三方势力，三个目标，即将在同一地点碰撞。
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毛利侦探事务所内
毛利兰第三次放下手机，眉头紧锁地望向窗外。
“还是联络不上。”她轻声对身旁的柯南说，“从放寒假前一周开始，本堂同学就像人间蒸发了一样。”
柯南不解询问：“他姐姐不是那个失踪的女主播水无怜奈吗？会不会是去找她了？”
桌子的另一侧，江户川柯南托着下巴，眼镜片后的双眼微微眯起。
“瑛佑哥哥是不是说过什么线索？”柯南用天真的童声问道。
小兰回忆片刻，眼睛突然一亮：“对了！他说找到了关于他爸爸工作伙伴的线索，在杯户中央医院！”
“杯户中央医院”六个字像电流般击中柯南的神经。那是FBI秘密安置重伤昏迷的基尔——即电视台女主播水无怜奈——的地点。一个普通高中生怎么会找到那里？
之后，柯南独自前往阿笠博士家。灰原哀正在地下室整理研究资料，听到开门声头也不抬：“脸色这么凝重，又是组织的事？”
“本堂瑛佑失踪了，最后提到的地点是杯户中央医院。”
灰原手中的试管微微一颤，几滴溶液洒在实验台上。她缓缓转身，茶色短发下的面容苍白：“那个地方……不该被任何人知道。”
当晚，柯南联系了朱蒂·斯泰琳。
这位FBI搜查官在电话中的声音异常严肃：“我们已经注意到了。那个少年确实在年底来过医院，拿着水无怜奈的照片询问护士。”
“只是这样？”
“不。”朱蒂停顿片刻，听筒里传来纸张翻动的声音，“他说在医院遇到了父亲工作的伙伴。问题是，我们调查发现，他的父亲伊森·本堂是CIA的谍报员，四年前已经死亡。”
信息碎片开始在柯南脑中拼凑：CIA、黑衣组织、水无怜奈、本堂瑛佑。这些名词之间存在着看不见的连线，而连接它们的，是一段深埋于黑暗中的过往。
横滨港区第三仓库在2003年的冬夜寂静得可怕。雨水敲打着生锈的铁皮屋顶，节奏杂乱如垂死者的心跳。
流浪汉山田蜷缩在二楼废弃办公室的纸箱堆里，被突如其来的枪声惊醒。他颤抖着从门缝向外窥视，看见令他终生难忘的一幕：
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