东京警视厅特殊审讯室内，灯光暗沉。乌丸莲耶坐在特制审讯椅上，褪去了往日的阴鸷，脸色因药物供应中断而愈发苍白，但眼神依旧透着掌控者的傲慢。沈慕与安室透坐在对面，桌上摊着从古堡缴获的加密文件与药物研发笔记，柯南则通过单向玻璃观察着乌丸莲耶的微表情，沈慕的系统“BOSS心理深度解析”功能正实时运行。
“APTX4869的研发初衷并非毒药，而是你追求永生的试验品。”沈慕率先开口，将一份药物早期研发记录推到乌丸莲耶面前，“你的真实年龄早已超过百岁，全靠这些衍生药物维持生命。但药物的副作用让你不得不频繁更换身份，乌丸健这个身份，也只是你众多伪装之一。”系统提示“乌丸莲耶最忌讳‘衰老’与‘失控’，以此突破其心理防线”，沈慕的话语精准戳中要害。
乌丸莲耶的手指微微蜷缩，这一细微动作被柯南捕捉到：“你利用乌丸财团的资源，在全球范围内建立试验据点，甚至在孤儿院筛选儿童作为试验对象，这些记录我们都已掌握。”提及儿童试验，乌丸莲耶的眼神闪过一丝波动，却依旧嘴硬：“成大事者不拘小节，永生的代价本就需要有人承担。”
安室透将一份组织成员的供词推了过去：“你的核心研发人员雷司令已经招供，‘永生药剂’的最终阶段需要特殊的基因适配者，而你一直在暗中寻找符合条件的人。灰原哀的父母，正是因为拒绝将研发方向转向人体试验，才被你灭口。”这句话彻底击溃了乌丸莲耶的心理防线，他猛地抬头，呼吸急促：“那两个叛徒！他们毁了我的永生大业！”
米花市情报中心内，沈慕的系统正快速解析乌丸莲耶的审讯供词。根据供词，组织早年曾在南美建立过一处“基因筛选基地”，专门寻找符合“永生药剂”适配条件的基因样本，后来因暴露而废弃，但基地的核心数据被加密存储在一枚特制芯片中，由琴酒保管。“琴酒作为组织的核心执行者，手中还掌握着我们未发现的残余势力联络方式。”沈慕将这一信息同步给赤井秀一。
赤井秀一立刻带领FBI小队，对琴酒可能藏匿的地点展开排查。根据之前截获的情报，琴酒在东京留有一处隐秘安全屋。小队赶到时，安全屋已人去楼，但技术人员在墙壁的暗格中找到了一枚加密芯片。“这应该就是南美基因基地的核心数据！”技术人员快速将芯片数据同步给情报中心，沈慕的系统启动“数据解密”功能，很快还原出基地的详细坐标与基因筛选标准。
全球范围内的第三卷成果落地工作正有序推进。国际刑警根据受害者名单，成功解救了最后3名被组织胁迫的科研人员；警方联合金融部门，对冻结的370亿美金组织资金进行梳理，将其中一部分用于受害者的心理治疗与生活安置；灰原哀则带领专业团队，对缴获的“永生药剂”样本与研发数据进行深度解析，为研发APTX4869解药提供技术支撑。
少年侦探团的孩子们在得知组织被彻底瓦解后，特意在阿笠博士家举办了小型庆祝会。元太捧着亲手做的咖喱饭，兴奋地说：“以后再也不用担心被坏人盯上了！”光彦则拿出笔记本，认真记录着这段时间的经历：“这可是我们少年侦探团最伟大的战绩！”柯南看着孩子们纯真的笑容，心中满是释然，这正是他一直以来守护的美好。
FBI安全屋内，多方势力的最终总结会议召开。大屏幕上，第三卷的行动脉络与成果清单清晰呈现：从贝尔摩德伪装暴露，到多方势力联合追缉，再到乌丸莲耶归案，共捣毁组织各类据点30处，抓获核心成员15名、外围成员189名，冻结资金370亿美金，解救受害者79名，彻底瓦解了组织的全球犯罪网络。
“第三卷的胜利，不仅摧毁了组织的核心架构，更建立了跨国协作的成熟机制。”沈慕站在屏幕前，语气沉稳，“但琴酒仍在逃，他手中可能还掌握着组织的最后一批残余力量与核心机密，这将是第四卷的核心追缉目标。”赤井秀一补充道：“根据系统对琴酒的心理侧写，他大概率会试图找回南美基因基地的残留资源，重建组织。”
安室透拿出公安整理的琴酒行踪线索：“我们通过监控排查，发现琴酒在乌丸莲耶被捕后，曾出现在东京港，大概率已乘坐私人船只前往南美。国际刑警已协调南美各国警方，对基因基地周边区域进行严密监控。”柯南则提出：“琴酒性格偏执，一定会试图为组织复仇，我们需要提前在南美基因基地周边部署，设下埋伏。”
审讯室内的突破仍在继续。乌丸莲耶在心理防线彻底崩溃后，交代了组织的另一项隐秘计划——“方舟计划”。该计划旨在挑选符合基因条件的组织核心成员，在“永生药剂”研发成功后，将其送往海外建立“新王国”。“琴酒是‘方舟计划’的执行者，他手中的芯片不仅有基因基地数据，还有‘新王国’的候选地点坐标。”
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