万历二十九年秋，福建漳州港的渔汛刚过，一艘挂着诡异红橙白三色旗帜的夹板船就冲破了晨雾，蛮横地撞翻了两艘正要靠岸的渔船。船上荷枪实弹的金发碧眼之人，用生硬的汉语高喊着“自由贸易”，却将渔船上的货物洗劫一空，还开枪打死了反抗的渔民。消息传到福建巡抚衙门时，巡抚陈子贞正对着沈砚秋当年绘制的《闽浙海防图》发愁——图上用朱笔圈出的“大员”（今台湾），已被这群自称“荷兰东印度公司”的殖民者盯上了三年。
此时的大明王朝，虽仍靠着张居正留下的改革红利维持着表面的繁荣，但万历皇帝常年怠政，朝堂被东林党与齐楚浙党之争搅得乌烟瘴气，边防军备早已不复嘉靖朝的鼎盛。陈子贞的加急奏报送到京城时，万历帝正沉浸在抄没张居正家产的余威中，只草草批了“着福建巡抚自行处置，勿滋边衅”几个字，便将奏报扔到了一边。
“自行处置？拿什么处置？”陈子贞看着圣旨，气得浑身发抖。他清点海防军备时发现，福建水师的战船多半是嘉靖朝遗留的旧船，船体腐朽，火炮锈迹斑斑；士兵的军饷被克扣了半年，连饭都吃不饱，更别提训练。唯一的希望，是沈砚秋当年在福建推行的“海商联保”制度——由沿海富商联合出资，组建民间海防船队，协助官军守卫海疆。
陈子贞立刻召集漳州、泉州的海商巨头议事，其中就有沈砚秋当年提拔的海商领袖郑芝龙的父亲郑士表。郑士表看着《闽浙海防图》上大员岛的位置，忧心忡忡地说：“大人，荷兰人的夹板船火力远超我军战船，他们占据大员后，不仅会截断我们与吕宋、日本的贸易航线，还会袭扰沿海州县，当年倭寇之祸恐将重演。”
“郑先生所言极是，”陈子贞点头道，“如今朝廷不给粮、不给钱，只能靠我们自己。我已下令开放‘海禁捐输’，凡出资助军者，可获得三年的贸易特许权。若能击退荷兰人，大员岛的贸易权，优先分给各位。”重利之下，海商们纷纷响应，郑士表更是当场承诺，捐出商船二十艘，招募渔民三千人，组建“义海军”，协助官军作战。
然而，不等陈子贞整合兵力，荷兰殖民者就率先动手了。万历三十年春，荷兰东印度公司总督韦麻郎率领八艘夹板船，攻占了大员岛的新港社，奴役当地的高山族同胞，修建了“热兰遮城”作为据点。随后，他们分兵袭扰福建沿海，攻占了厦门城外的鼓浪屿，抢走了明朝水师的三艘战船。
消息传到京城，朝野震动。东林党人趁机弹劾陈子贞“疏于防备”，要求将其革职查办；齐楚浙党则主张“招抚”，认为荷兰人只是为了贸易利益，只要开放通商，便可平息事端。就在朝堂争论不休时，已致仕还乡的徐阶之子徐璠，带着沈砚秋当年的海防遗策，赶赴京城。
徐璠在文华殿面见万历帝时，呈上了一本泛黄的奏折，正是沈砚秋嘉靖八年所写的《海防十策》。“陛下，”徐璠叩首道，“沈文襄公当年就曾预言，‘东南海疆，异邦必觊觎之，欲固海防，当以民为基，以商为助，以军为盾’。如今荷兰人侵占大员，正是印证了他的判断。”
万历帝翻开《海防十策》，里面详细记载了沈砚秋对东南海防的规划：在闽浙沿海修建新式炮台，配备“红夷大炮”（当年沈砚秋通过葡萄牙商人引进的西式火炮）；组建“水营”，仿制西式战船；鼓励海商与官府合作，建立“商军联防”机制。“可如今国库空虚，如何推行这些举措？”万历帝皱着眉头问道。
“陛下，沈公早已留下对策。”徐璠道，“他当年在福建设立‘海税司’，将关税的三成用于海防建设，只是后来被严党废除。如今只需恢复‘海税司’，再启用郑士表等忠勇海商，荷兰人必可击退。”万历帝沉吟片刻，最终采纳了徐璠的建议，任命陈子贞为“闽浙海防总督”，授予他便宜行事之权，同时恢复“海税司”，调拨关税用于海防。
陈子贞得到授权后，立刻行动起来。他按照沈砚秋的遗策，在厦门、漳州等地修建了十座新式炮台，每座炮台配备五门红夷大炮；同时，他以郑士表的“义海军”为基础，组建了大明第一支新式水师，仿制荷兰夹板船，打造了十二艘“福船”，船上配备了从葡萄牙商人手中购买的新式火炮。
万历三十年秋，陈子贞兵分两路，对荷兰殖民者发起反击：一路由福建水师总兵刘挺率领，攻打鼓浪屿的荷兰据点；另一路由郑士表率领“义海军”，直奔大员岛，袭击荷兰人的热兰遮城。刘挺率领的水师凭借新式炮台的火力支援，很快就收复了鼓浪屿，斩杀荷兰士兵两百余人。
然而，郑士表率领的“义海军”却在大员岛遭遇了顽强抵抗。荷兰人凭借热兰遮城的坚固防御，用火炮轰击“义海军”的战船，郑士表的长子郑芝龙在冲锋时被炮弹击中，身负重伤。“义海军”伤亡惨重，不得不退回福建休整。
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