削减宫廷开支的方案很快就拟定好了，由内阁牵头，会同户部、内侍监共同商议，最终确定削减冗余宫女太监三百余人，减少宫廷日常用度三成，停止不必要的皇家工程和赏赐。方案呈到李明远面前时，他仔细看了一遍，觉得方案公平合理，没有过分之处，便当即批准了。
方案实施后，虽然有少数嫔妃和宗室成员表示不满，但在李贵妃的劝说和李明远的强硬态度下，并没有引发太大的风波。宫廷开支的削减，每年能为朝廷节省白银数十万两，大大缓解了国库的压力。
解决了宫廷开支的问题，李明远将目光投向了吏治。他知道，明朝中后期，官员腐败、冗官冗员的问题非常严重，这不仅加重了百姓的负担，也影响了朝廷的行政效率。要想实现“隆庆新政”的振兴，整顿吏治是必不可少的第一步。
这一日，李明远在文华殿再次召见了三位内阁大臣。
“陛下，不知今日召见臣等，有何要事？”李春芳率先问道。
李明远说道：“朕近日查阅了各地的奏报，发现不少地方官员存在贪赃枉法、欺压百姓的情况，还有一些官员尸位素餐，无所作为。吏治不清，民生难安，朝廷的政令也难以落实。朕意，要在全国范围内开展一次吏治整顿，严惩贪官污吏，裁汰冗官冗员，选拔有才干、有德行的官员。你们以为如何？”
听到“吏治整顿”四个字，三位大臣都愣了一下。吏治整顿可不是小事，必然会触动很多官员的利益，引发不小的阻力。
高拱最先反应过来，他上前一步，躬身说道：“陛下圣明！吏治不清，乃是大明积弊已久的问题，若能彻底整顿，实乃国家之幸。臣坚决支持陛下的决定！”高拱向来痛恨贪官污吏，而且性格刚直，无所畏惧，自然全力支持。
陈以勤也躬身说道：“陛下所言极是，吏治整顿确实必要。不过，此事牵连甚广，需谨慎行事，不可操之过急，以免引发动荡。”
李春芳则面露难色，说道：“陛下，吏治整顿固然重要，但朝中官员众多，盘根错节，一旦动了他们的利益，恐会引发朝野震动。而且，如何界定贪官污吏，如何裁汰冗官，都需要详细的章程，不可贸然行事。”
李明远知道他们的顾虑，说道：“你们的担忧，朕都明白。吏治整顿，确实不可操之过急，也不可一刀切。朕的意思是，先从中央六部和地方督抚入手，由内阁牵头，成立一个专门的整顿小组，负责调查核实官员的政绩和德行。对于查实有贪赃枉法行为的官员，严惩不贷；对于尸位素餐、无所作为的官员，坚决裁汰；对于有才干、有德行的官员，予以提拔重用。同时，朕会颁布诏书，鼓励百姓和官员举报贪腐行为，对于举报属实的，给予奖励。”
他顿了顿，继续说道：“为了保证整顿工作的公正公平，朕决定亲自过问整顿小组的工作，定期听取汇报。任何官员，无论职位高低，只要触犯了律法，都要受到惩处，绝不姑息。”
见李明远态度坚决，而且方案详细，李春芳也不再反对，躬身说道：“陛下考虑周全，老臣遵旨。”
“好。”李明远说道，“整顿小组就由高爱卿负责，陈爱卿协助，李春芳首辅负责统筹协调。你们尽快拟定具体的章程和实施细则，呈朕审阅。”
“是，臣等遵旨。”
很快，吏治整顿的诏书就颁布下去了，朝野上下一片震动。不少贪官污吏闻风丧胆，开始四处活动，试图掩盖自己的罪行；而那些清正廉洁、有才干的官员则欢欣鼓舞，期待着朝廷能彻底整顿吏治，让大明王朝焕发生机；百姓们也对这次整顿充满了期待，希望能摆脱贪官污吏的欺压。
高拱果然不负所望，接手整顿小组的工作后，立刻雷厉风行地开展起来。他选拔了一批清正廉洁、刚正不阿的官员进入整顿小组，制定了详细的调查流程和奖惩措施，对中央六部和地方督抚展开了全面的调查。
调查工作刚开始，就遇到了阻力。有一些官员仗着自己后台硬，拒绝配合调查，甚至威胁调查人员。还有一些官员相互勾结，销毁证据，试图蒙混过关。
高拱将这些情况汇报给了李明远。李明远听后，勃然大怒，说道：“岂有此理！朕倒要看看，是谁这么大胆，敢阻挠吏治整顿！高爱卿，你尽管放手去做，无论遇到什么阻力，朕都支持你！对于那些拒绝配合、威胁调查人员的官员，先停职查办，再调查核实他们的罪行！”
有了皇帝的支持，高拱更加有底气了。他当即下令，将几个拒绝配合调查的官员停职查办，并派人严查他们的罪行。这一下，震慑了所有官员，再也没有人敢公开阻挠调查工作了。
很快，就有一批贪官污吏被查实。其中，最典型的是户部侍郎张守直，他利用职务之便，贪污国库白银数十万两，还收受贿赂，为不法商人谋取利益。
案子查清后，高拱将卷宗呈给了李明远。李明远看后，怒不可遏，说道：“张守直身为户部侍郎，掌管国家财政，竟然如此贪得无厌，实在是罪大恶极！朕意，将张守直革职查办，抄没家产，押赴京城问斩！其党羽也一并严查，绝不姑息！”
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