赤井秀一立刻采纳建议，派出四名队员绕后前往隘口。队员们在黑暗中快速穿梭，凭借夜视仪的辅助，顺利抵达隘口位置，在两侧的岩壁上隐蔽起来，同时设置了简易的爆炸陷阱——利用震动感应触发，可在对方通过时制造混乱。安室透则留在部落内，负责统筹防御，确保部落成员的安全：“所有武器都已检查完毕，通讯器保持畅通，一旦伏击启动，我们从正面发起进攻，形成前后夹击之势。”
琴酒势力的先头部队已抵达隘口前方，小心翼翼地探查着周边环境。潜伏在岩壁上的队员屏住呼吸，紧盯着下方的动向。当大部分敌人进入隘口范围后，带队队员按下引爆器，简易爆炸陷阱瞬间触发，巨响在隘口内回荡，碎石飞溅，几名敌人当场倒地。“动手！”队员们立刻从岩壁上跃下，与敌人展开近战，隘口内顿时陷入混乱。
部落方向的琴酒主力部队听到隘口的爆炸声，立刻加快了行进速度，朝着部落发起冲锋。“正面队员准备反击！”赤井秀一大喊，率先从茅草屋后方跃出，手中的狙击枪精准命中一名冲在最前面的敌人。队员们纷纷发起进攻，子弹在黑暗中穿梭，与敌人的火力交织碰撞，火光将夜空照亮。部落内的青壮年也拿起长矛，在安全区域配合小队防守，阻止敌人靠近大茅草屋。
激战中，琴酒的身影出现在队伍后方，他穿着黑色风衣，手持伯莱塔手枪，冷静地指挥着残余势力进攻。“琴酒出现了！”潜伏在北侧高地的队员立刻汇报其位置，赤井秀一随即调整狙击枪瞄准镜，锁定琴酒的身影。就在他准备扣动扳机时，一名敌人突然冲到琴酒身前，挡住了子弹，琴酒趁机后退，隐蔽到一棵大树后方。
沈慕通过卫星画面看到这一幕，立刻提醒：“琴酒要撤退！通知河流沿线的国际刑警拦截艇启动，封锁他的退路！”赤井秀一立刻下令：“全力追击琴酒，不要让他跑了！”队员们随即分出一部分力量，朝着琴酒撤退的方向追去，安室透则带领剩下的队员继续肃清现场的残余敌人。
琴酒一路朝着隐秘河流的方向逃窜，身后的追击队员紧追不舍。当他抵达河边时，早已准备好的小型快艇已停靠在岸边，他迅速跳上快艇，启动发动机朝着河流主干道驶去。就在此时，国际刑警的拦截艇及时赶到，强光手电照亮了琴酒的快艇，扩音器传来警告：“立刻停船投降！否则将实施武力拦截！”
琴酒却无视警告，加快快艇速度试图突围。拦截艇立刻展开追击，双方在河面上展开激烈交火。米花市情报中心内，沈慕通过拦截艇传回的实时画面，为其提供战术指导：“对方快艇的左侧发动机是薄弱点，集中火力攻击那里！”拦截艇上的队员立刻调整火力方向，精准击中琴酒快艇的左侧发动机，快艇瞬间失去平衡，在河面上打转。
追击队员随后赶到岸边，朝着快艇上的琴酒喊话：“束手就擒吧！你已经没有退路了！”琴酒看着围上来的队员和拦截艇，眼中闪过一丝狠厉，突然拿出一枚手雷，拉开引线就要扔向拦截艇。就在这千钧一发之际，一枚麻醉针精准命中他的手腕，手雷掉落在快艇上。赤井秀一快步跳上快艇，将琴酒牢牢制服。
当琴酒被押回部落时，天已蒙蒙亮。部落成员纷纷走出茅草屋，看到被抓获的琴酒，发出阵阵欢呼。族长走到赤井秀一面前，深深鞠了一躬：“感谢你们保护了我们的部落和族人。”赤井秀一微微点头，通过向导回应：“这是我们的责任。”
米花市情报中心内，沈慕将第三卷的最后一份行动记录整理归档，最后一份卷宗的封面印着“第三卷：终章——部落决胜，恶徒落网”。柯南看着屏幕上琴酒被抓获的画面，脸上露出释然的笑容：“第三卷的所有铺垫都有了圆满结果，组织的最后核心势力也已落网。”
朝阳缓缓升起，金色的阳光洒满雅诺马米部落和亚马逊雨林。第三卷的帷幕在正义的胜利中正式落下，琴酒的落网标志着组织的最后阴谋彻底破产。南美小队带着琴酒准备返程，部落成员挥舞着手臂为他们送行。而在遥远的米花町，沈慕和柯南望着升起的朝阳，心中清楚，这场跨越全球的正义之战，已迎来最终的圆满句点，全新的和平篇章，正在缓缓开启。
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