皇极殿上的那场风波，如同投入深潭的巨石，在京城官场激起的涟漪久久未散。林琛以一人之力，独对数名御史言官的弹劾，不仅全身而退，更将“格物”二字，以一种不容忽视的姿态，烙印在了诸多朝臣的心中。
皇帝将《请设格物院疏》发付廷议的旨意，更像是一道无声的敕令，让那些原本对林琛持观望甚至敌视态度的官员，不得不开始重新审视这个年轻的工部侍郎，以及他所代表的、那股迥异于传统的力量。
退朝之后，林琛的府邸依旧闭门谢客，但他能感觉到，府外那些窥探的视线，少了几分恶意，多了几分复杂的好奇。一些原本属于中立派，或对严党早有不满的中下层官员，开始通过各种渠道，隐晦地表达善意，甚至询问“格物”之学的精义。
林琛没有急于回应这些橄榄枝。他深知，在没有拿出更多实实在在的成果之前，任何口头上的联盟都脆弱不堪。他现在需要做的，是趁着皇帝态度松动、朝野关注之际，尽快将格物院的构想落到实处，打下第一块坚实的基石。
他没有等待廷议那可能旷日持久、最终不了了之的结果。回到工部衙门后，他立刻以工部右侍郎的身份，签发了一道内部文书：于王恭厂内，划拨一片独立区域，设立“工部格物所”，暂由他本人兼领。
这是一个巧妙的迂回策略。以“所”代“院”，规模虽小，却绕开了设立新机构所需的繁杂程序和朝堂争议，直接在工部现有的框架下，为“新学”争取到了一块合法的试验田和桥头堡。
消息传出，并未引起太大波澜。毕竟只是一个部门内部的调整，比起设立一个独立的“院”，动静小得多。严党那边似乎也暂时偃旗息鼓，没有立刻跳出来反对，或许是在积蓄力量，或许是想看看林琛到底能玩出什么花样。
林琛要的就是这个时间窗口。
他立刻行动起来。首先，他将周大锤等一批在王恭厂改良火器中表现出色、对新工艺接受度高的工匠，正式调入格物所，作为技术骨干。同时，他亲自去信国子监，向顾司业陈明情况，希望他能推荐几名在算学、天文、地理等方面有特长、且思想不那么僵化的监生，来格物所“实习”。
令他有些意外的是，顾司业很快便回了信，不仅推荐了赵守正、李志远等早已与林琛相熟的监生，还附上了一封言辞恳切的私信，信中写道：“……格物致用，实为儒学之本义，奈何后世偏废。今见林侍郎力挽狂澜，于实务中光大此道，老夫心甚慰之。国子监虽重经义，亦不乏渴求实学之英才，望侍郎善加引导，莫负其志……”
这封信，让林琛看到了在传统教育体系内部撬动变革的一丝可能。
几天后，赵守正、李志远等七八名监生，怀着兴奋与忐忑的心情，来到了位于王恭厂一角的格物所。这里没有雕梁画栋的讲堂，只有几间收拾出来的旧工棚，里面摆放着各种工具、材料、测量仪器，以及一些他们从未见过的、由林琛和周大锤等人鼓捣出来的奇怪装置。空气中弥漫着铁锈、木屑和一股淡淡的硝石味道。
“这里……便是格物所？”李志远好奇地打量着四周，眼神中充满了新奇。
“不错。”林琛看着这些年轻的学子，仿佛看到了未来的种子，“此处不读死书，只究物理。你们所见的一切，天空星辰之轨迹，大地山河之脉络，水火风雷之力量，乃至工匠手中锤凿之技巧，皆是我等格物之对象。”
他没有立刻讲授高深的理论，而是将一份他亲手编写的《格物启蒙》讲义发给他们。讲义开篇，并非圣贤语录，而是一系列问题：
“为何熟透的果子会落地，而非飞向天空？”
“为何船只巨大，却能浮于水面？”
“为何杠杆撬动巨石，能省力几何？”
“为何燧石撞击钢铁，能迸发火星？”
这些问题看似简单，却直指自然现象背后的本质。林琛要求他们先观察，再思考，然后尝试用自己能理解的方式去解释，甚至设计简单的实验去验证。
起初，这些习惯了背诵经义、注解章句的监生们颇感不适，思维如同被无形的枷锁束缚。但在林琛的引导和周大锤等工匠手把手的演示下，他们渐渐沉浸到了一种全新的求知体验中。测量水流的流速，计算杠杆的力矩，观察不同材料燃烧的火焰，分析“迅雷铳”击发机构的力学原理……
赵守正对数学有着天生的敏感，很快便迷上了林琛引入的更为简洁的代数符号和几何证明；李志远则对机械结构兴趣浓厚，整天围着周大锤，琢磨着如何改进工具。其他监生也各有所长，有的善于记录整理数据，有的对物性变化观察入微。
格物所内，没有了之乎者也的诵读，多了激烈的讨论和动手实践的叮当声。一种迥异于国子监沉闷学风的、充满活力的求知氛围，开始在这里孕育。
林琛并未将格物所局限在军工领域。他清楚地知道，要想让“新学”获得更广泛的支持，必须展现其在民生方面的价值。他组织人手，开始系统整理和改良农具，设计更高效的水车，研究如何提高常见作物的产量，甚至开始着手绘制更精确的《大明舆地图》，并尝试用科学方法记录和分析各地的气候、物产数据。
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