永历元年三月，清兵已攻陷平乐，瞿式耜估计敌人必然要争夺桂林，一面调度粮草，一面把驻在黄沙镇的焦琏部队调回桂林，为鼓舞士气瞿式耜甚至把自己俸银也凑上去犒赏将士。第二天上午清兵突然袭击桂林，攻入文昌门，瞿式耜沉着指挥，依靠焦琏、白贵等部队奋勇厮杀，清兵全面溃退。
永历二年二月，联明抗清的原大顺军将领郝永忠（即郝摇旗），在灵川战役中受挫后退到桂林，受到当地驻军的歧视，发生兵变，郝永忠纵兵大肆掠夺，杀太常卿黄太元，当时瞿式耜不在桂林，瞿式耜的家也被抢掠，家人拿出何腾蛟的令箭，才混出城去。
三月初瞿式耜回城后，料理善后事宜，首先安定人心，加强战备，督师何腾蛟也带兵来保卫桂林，再败清兵。
永历三年，何腾蛟殉国后，瞿式耜兼任督师，陆续收复靖州、沅州、武冈等府县。无奈南明朝中上下争权夺利，猜忌倾轧，能征善战的广西本地部队又长期战斗，得不到休整，大大削弱了战斗力。
永历四年正月，南雄被清兵攻破，不久全州再度陷落，严关失守，前线溃退下来的官军竟然沿途掳掠，秩序大乱，驻城将领也不战而逃。
瞿式耜气愤到极点，捶胸顿足说：“国家把高官厚禄养这些人，现在竟这般行径，可耻！可耻！”。
形势越来越坏，十月初，清军兵临城下时，桂林军民已经四散而逃，就连瞿府男女仆从也走散了，他的侍从武官备马请他出城暂避，劝他说：“大人是国家栋梁，一身关系国家安危，突围出去后，还可号召四方爱国志士，再干大事。二公子历经千难万苦，正从常熟赶来看望大人，只需暂避一下，父子就能见面了。”
瞿式耜摆摆手说：“我是桂林留守，我没有守好这个地方，对不起国家，还顾什么子女！”随后整整衣冠，端坐在衙门里。
……
翰林院学士、广西总督张同敞，是瞿式耜的学生，见局势已无法挽回，从灵川随溃兵逃回桂林，听说城里人已走空，只有瞿式耜没走。张同敞平时十分敬重瞿式耜，立即只身泅水过江，赶到留守衙门见瞿式耜说：“恩师，形势这么危急，你怎么办？”
瞿式耜说：“我是留守，有责任守好这地方，城存与存，城亡与亡。今天，为国家而死，死得光明磊落，你不是留守，为什么不走？”
张同敞听后说：“恩师，以前战败，只要我不跑，总有部队跟随我，以图再起；而这次竟全部跑光，再无一兵一卒敢于再战，可见人心已然散尽了，我不死还能做什么呢？要死，就一起死！恩师，你难道不允许我和你一起殉难吗？”
说完就在旁边椅子上坐下来，和瞿式耜一起饮酒。
东方渐渐发白，清兵冲进衙门，要捆绑他们，瞿式耜说：“我们不怕死，坐等一夜了，用不着捆绑。”遂和张同敞昂首阔步走出衙门。
孔有德一心想收降瞿式耜，关押至今，屡遭严词拒绝，终于失去了耐心。
……
“别山，这是我写的绝命词，明天你托那位余将军想法带出去罢，日后若是传至皇上耳中，也算是老夫以明厥志了。”
瞿式耜把一张书稿隔窗递给张同敞，目光深邃的道。
张同敞接过书稿，朗声读到：
“从容待死与城亡，千古忠臣自主张；三百年来恩泽久，头丝犹带满天香！”
“恩师大义！”张同敞凛然道。
“别山，你是快枪手，也吟一首吧？这是你我最后唯一能够留给这个国家的了。”
“学生岂敢落后，也已拟就一篇，就请恩师最后为学生斧正一次吧。”
张同敞眼含热泪，轻声吟道：
“一月悲歌待此时，成仁取义有天知；衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。
破碎山河休塟骨，颠连君父未舒眉；魂兮懒指归乡路，直往诸陵拜旧碑。”
“好！别山……我生平最爱山水佳景，此地颇佳，你我可以安心去矣！”
……
师生二忠良知道大限将至，正笑对生死，忽然瞥见余成带了几个紧身装束的人悄然摸进洞中，余成跪于瞿式耜身前，急声说道：
“督师大人，总督大人，卑职位卑能鲜，连日目睹大人们被困受辱，却无力施救，心如刀绞。今日终有援兵来救，请大人等速速破囚而出，回南宁行在与皇上会合，征召四方志士，再图大业。”
“余将军，你身在曹营心在汉，老夫知晓。”瞿式耜闻言稍一愣神，喟然说道：
“然局势已然如此，老夫纵然出得牢笼，又有何能力挽大厦于将倾？唯有为社稷尽忠而已。”
“督师大人，实不相瞒，现有忠勇义军强力来援，我大明复兴有望，我等只望大人蛟龙归海，登高一呼而已，还望大人明鉴哪。”余成见此凄声说道。
瞿式耜闻言沉吟半晌，沉声问道：“余将军，此话当真？”
“在下大明抗清义军首领林啸，见过两位大人。”
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