就在林俊秀开始进组拍摄《午夜飞行》的同时，同名小说也通过文艺春秋出版社开始发行。按照林俊秀与文艺春秋及讲谈社达成的谅解，偏严肃题材的小说将由文艺春秋出版社发行，而偏大众题材的小说则交由讲谈社发行。林俊秀这本小说因为涉及到校园霸凌、青春期同性恋等等社会题材，因此自然就交给了文艺春秋出版社发行。
虽然小说中的部分素材是由林俊秀的助理们搜集的，但是小说的署名权还是林俊秀的。这本来就是创作圈的规则，想要索要署名权那就必须为作品做出了一定程度的原创贡献才行。仅仅是为小说搜集创作素材是无论如何也归类不到“原创贡献”里来的，所以这本小说还是林俊秀的小说。
和韩版的《夜间飞行》相比，林俊秀在《午夜飞行》里加入了许多日本特有的元素。特别在风格上，林俊秀融入了不少当初对《坏孩子的天空》的理解。很多人赋予了青春太多的美好词汇，结果到了北野武这里，将青春的残酷和残忍赤裸裸地展现出来。
有人说，青春是人类从孩童过度到成人的动荡阶段，人一旦度过这个时期，那孩童时的纯真就消失得干干净净，人也就从“动物人”变成“社会人”。林俊秀觉得这段话说得没有错，但是很多人认为这种转变是负面的。可很多人却没有意识到一件事，人在青春期的时候往往会做出他自己都不敢想象的最残酷的事情。所谓少拳打死老师傅，除了老师傅体力衰退之外，还在于少年人是不会也不知道要收敛自己的。所以，少年人一旦犯错，错误往往让人感到可怕。
林俊秀从不觉得青春有多美好，所谓“美好的青春”只不过是成年人选择性地遗忘罢了。当他还是那个四十岁挣扎在社会上的驻日记者时，他曾经和一个中学时代的朋友喝酒。在林俊秀和所有同学的印象里，大家那个时候无忧无虑，过着“美好的清楚”。
特别是林俊秀喝酒的这个男人，他可是学校里的风云人物，高喊一声就有无数人应和的那种“大哥”。但是他却告诉林俊秀，中学的那几年是他过得最黑暗的岁月，他好几次都想自杀了断自己。他所谓的“强大”和“彪悍”都是被人逼出来的保护色。他家境贫寒同时又学习成绩不好，在当年很多农村地区的中学就是原罪。
在一些教书育人的老师看来，你这样的人还来念书干嘛？不是来降低我们班或我们学校的升学率么？在这些老师的暗示和纵容之下，很多人开始疏远乃至于攻击他。为了保护自己，他才不得不挥拳。可一旦他挥拳了，关于他是混混等消息就坐实了。于是不仅让更多的老师讨厌他，连带着许多不明真相的家长也开始对学校施加压力，希望将他赶走。他只能用拳头征服其他人，让自己拥有一群“朋友”。
可为此他也付出了惨重的代价，少年的名声一塌糊涂，他的父母也越发在村子里抬不起头来。因为很多人都告诉他们，你们的儿子就是流氓！他长大了只会浪费粮食，而且肯定在18岁的时候被国家抓去枪毙啥的。所以，他高中后就没有念书了，而是南下打工。
等他奋斗出一份小小的事业之后，他干的第一件事就是捐钱。因为，他要洗掉他过往的名声，否则他依旧无法面对他所出生和成长的这个地方。听完他的话，林俊秀才发现自己和很多人当年都不过是借着“纯真”的名义在霸凌这个可怜的少年。如果要比起残忍，成年人是远远比不过少年郎的。
小说里有俊、泽和志雄三个少年，三个少年曾是邻居，在小学时代一起度过。
志雄的父亲因为在公司里犯下不可饶恕的罪行而被公司开除，由于志雄父亲曾供职的那个公司非常有名，于是志雄父亲在整个职业圈子里臭了名声，没有任何人敢聘用他，志雄父亲不得不从白领变成每天在工地上打零工的苦力工人。
日本的苦力工人其实薪资不错，因为他们对应需要缴纳的社会福利更少，所以雇佣单位在薪资方面就显得稍微“大方”一点。但是志雄父亲每天却都将工资花在居酒屋和风俗店里，志雄也从一个普通少年变成人人唾弃的孩子。于是志雄就和林俊秀的那个同学一般，学会了用暴力保护自己。他成了小混混，带着一帮兄弟收取保护费，成了高中附近一带出了名的黑帮小头目。
和志雄相比，俊和泽的生活则幸福了许多。俊是英俊潇洒的学霸，学校里公认的校草，集万千宠爱于一身；泽则是俊身边那个温润少年，虽然不尽俊那般夺目，但也是学校少有的英俊少年。随着两人升入高中，情窦初开的彼此都察觉到内心与常人的不同，但却怯弱地将这种情感隐藏在内心最深处。因为此时的日本还是个异常保守的社会，同性恋在一定程度上被视为“不正常”乃至于“不应该存在”的事物。
泽听说学校附近有一所同志酒吧，名字就叫“午夜飞行”。好奇的他带着试探和憧憬的情愫在某次补习后骑着自行车前来窥视，只不过当他在酒吧里被不怀好意的大叔吓走之后却发现自己的自行车被偷走了。郁闷的泽只好步行回家，还因此受到了父母的抱怨。泽家虽然还算小康，但是泽还有弟弟妹妹在念书，因此很难再有钱给泽买自行车。
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