这时期卡卡西在暗部已经有多年了，夕颜是最近才加入暗部的，还非常年轻。卡卡西道，“找个更可靠的人当榜样吧！”夕颜笑道，“更可靠的人，疾风那样的家伙吗？整天一副病怏怏的样子，怎么看也不会成为别人的榜样。”卡卡西与夕颜离去后，大和与乙来到野原琳墓前，大和看到了墓前的鲜花以及琳的名字。
火影办公室，三代火影道，“大蛇丸在国内有多处秘密研究设施，这你知道吧？”卡卡西说知道。猿飞道，“逃离村子之前，大蛇丸破坏了其中一些，另一些则原封不动地留下来了，包括我们未知的东西。正在执行任务的4人小队，恰巧发现了用途不明的设施。根据小队回来后汇报，那应该是被大蛇丸遗弃的研究设施之一。”卡卡西问道，“小队有没有调查内部？”猿飞道，“幸好还没有。因为不知道里面有什么，我不想让村里人知道那家伙进行可怕研究的真相。不想让他们知道自己下落不明的亲人和朋友变成了什么样子。”
三代火影道，“然而调查是必须的！”卡卡西明白了，“所以你想让我这个暗部去。离大蛇丸叛逃出村已经过去3年了，他的负面遗产至今令人头疼啊！”猿飞道，“对不住，只能拜托你了！”卡卡西哈依。
卡卡西奉命出行，穿过一片树林，前往那个秘密研究基地。根部的甲和乙随后跟了上去，目的是卡卡西的写轮眼。
火影办公室，猿飞正在用毛笔写字，团藏走进来，“听说你发现了大蛇丸的据点？”猿飞道，“是那家伙留下的研究设施，我已经派人去调查了。”团藏道，“这样啊！”猿飞站起来，“你不放心吗？”团藏道，“尽管是被遗弃的研究设施，但难保里面没有遗留的陷阱。不知道那位调查人员是否可靠？”猿飞道，“我派的是暗部高手。”团藏阴狠道，“希望他没事。”猿飞皱眉，不知道团藏又搞什么阴谋。
卡卡西来到那个研究设施，那是个地下洞窟。卡卡西跳入洞中，来到入口门前，那里有个封印的符咒。卡卡西结印，试图解开封印。封印符变红后，失去了色彩。卡卡西上前揭符，符印突然发出亮光，卡卡西急速后退，“砰”地一声巨响，爆炸发生了，大门炸得粉碎，火光冲天。
后面冲出水流，阻挡住了烈火，是大和发出了水遁忍术。卡卡西险之又险地避开了爆炸陷阱，当然也发现后面的跟踪者，“你是甲吧？”大和只好站起来，“好久不见了，卡卡西！”
爆炸结束后，硝烟散尽，大门打开了。卡卡西与大和向里面走去，卡卡西随口问道，“你怎么在这里？”大和道，“有任务。”卡卡西道，“来支援我的？不，不对，是团藏大人吧？他也想擅自调查大蛇丸的研究设施，所以派了根来。”大和没有答话，卡卡西叉手，“根的人决不透露任务内容吗？但不管怎么说，刚才的水遁，真是多谢了！”大和道，“我也不想卡卡西被烧死。”卡卡西道，“要一起进去调查吗？彼此有什么发现可以沟通一下。”
卡卡西被三代派去调查大蛇丸遗留下来的用途不明的设施，跟他一起进入设施的还有根的甲，但甲接到的命令并不是调查设施，团藏盯上的是卡卡西的写轮眼。大和陷入深思，卡卡西道，“怎么了？就算部署不同，我们也都是木叶忍者，完全可以互相协助嘛！”根部乙还躲在暗处，卡卡西并没有发现。大和道，“也对，前面不知道是什么情况。一起走吧！”卡卡西道，“好。”
两人向前走，乙偷偷吊在后面。卡卡西道，“陷阱貌似只有入口那一个，想必是大蛇丸急着逃跑，没有来得及设置更多。”大和道，“是啊，但是小心为上。”说话时，大和偷偷取出了苦无，准备偷袭卡卡西。两人来到了前面一个门前，大和没有找到下手的机会。卡卡西轻轻推门，“上了，小心点！”门开了一条缝，卡卡西拿镜子晃悠，反射里面的情景，看是否有机关。
确认没有问题后，两人进入了里面，那是个实验室，桌上有很多实验报告，还有些玻璃器皿。大和道，“貌似什么都没有。”卡卡西翻看一份报告，“不知道大蛇丸在这里做过什么实验。我猜他是最擅长人体实验之类的。”大和问道，“人体实验？”
――――――大和的模糊回忆――――――
阴暗的柱间细胞实验室，大蛇丸与团藏走进来，大蛇丸阴森森道，“这个不行，那个不行，这些也不行……”团藏跟在后面，沿途都是破碎的玻璃器皿，还有一个孩子在器皿里挣扎，那就是大和。经过大和身边时，大蛇丸生气道，“这个实验体也失败了！我本以为成长期的儿童，才适合柱间细胞的繁殖，谁知反而不行。小孩子的体力根本支撑不住！”大和勉强睁开眼睛，看到了大蛇丸与团藏的模糊轮廓。大蛇丸决定把这里关闭封锁起来，团藏没有异议。
两人向外走去，完全没注意到大和还活着。大蛇丸道，“不用担心，细胞移植还有其他很多方法，马上就能开始下一项实验了。”两人离开后不久，实验室的仪器停止了工作，这里被大蛇丸放弃了。大和所在的器皿崩溃了，液体流出来，大和发出惨嚎，“我还活着，不要放弃……不要啊！”听到了实验室里传来的声音，团藏撞开门冲了进来，看到了大和，他露出了震惊的表情，“居然活下来了！”
后来，大和被团藏带入了木叶医院进行初步诊治，身体康复后，就带大和来到根部的训练基地。那时候的大和似乎忘记了自己是谁，连语言能力都有了障碍。团藏喋喋不休，“大蛇丸太贪心，继而连三地尝试新东西倒也罢了，却从来不会持之以恒。不过他早早对你放弃信心也算你走运，如果留在大蛇丸那里，肯定会被继续做实验材料。”
来到基地，见到了其他忍者，团藏道，“我的组织收留那些无处可去的忍者，从今往后，你也成为根部的忍者吧！”大和问根是什么，团藏道，“我们就是支撑木叶这棵大树的坚实根基。如果根基扎的不够深，大树就长不高。”大和道，“所以是根吗？”团藏道，“你的名字就叫做甲吧！从今往后，你也是我们的同伴。”
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