码头内的组织成员立刻发起反击，子弹从防御工事后射出，与突击小队的火力交织碰撞。赤井秀一率先冲过第二道防线，手中的突击步枪精准命中两名组织成员；队员们紧随其后，凭借默契的配合逐步推进，朝着核心控制室的方向逼近。
海上的拦截小队也同步行动，舰艇快速形成“V”型阵，堵住码头的出海航道。组织的隐秘补给船试图冲破拦截，舰艇立刻开火警告，子弹落在补给船前方的海面上，溅起阵阵水花。补给船见状，不得不停下前进的脚步，船上的组织成员开始负隅顽抗，与拦截小队展开海上交火。
地下通道内，侦察小队借助红外探测仪，成功避开多处陷阱，与通道内的守卫遭遇。队员们默契配合，快速制服守卫，封堵了通道出口，切断了组织成员的退路。“地下通道已封堵，无人员伤亡！”侦察小队通过通讯器汇报，沈慕立刻回应：“继续在通道内警戒，防止组织成员从其他入口进入。”
情报中心内，屏幕上的战况实时更新，各方进展顺利。灰原哀紧盯着屏幕，随时准备为前线小队提供药物支援；柯南则不断分析组织成员的作战轨迹，为突击小队提供最优推进路线：“核心控制室左侧的走廊守卫薄弱，可从那里迂回进攻，避开正面火力。”
突击小队按照柯南提供的路线，成功迂回至核心控制室左侧，队员们先投掷一枚闪光弹，趁组织成员视线受阻之际，冲进控制室。室内，乌丸莲耶坐在椅子上，脸色苍白；周围的守卫立刻上前阻拦，与突击小队展开近战。赤井秀一快速制服两名守卫，一步步逼近乌丸莲耶：“乌丸莲耶，你的罪恶到此为止了！”
乌丸莲耶看着逼近的赤井秀一，眼中闪过一丝绝望，突然伸手去按桌子下方的红色按钮——那是安全点的自毁装置启动键。就在他的手指即将触碰到按钮时，柯南通过远程控制的微型机器人，发出一道微弱的电流，击中乌丸莲耶的手腕。乌丸莲耶吃痛缩回手，被冲上前的队员牢牢制服。
“核心控制室已占领，乌丸莲耶被抓获！”赤井秀一的汇报声传来，情报中心内所有人都长舒一口气，脸上露出释然的笑容。此时，海上的拦截小队也成功控制了组织的隐秘补给船，抓获船上所有组织成员；码头内的残余组织成员见核心控制室被占领，乌丸莲耶被抓，纷纷放弃抵抗，举手投降。
清晨七点，决战基本结束。码头内的枪声渐渐平息，朝阳的光芒洒满整个码头，照亮了战场上的硝烟与胜利的身影。赤井秀一将乌丸莲耶押出核心控制室，送上等候的警车；安室透则在舰艇上指挥队员清理战场，封存组织的残余物资；侦察小队从地下通道走出，与突击小队汇合。
米花市情报中心内，沈慕将第三卷的最后一份作战记录整理归档，封面印着“第三卷：终章——决战前夜，正义集结”。柯南看着屏幕上乌丸莲耶被押解的画面，轻声说道：“第三卷的征程，在这场黎明的决战中落下了帷幕。”灰原哀望着窗外初升的朝阳，眼中满是释然：“所有的等待与奋斗，都有了圆满的结果。”
朝阳渐渐升高，温暖的光芒驱散了所有阴霾。第三卷的帷幕在这胜利的黎明中正式落下，黑衣组织的核心势力已彻底覆灭，终极对决的胜利为这场跨越全球的正义之战画上了圆满的句点。而属于他们的全新篇章，也将在这朝阳的光辉中，正式开启。
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