府学里的学生私底下论及此事，观点并不一致。
徐元杰说：“方腊、钟相，虽皆亡命之徒，而非贪官污吏之有以激之，则必不能为叛逆之举。就令潜图不轨，而附和无人，亦宁能孑身起事？盖自来盗贼蜂起，未有不从官吏所致，苛征横敛，民不聊生，则往往铤而走险，啸聚成群，大则揭竿，小则越货，方腊、钟相，其已事也。”
刘几亦道：“夫天生烝民，树之司牧，本以养民也；乃暴虐如是！天人之心，能无愠乎？且声色、狗马、土木、祷祠、甲兵、花石靡费之外，岁赂西北二虏银绢以百万计，皆吾东南赤子膏血也。二虏得此，益轻中国，岁岁侵扰不已。”
沈致信则说：“乱贼方腊，抢男女千人，关空屋中冻饿，招人来赎。又有程淑清女，在城人，方腊来寇，举家逃避，女年十七，父母虑其不免，谓之曰：傥兵逼尔奈何？女曰：当以死拒之！明日散走东塘山中。女适遇贼，贼初以好言诱之，继胁以刃，女曰：吾知有官府，不知有贼！贼先断其发。女唾骂。贼知不可屈。杀之，糜其尸。”
沈开恒附和堂叔之言：“叛军短短二月，凡破六州、五十二县，戕平民二百万。所掠妇女，自贼洞逃出，裸而缢于林中者，相望百馀里。何其残暴也。”
在冯过看来，义军不义军的暂且不说，但这动静委实够大，令一干粉饰太平的人再无法隐瞒不报。发运使陈亨伯请求朝廷调禁兵及鼎、澧两州的枪牌手兼程赶往镇压，防止义军势力扩大。崇宁皇帝这才知道前线战局不利，十分惊慌，赶紧派童贯、谭稹为宣抚制置使，率禁军及秦、晋二地蕃、汉兵共十五万前往东南，并命童贯拟写诏书废除为搜集奇花异石而剥削百姓的应奉局。
崇宁四年正月，方腊部将方七佛率六万人攻打秀州，统军王子武据城固守。不久，官军到来，合兵一处攻打义军，杀义军九千人，筑起五座高台，义军退守杭州。二月，童贯、谭稹的前锋到达清河堰，官军水陆并进，方腊又放火烧官舍、府库、民宅，并趁夜逃离杭州。大将刘延庆、王禀、王涣、杨惟忠、辛兴忠相继率兵赶来，收复了所有被义军占领的城池。
数月前圣公曾发豪言：“我但划江而守，轻徭薄赋……十年之间，终当混一矣！”
呵呵，自信过度就成笑话了。
但虽然说是兵败如山倒，在朝廷大军的围追堵截之下，“义军”溃散奔窜，原本松弛散漫的组织愈发不成建制，丢掉“兵器”摘去头巾回家伺候田地的“义兵”不计其数，三十余万大军仅剩不到一半。
提一下哈，“义军”以头巾区别等级，头扎红巾等各色头巾作为标志，至于头戴绿头巾的……不提也罢，“被绿”在此时不算哏儿。
自杭州失守，“义军”形势急转直下，从节节胜利变成节节败退。歙州、睦州、衢州先后失守，方腊从富阳、新城、桐庐一路退到青溪县，最后退守帮源洞。此时起叛军尚有二十万人，但战斗力大大下降，所谓“与官兵力战而败“不过是自我贴金罢了。
四月二十四日，官军包围帮源洞。方腊在石洞中躲藏起来，由于石洞极为隐蔽，官军不知如何进入。在军中任裨将的韩世忠侦查到路径，便率骁勇进入方腊所藏洞中，格杀数十人。
四月二十七日，永乐“宰相”方肥等人被忠州防御使辛兴宗所俘虏，藏匿在洞中的七万起义军被杀，方腊与妻儿及方七佛等人逃走。
至此，此次乱事算是基本平息，但由于大boss方腊仍在逃中，尚无法“结案”。
于是乎，江南水乡在接下来的很长时间内都在玩着“方腊去哪儿”的游戏。
五月初，婺州望县出现方腊残军的踪迹，被当地驻军一路追逐着至江山界消匿。
江山紧挨着玉山，距上饶也就百多里地，局势似乎紧张了起来。
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