然而，蓝图越宏大，所需的资源就越惊人，引发的关注和争议也就越多。
争议一：巨额财政投入的风险。 十亿引导资金仅仅是开始，实验室的日常运营、设备采购、人才引进，尤其是后续配套的基础设施建设，将是一个吞噬资金的巨大黑洞。
市财政局长在私下汇报时忧心忡忡：“祁书记，今年的土地出让收入因为调控和易学习那边盯得紧，已经不及预期。这么大的投入，会不会引发债务风险？省里审计和财政会不会有看法？”
祁同伟的回答是：“眼光放长远。现在投入的是真金白银，未来产出的是税收、就业和无法估量的城市竞争力。债务风险要控制，但不能因噎废食。
资金问题，多渠道解决：压缩其他非刚性支出、盘活存量资产、积极争取国家和省级专项资金、引入社会资本合作。这件事，没有退路。”
争议二：与现有科研体系的冲突。 实验室的“揭榜挂帅”和市场导向，对汉东大学等传统科研单位既有的课题申报、评价体系、利益分配模式构成了冲击。一些学者担心这会扰乱正常的学术生态，导致科研短视化。更有一些校内势力，对实验室可能“挖走”优秀人才和资源感到不安。
祁同伟对此的应对是“融合而非替代”。他多次与汉东大学主要领导沟通，强调实验室是“校地合作”的升级版，是给学校科研人员提供更广阔舞台和更务实出口的平台。
他承诺，实验室的研究成果，在评价和利益分享上会充分尊重高校的规则和科研人员的贡献。同时，他也暗示，未来省里的科研资源分配，可能会向能够切实解决产业问题的团队倾斜。软硬兼施之下，主要的反对声音被暂时平息。
争议三：来自更高层的审视与竞争。 沙瑞金在听取祁同伟关于实验室和科技城设想的专题汇报后，给予了原则性支持：“思路很好，体现了京州班子的战略眼光和担当精神。”但同时也提醒：“要科学论证，稳步推进，特别是财政投入要量力而行，防范风险。国家科技城的申报，要符合程序，扎实准备，不能搞成‘形象工程’。”
这些话语背后的谨慎意味，祁同伟心知肚明。沙瑞金既希望京州能出成绩，成为他治下的亮点，又担心祁同伟动作过大，脱离掌控或酿成风险。这种微妙的平衡，让祁同伟在推进时必须更加注重“规范”和“程序”，哪怕这可能会拖慢速度。
更直接的竞争来自外部。当京州申报国家科技城的消息传出后，省内其他有类似想法的城市（如李达康主政的吕州）立刻感到了压力。
省里层面的资源和支持是有限的，京州如果高举高打，很可能挤占其他城市的份额。李达康虽然没有公开表态，但据接近他的人透露，他在吕州市委会议上提到“要立足自身实际，走特色发展之路，不能盲目跟风攀比”，隐隐有所指。
争议四：社会层面的不理解与潜在矛盾。 大风厂事件尚未平息，郑西坡和工人们仍在为一块“好地”苦苦哀求。而当他们从新闻中看到市政府豪掷十亿搞实验室、大张旗鼓申报科技城时，那种被忽视和遗忘的愤懑感更加强烈。
尽管这两件事性质不同，但在社会情绪上却容易形成对比和撕裂。民间开始出现一些议论：“有钱投给看不见摸不着的‘未来’，没钱解决眼前工人的饭碗？”“科技城听着高大上，是不是又一轮圈地炒房？”
这些议论，虽然暂时还未形成强大的舆论压力，但已经通过一些渠道反馈到了祁同伟这里。他指示宣传部门要加强引导，解释未来产业对京州长远发展和民生就业的根本性意义，同时要求相关部门加快研究大风厂问题的“合规解决方案”，避免矛盾激化。
但他内心深处清楚，在资源有限的情况下，优先级的排序是残酷的。他的天平，毫无疑问地倾向了能够决定城市乃至他个人政治命运的未来产业。
祁同伟没有停留在规划和争论层面。他展现了惊人的行动力和“向上争取”的能力。他带着精心准备的汇报材料，频繁往返于京州与北京之间。
他不是泛泛地跑部委，而是有明确的靶向：科技部、发改委、工信部等与实验室和科技城直接相关的部委，以及那些能够影响决策的关键司局和智库。
他的汇报极富说服力：数据详实，逻辑清晰，既展现了京州的决心和独特优势，又不回避面临的困难和挑战，更重要的是，他将京州的规划与国家层面的战略需求紧密结合——新能源汽车关乎能源安全和汽车强国，芯片和基础软件关乎科技自立自强，机器人关乎制造业升级，科技城关乎创新体系优化。他汇报时，不仅讲京州需要什么，更讲京州能为国家战略贡献什么。
据跟随他出访的市科技局局长事后回忆，祁同伟在部委领导面前，完全不像一个地方大员，更像一个顶尖的战略分析师和充满激情的创业者。
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