谢玄不给秦军喘息之机，与田洛、戴逯合兵，率五万晋军进攻盱眙。彭超为了保护退路和漕运，被迫迎战，秦、晋两军在城北君川交战。
彭超跑路到盱眙时，已经不再存有侥幸，决意撤军，于是以适应邗沟较浅航道的一种平底舫船，并列作为桥梁，迅速架设临时浮桥，意图退往淮北。
却为谢玄察觉，以参军刘牢之率军自水面突击，一举烧毁浮桥，直击要害，秦军士卒因后路再次被断，兵无战心，心中惊惧，争相逃亡，而来自淮阴的运粮船队，失去接应后也被谢玄督护诸葛侃、单父令李都领军破袭。
彭超、金俱难只得入破釜塘退往淮阴，秦军大败后，士卒争相登船，溺死者不计其数，六万大军连败之后已经折损近半。
晋军取得兵力优势后，谢玄反而没有急于在水面上以快船追击，只是下令缓缓尾随，集结各部调整攻击次序。
秦军留守在淮阴的邵保，在派往三阿、盱眙的运粮部队接连损失后，所部兵力不足五千，接应彭超、金俱难等部败兵后，士气如传染一般，也变得人心惶惶。
这种情形下，秦军由于船只运力不足，彭超等人认为分批摆渡撤退，极易引发营啸，于是在淮阴再次并船修筑浮桥。
秦军此时一心想着撤回淮北，毫不遮掩意图，很快就被晋军侦查得知，并派出小股水军拖延建造进度。
短短几天后，此时已经是七月中旬，趁着淮水夜间大潮，谢玄以何谦、诸葛侃为将，率晋军水师船队发起火攻，秦军被迫接战，天时、地利、人和一样不占，浮桥被毁，逃生无路。
仅王显因为家学渊源，精通天文，提前设防，率本部二千强弩营精锐溃围后，护着几乎只身逃出的彭超、金俱难登船，退至淮北，秦军余众约四万人一夜尽没，邵保也在乱军中被何谦麾下士兵杀死。
败讯传出后，毛当、毛盛随即率军北归，晋军骑兵稀缺，无力拦截，只得乘船望尘目送。
彭超、金俱难回到淮北后，分别上表长安，作出陈述，因屡劝不听金俱难自觉不忿，一并告发彭超指挥失当。苻坚获悉经过后，罕见的在朝会上发了火，即刻下令以槛车押送彭超还都，下廷尉狱，同时削去金俱难官爵，贬为庶民。
彭超不欲受槛车入京之辱，于彭城待罪时，自尽于狱中。三年前，彭超任兖州刺史之初，曾在濮阳城南，为邓艾庙立碑，立志效仿其灭蜀一般灭晋，最后却落得相似的下场，至死仍心中不甘。
前燕灭亡后，范阳涿县人郦瑛作为降官仕秦，吕光在洛阳收捕据城兵谏的苻重后不久，奉命入蜀平李乌之乱，郦瑛也由苻洛麾下被调任为蜀郡太守，其子郦绍在淝水之战后，跟从慕容垂，为后燕濮阳太守，郦绍的曾孙郦道元作《水经注》时，就记载了彭超于邓艾庙立碑一事。
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