东晋王朝的统治阶层大部分是由过江避难的北方侨姓士族与世居江南的南方吴姓士族组成，存在着地域、文化等方面的差异，他们之间一直相互排挤。
在东晋统治的一百多年中，侨姓士族占据统治的主导地位，而吴姓士族则一直被排斥。
晋元帝年间，北方大臣王导希望改变这种状况，他在南北士族之间奔走，极力劝说各族修好，但收效甚微。
后来，江南士族也曾多次因为不满东晋的统治而起来反抗，从而大大地动摇了东晋的统治。
自晋元帝元年（317年）至晋安帝隆安三年（399年），是东晋发展比较平稳的时期，虽然在此之间也有过一些叛乱，但都被镇压下去了。
元帝末年，王导之弟王敦起兵反晋，遭到其兄王导与朝臣的抵抗而未能成功。
其后，虽然桓温也曾觊觎帝位，但又被王谢两大家族抵制下去。
385年，东晋重臣谢安病死，晋孝武帝将大权交于其弟司马道子。
司马道子与其子司马元显把持朝政，他们暴虐无能、大肆剥削人民，使图谋王位的大族有机可乘。
398年，以桓玄为盟主的王恭、殷仲堪、庾楷等人的联军占据了建康以西的州郡，使朝廷的统治被限制在东方的八郡内，从而开始了其衰亡的过程。
从那以后，东晋一朝的权臣们逐渐地走起了下坡路，直到刘裕掌权后又逐渐形成了寒门掌机要的局面！
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