后来，帝王计划的研究人员画出了哥斯拉大战死亡之群的画像，而刚刚从战争中回过神来的艾森豪威尔将军，把哥斯拉当成了对未来人类充满威胁的存在，决心将它给摧毁。
于是，一九五四年的比基尼环礁岛屿附近，美军急忙引爆了一颗地球上威力最强大的武器——氢弹。美军对外声称这次轰炸只是新型武器的试验，实际上却是意图消灭哥斯拉。
遭受到氢弹打击的哥斯拉被重创，于是又潜回了某处深海，从此再也不见踪影。后来就再也没有发现过类似的生物，帝王计划也慢慢的被政府冷落，甚至很多人都遗忘了这个组织的存在。
“帝王计划随着时间的推移，得不到政府的经费，最后面临解散的危机，可转眼来到了一九七三年，人类已经开始了对太空的探索，而卫星的发射终于让人类的视野遍布全球。
在偶然间，“帝王”找到了一处形似骷髅的岛屿，也就是骷髅岛，并检测出在岛上存在巨型的生物。于是组织了一群直升机闯进该岛，为了找到巨型生物，他们引爆了航空炸弹，结果唤醒了骷髅岛上的神，被原住民称之为KONG。
根据研究人员的调查显示，KONG属于灵长类的巨型生物，由于另一种残暴的海底生物的袭击，导致它的整个族群覆灭，因此KONG是族群唯一的生还者，虽然它已经三十多米高了，但很明显还处于少年时期，接下来仍然会不断长大，最终的高度可以超过一百米。
与KONG共存的还有骷髅爬行者，这是一群数量庞大的残暴生物，用长舌可以来绞杀猎物，长年生存于骷髅岛地下，是名副其实的恶魔。
帝王组织的领导者芹泽博士认为，人类不应该对它们过多干扰，而是应该让大自然的生存法则来制约恶魔，所以此后再无人踏足骷髅岛。
但一九九五年，帝王成员亚伦·布鲁克斯违抗命令，秘密带领一支小队进入了骷髅岛寻找金刚。
结果队伍几乎被岛上各种怪物给屠杀殆尽，最后却得到了可靠消息，金刚是一只智慧型巨兽，灵长类生物。
它是岛民的保护者，因此亚伦也留在那里了，再也没回来，至于死了还是挂了，没人知道。
一九九九年，帝王计划的研究员芹泽教授来到了菲律宾一处坍塌矿区的现场，在坍塌矿区的地底深处，他们发现了一具巨型爬行类生物的骨架。
在骨架上还有两个未知的虫卵，其中一个已经破壳而出。
最终，帝王组织终于得到了日思夜想的活体巨型生物，将其称之为MUTO，也就是接下来的穆托，是“未知大型陆地生物”的简称。
而这，也彻底开启了怪兽时代，人类陷入了前所未有的灭世危机中，新的巨兽源源不断的登场。
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