迁都武昌后，朱由榔更加积极地投入到朝政和军事指挥中。他每天都要处理大量的奏折，召见文武大臣商议国事，还经常前往军营视察，鼓舞士气。在他的努力下，南明的朝政渐渐步入正轨，军队的战斗力也得到了进一步的提升。
然而，好景不长。随着南明势力的不断壮大，清廷也越来越重视，派遣了更多的兵力南下，对南明发起了更加猛烈的进攻。同时，内部的矛盾也渐渐凸显出来，给朱由榔带来了新的挑战。
永历三年年初，清廷派遣平南王尚可喜、靖南王耿精忠率领大军，从广东、福建两地向南明发起了进攻。尚可喜和耿精忠都是降清的明朝将领，熟悉南明的情况，麾下兵力雄厚。他们的进攻，给南明带来了很大的压力。
朱由榔得知后，立刻召开军事会议，商议对策。会议上，众人一致认为，应当分兵抵御，同时加强广东、福建两地的防御。朱由榔任命瞿式耜为两广总督，率领军队前往广东抵御尚可喜；任命郑成功为福建总督，率领军队前往福建抵御耿精忠。
郑成功是南明的着名将领，善于海战，麾下拥有一支强大的水师。他接到任命后，立刻率领水师前往福建，与耿精忠的军队展开了激战。郑成功的水师战斗力极强，多次击败耿精忠的军队，成功地守住了福建的防线。
瞿式耜率领军队前往广东后，也积极组织防御。他依靠广东百姓的支持，修筑防御工事，囤积粮饷，多次击退了尚可喜的进攻。广东的防线也渐渐稳固下来。
就在南明全力抵御清军进攻的时候，孙可望终于露出了他的獠牙。他见南明陷入了与清军的苦战，认为有机可乘，于是在贵州发动了叛乱，自立为帝，国号“后明”。他还派遣军队，向云南、四川等地发起了进攻，企图扩大自己的势力范围。
孙可望的叛乱，给南明带来了沉重的打击。义军内部陷入了分裂，南明的抗清力量受到了极大的削弱。李定国、刘文秀得知孙可望叛乱后，十分愤怒，立刻率领军队讨伐孙可望。
朱由榔得知孙可望叛乱的消息后，心中十分震惊和愤怒。他没想到，孙可望竟然如此背信弃义，在这个关键时刻发动叛乱。但他也知道，现在不是愤怒的时候，必须尽快平定叛乱，稳定内部。
“陛下，孙可望叛乱，心腹之患大于外敌。我们必须立刻派遣军队，协助李将军、刘将军平定叛乱。”堵胤锡焦急地说道。
朱由榔点了点头，沉声道：“堵爱卿所言甚是。传朕旨意，任命李定国为平叛大将军，刘文秀为副将军，率领军队讨伐孙可望。同时，从武昌调遣一部分军队，前往贵州支援李将军和刘将军。”
李定国、刘文秀得到朱由榔的支持后，士气大振。他们率领军队，与孙可望的叛军展开了激烈的战斗。孙可望的叛军虽然人数众多，但战斗力远不如李定国、刘文秀率领的义军。而且，孙可望的叛乱遭到了广大百姓的反对，叛军的士气十分低落。
经过半年多的激战，李定国、刘文秀终于平定了孙可望的叛乱。孙可望被擒，押往武昌。朱由榔下令，将孙可望凌迟处死，以儆效尤。
平定孙可望的叛乱后，南明的内部终于稳定下来。李定国、刘文秀率领的义军重新回归南明朝廷的指挥，南明的抗清力量得到了重新整合。但经过这场叛乱，南明的实力也受到了很大的损失，错过了进攻清军的最佳时机。
清廷趁机加强了对南明的进攻。永历三年下半年，清军大将多尔衮亲自率领大军南下，抵达湖北境内，向武昌发起了进攻。多尔衮是清军的摄政王，善于用兵，麾下拥有一支精锐的八旗军队，战斗力极强。
武昌城陷入了危机。朱由榔亲自登上城楼，指挥军队抵御清军的进攻。他身先士卒，与士兵们同甘共苦，极大地鼓舞了士兵们的士气。李定国、何腾蛟等将领也率领军队，奋勇抵抗清军的进攻。
清军的攻势十分猛烈，炮火密集，武昌城的防御工事遭到了严重的破坏。士兵们的伤亡越来越大，粮饷和军火也渐渐匮乏。但在朱由榔的带领下，士兵们仍然顽强地抵抗着，没有丝毫退缩。
就在武昌城即将被攻破的时候，郑成功率领水师从福建赶来支援。郑成功的水师利用长江水道，向清军的后方发起了进攻，切断了清军的粮道和退路。多尔衮没想到郑成功的水师会来得如此之快，心中有些慌乱。他知道，再这样下去，自己会陷入被动局面，于是下令撤军。
朱由榔率领军队乘胜追击，大败清军。多尔衮率领残部狼狈逃窜，退回了北方。武昌之围再次解除，南明又一次取得了胜利。
经过这几次内忧外患的考验，朱由榔变得更加成熟和坚定。他知道，抗清战争是一场长期而艰苦的战争，不可能一蹴而就。但他也坚信，只要自己能够团结各方力量，坚持不懈地努力，就一定能够打败清军，收复失地，重振大明江山。
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