不过，目前中外合作的限制还是很多，合作办学的专业主要集中在管理、商业金融、计算机、外语等应用性和市场化程度比较高的专业。在包飞扬看来，国内的高校在过去这几十年，管理方式、教学方式上确实与国际脱轨太多，这些合作办学项目，确实在促进国内高校的改革和变化上起到了一定的作用，但是这些市场化的专业、应用化的专业，对于提升国内高校的学术科研实力，作用并不大。这些中外合作办学项目，并没有改变华国高校的管理模式，而包飞扬则希望在这方面进行一些努力和尝试。
包飞扬道：“目前，国内比较成熟的中外合作的学历教育就是MBA，这一方面是因为国内这些年推行经济改革，我们过去实行计划经济，对市场经济的东西缺课比较多，而经济改革，经济的快速发展，我们急需大量的经济管理人才，而另外一方面，这种比较高赌经济管理专业，学员都是老板和管理人员，他们也支付得起相对高昂的学费，而合作办学项目大多也是冲着经济收益而来，真正着力于普通高等教育和学术发展的合作办学项目，目前还没有出现。”
“不过我认为，工商教育和应用型专业只是高等教育的一部分，除了工商管理和计算机，高等教育需要做的事情还有很多很多。现在国内高校所缺少的不仅仅是工商管理教育与世界脱节，而是在各个专业领域，都需要引进国际性的思维、引进国际管理方式，进行国际学术交流，尤其是基础学科，我们更需要国际思维。”
李伟忠本身是从事高能物理研究的，对包飞扬的法，他非常认同地点零头：“包先生看得很长远，实际上这不仅仅是内地的问题，也是新港的大学所存在的问题。新港科技大学本身也是以应用型专业为主，当然，作为一所综合性的大学，要在应用型专业方面获得好的教育成果和学术成果，也必须要有坚实的学科基础。”
“新港科技大学之所以能够成功，能够在短短的几年内发展成为亚洲一流大学，最重要的原因就在于新港科技大学的国际化办学思路。新港科技大学的管理层和教员大多有国际求学或科研的经历，他们可以将国际上最先进的知识和教学理念带回来，而大学的学生也拥有更多国际交流学习的机会，这对于培养拥有国际化视野和国际化学术水平的学生非常重要。”
李伟忠道：“当然，每个专业的情况不一样，像工商管理这样的专业，不仅仅要有国际化的视野，同时也要有本土化的结合。内地一些优秀MBA学院也是这么做的……”
“至于基础学科，在商业性和应用性上确实没有那么强，不过基础学科之所以是基础学科，就在于基础学科的提升，会夯实其他学科提升的基础。就像一些数学系实力强大的高校，其软件和计算机专业也会很强大一样，所以基础学科才会被称为基础……”
“相对来，应用型的学科建设比较容易一些，相应的人才也更好找，学生就业也更容易，学费也好收，基础学科的难度就要大一点，而且基础学科要想出成绩，研究能力很重要，这方面的投入可不……”
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