（一）南洋舰队。
南洋舰队顾名思义，是一支外海舰队，主要任务是保卫海疆，以外国列强为假想敌。
南洋舰队主要继承海军第一师的人员装备，司令部驻广东顺德，在顺德建有大型海军基地。
目前，南洋舰队现有装备以小吨位蒸汽战舰为主，只能在近海作战。
怡和公司作为美国旗昌洋行大股东，收购了上海旗记船厂。加上广州柯拜船坞、南宁邕宁造船厂，广州方面已经初步形成了造船能力。
不久之后，南洋舰队有望得到大吨位战舰，进而实现远洋作战能力。
（二）内河舰队。
内河舰队司令部驻广西梧州府，其主要任务是围剿境内水寇，支持陆军日后北上湖南。
关于是否保留内河舰队，总司令部曾有过一番争论。有人认为，革命军已经尽占珠江流域，没必要保留内河船只，可以把节省下来的经费留给南洋舰队。
杨烜力排众议，力主保留内河舰队。南中国水网密布，小型内河船只可以通过湘桂交界处的灵渠，从广西进入湖南。
有战船相助，陆军可以更好地北进中原。届时，一支灵活机动的内河舰队是非常有必要的。
保留内河舰队遂成定议。
内河舰队基本继承海军第三师的人员、装备。第三师原本任务是水上运输，装备很一般，以传统帆船为主。
（三）海军陆战队。
海军陆战队主要执行两栖突击作战任务，可利用船只快速机动至预定作战地域，单独或支持陆军作战。
海军陆战队人员装备主要继承第二师。第二师主登陆作战，曾屡次深入敌后，出奇制胜，令敌人闻风丧胆。
因为功勋卓着，作用突出，有人建议将海军陆战队从海军中独立出来，单独成立一个军种。
经过反复论证，杨烜还是否决了这个提议。海军陆战队对海军依赖性强，必须与海军紧密配合，得到海军战舰、运输船的支持，方能发挥出最大作用。
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若把海军陆战队独立出来，就得为其增配战船、运输船，这将增大本就紧张的财政负担。以革命军现有的协同能力，把海军陆战队独立出来，不如让她继续隶属于海军。