初九日，陈钦、刘锡鸿、丁寿昌等官员会审天津知府、知县的口供。
十一日，曾国藩与毛昶熙、丁日昌再次提审天津知府、知县，复核其供词内容。
十二日，接到圣旨：“曾国藩奏陈眼疾严重情形，请求另选贤能接任两江总督一折。两江政务繁重，职责重大，曾国藩德高望重，此前在两江任职多年，熟悉情况，处理得当，现虽眼疾未愈，但只要坐镇任所，诸事自可妥善处理。所请另选贤能接任之事，着毋庸议！仍命其待津案审结后，立即赴任两江总督，不得再行推辞。”
十四日，曾国藩上奏呈交天津知府、知县的口供记录，请交刑部审议，并奏报已缉获滋事凶犯八十余名，待审讯清楚后将联名上奏。
十七日，毛昶熙返回京城。
十八日接到圣旨：“此案拖延已久，若不尽快审结，恐节外生枝。命李鸿章立即赶赴天津，会同曾国藩督促承审官员严加审讯，尽快拟定处理方案。”
二十三日，曾国藩上奏折禀明天津教案第一批涉案人犯审讯完毕，已分别拟定处置方案。同时奏报已将复核的府县供词移送刑部，并说明该官员解送刑部后恐难按期结案。另奏陈此案办理拖延，自请交吏部从严议处。
刘铭传抵达天津。
二十五日，李鸿章到达天津。
二十七日，陈国瑞到案接受审讯。
二十八日，曾国藩上奏报告已革职的天津知府、知县押解赴京起程日期，并附呈陈国瑞的供词。另在附片中陈奏：知府、知县本无重大过失，张光藻尤其素有政声。臣最初本意，岂愿对他们重加责罚？因误听浮言，举措失当，仓促将府县奏交刑部。这道奏疏早晨呈上，傍晚就已悔恨不已！外界舆论纷纷，对此事多有不平。如今这些革员入狱，臣实在担心洋人抓住臣原先的奏章，定要置他们于死地，那臣的愧疚就更深了！恳请皇上敕令刑部仔细审核供词，从轻议处，以平息天下官吏百姓的怨愤，臣也能稍减内心的遗憾！同时陈述各省民众与教会冲突的实情，筹议预防后患的办法。
二十九日，曾国藩上奏请求为开缺臬司史念祖授予实职。同时陈述军营保举记名人员现按部议新规，凡保举至布政使、按察使者须先补道员实缺，但仍恳请皇上特别留意，每年在部定章程之外特简数人实授官职，实为激励人才之道。另奏请将开缺天津道周家勋之缺由陈钦补授。又代提督刘铭传上奏恭谢皇恩赏赐的谢恩折。
九月初一日，接到圣旨：“陈国瑞所呈交的亲笔供词既与天津教案无关，不必再交总理衙门和刑部复审。”
初三日，丁日昌返回江苏任职。
初六日，曾国藩交接关防印信，上奏折报告卸任日期。另上奏折报告福建省采办的十万石京米已全部验收完毕。附片奏请调任前台湾道吴大廷随行至江南，负责统筹轮船操练事宜。
刑部上奏对已革职的天津知府、知县二人拟定发配军台效力。十一日，奉圣旨：“张光藻、刘杰均着从重改发黑龙江效力赎罪，以示惩儆。”此案刑部原已按惯例从重拟定处罚，而圣旨又因该官员擅自前往顺德、密云逗留玩忽职守，故再次加重惩处。同日奉上谕：“经此次严办之后，各直省地方官员务须晓谕居民安分守法，不得再生事端。遇有中外交涉事件，必须按照条约公平妥善办理，务求中外商民彼此相安，以安定地方。”
十三日，曾国藩上奏续审天津教案第二批涉案人犯并分别拟定处置方案。附片奏称：署理天津道丁寿昌代理职务已久，熟悉地方情形且办事从容得当，请即实授其天津道一职。同时奏报已保举按察使刘盛藻与丁寿昌分统铭军，二人皆为司道官员中难得之才，亦请朝廷实授刘盛藻道员官职。
曾国藩因今年六十寿辰，奉旨获赐寿礼，由军机处转交到御书“勋高柱石”匾额一面、御书“福”“寿”字各一幅、梵铜佛像一尊、紫檀嵌玉如意一柄、蟒袍一件、吉绸十匹、线绉十匹。十六日，他专折上奏叩谢皇恩。同时具折奏报遵旨赴任，并恳请入京觐见。
曾国藩上奏称：臣先前在江南任职时，本无显着政绩，却蒙受朝廷嘉奖，惭愧与感激之情交织。若勉强接受新任命，病弱之躯恐难胜任，恐致贻误国事；若坚持辞官，又辜负圣上优容之恩，岂敢再三烦请？思及古人“鞠躬尽瘁”之义，只要一息尚存，便不敢稍有懈怠！附片奏：刑部主事陈兰彬志向远大，不惧艰险，仍拟带其前往江南，共同研讨海防、器械制造及轮船操练事宜。另奏前次结案人犯中，穆巴一名经查无行凶确证，请予释放。同时将续获案犯范永一名依法处决，以体现朝廷慎用刑罚、珍视人命之意。
二十三日起程从天津进京，其子曾纪鸿陪同母亲欧阳夫人及家眷沿运河南下返乡，长子曾纪泽随行进京。
二十五日抵达北京城。
二十六日清晨，在养心殿受皇帝召见，君臣奏对十余句话。
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