十八日，士兵发现洪秀全尸首，将其抬至江边。曾国藩亲自查验后，下令焚毁。
二十九日，接到皇帝谕旨：“今日官文与曾国藩以六百里加急红旗捷报克复江宁省城一折。阅毕奏章，实与天下臣民同感欣慰！自洪逆在粤西作乱至今已十五年，盘踞江宁亦达十二年之久，蹂躏十余省，攻陷数百城。今终能依次平定，铲除元凶。统兵大臣等栉风沐雨，历尽艰辛，自当特施恩典，以酬其功勋。”
钦差大臣、协办大学士、两江总督曾国藩，自咸丰三年在湖南首创团练，建立水师，与塔齐布、罗泽南等屡立战功，保全湖南各州县，收复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，从宿松攻克潜山、太湖，进驻祁门，接连收复徽州各州县，继而攻占安庆省城作为根基，分派水陆将士，收复下游各州郡。
如今大功告成，逆贼首领伏诛！这全赖该大臣运筹帷幄，智勇双全，知人善任，指挥得当！特恩赏曾国藩加太子太保衔，封一等侯爵，世袭罔替，并赏赐佩戴双眼花翎。
浙江巡抚曾国荃，以秀才身份投笔从戎，跟随曾国藩转战数省剿灭贼寇，屡建战功。咸丰十年在湖南招募乡勇，攻克安庆省城；同治元年、二年接连收复巢县、含山、和州等地，率领水陆各军直逼金陵，驻扎雨花台攻占伪城，在贼军重重围困下坚守数月，最终奋力击退敌军。
本年正月攻克钟山石垒后，随即完成对江宁的合围。曾国荃督率将士浴血奋战，亲自指挥开挖地道作战，冒着箭矢炮石冲锋陷阵，连续半月未曾撤兵。最终克复全城，歼灭元凶！其坚毅果敢、尽忠报国之功实属卓着。特恩赏曾国荃加太子少保衔，封一等伯爵，并赏赐佩戴双眼花翎。钦此。
同时奉旨封赏的还有：提督李臣典封一等子爵，萧孚泗封一等男爵，均赏戴双眼花翎；提督黄翼升、张诗日等，总兵朱洪章、熊登武等，按察使刘连捷等，共计一百二十余名将领，均获朝廷嘉奖！
阵亡总兵郭鹏程、王绍羲，副将陈万胜等十六名将领，均奉旨从优抚恤。这些都是曾国藩先前奏疏中提请褒奖的将士。
同日又奉圣旨：“太平逆贼长期盘踞江宁，负隅顽抗，实为前所未有之凶悍贼寇。此次水陆各军在酷暑炎蒸之际奋勇围攻，迅速攻克坚城，全歼悍匪，生擒贼首，若非曾国藩运筹帷幄、指挥有方，曾国荃等亲冒矢石、率先冲锋，断难建立如此奇功，成就这般伟业！朝廷嘉许欣慰之情，实难尽述。除已对曾国藩等加恩封赏外，其余有功将士，着即查明具奏，候旨封赏。特发银牌四百面，着曾国藩、曾国荃等择其战功最着者先行颁赐，以激励三军。钦此。”
同日，朝廷又下旨嘉奖东南各路统兵将领及地方大员，普遍给予特殊恩赏。钦差大臣僧格林沁亲王、官文、李鸿章、杨岳斌、彭玉麟、骆秉章、鲍超等均获不同封赏。左宗棠、沈葆桢等人则另有安排。
当月，左宗棠率军攻克浙江孝丰县城。
萧孚泗接到家中丧报，依制离职守孝。
七月初一，曾国藩巡视金陵城北的太平军城防工事及清军挖掘的地道遗址，委派庞际云、知府李鸿裔共同审讯李秀成，命其亲笔书写供状，前后共计四万余字。
七月初二，忠壮公李臣典在军中病逝。攻克金陵之役中李臣典战功居首，曾国藩之弟曾国荃闻讯悲痛不已。
七月初四，曾国藩亲自巡视金陵城墙，委派官员负责修缮工程，同时决定裁撤湘军，设立善后局以安置难民。
鲍超率军在抚州许湾大败太平军，歼灭四万余人，敌军全线溃败。
七月初六，曾国藩亲自审问俘虏，下令处决李秀成、洪仁达、洪仁发三人。
七月初七，曾国藩紧急上奏：洪秀全、李秀成二贼首已分别处置，伪幼主洪福瑱经查尚无确切下落。现将李秀成供词抄录呈送军机处，以备查核。多年来，朝野纷传逆贼资财丰厚，金银堆积如山，然克复贼巢后竟未发现任何财货，实属意料之外。目前筹办善后事宜需款孔急，开支浩繁，诸如赈济灾民、修葺城垣、驻防八旗等皆属善后要务。其余百端待举，左支右绌，欣喜之余反添焦灼！
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