巴达维亚的东印度公司守军也不是傻子，他们并没有因为南面城墙无人问津而将城墙上的守军全部撤走，鉴于东西两边的压力比较大，他们只是抽调了部分兵力去东西两面城墙支援，南面城墙上一直保持着千人左右的规模。
但是，人总有疲惫的时候，明军的战舰跟发了疯一样日夜不停的轰击，虽然没把北面的城墙怎么样，甚至还因此被击沉了几艘战舰，但是，城内的守军却始终无法好好休息，那火炮一直都在轰鸣呢，谁知道是战舰上发射的还是攻城部队发射的，万一是攻城部队开始攻城了怎么办？所以，城内的守军晚上都不敢睡的太死，迷迷糊糊被火炮的轰鸣声惊醒那更是常有的事。
这种情况持续了三天之后，城内的守军可以说心身俱疲，基本上是站在那里都能打瞌睡，防守自然是变的松懈无比。
第三天晚上子时，巴达维亚南面城墙外仍然看不到一个人影，城墙上的值守士兵基本上都在抱着枪，靠着墙打瞌睡，数十名锦衣卫密探穿着夜行衣，趁着夜色摸上城墙，他们借着城墙的阴影躲过火把的照明，摸到一个个守城士兵后面，用厚布捂住他们的口鼻，然后就是一刀抹过他们的脖子，动作娴熟无比。
很快，城门楼附近的守卫都被清理的差不多了，就算有人在远处看见也发现不了，因为大家都在靠着城墙睡觉呢，只有走到近前才能发现，地上好多血！
锦衣卫密探就这样有惊无险的打开了南面的城门，将两万隐藏在暗处远征军第二军团的将士无声无息的迎进城内，向各处城墙和棱堡摸去。
这是个屠杀之夜，无数东印度公司的火枪手还在半梦半醒之间就直接被人抹了脖子，虽然最后城内的守军发现了异常，但是，已经晚了，东门和西门都被打开了，所有远征军第二军团的将士都涌进了城内。
十万对几千，那是毫无悬念的碾压，巴达维亚就这样被明军从内部攻破了！
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