在战争初期，由于教会和旧贵族掌握着日月帝国的绝大部分领土，再加上“神教军”掌控着比“保皇军”更多的现役军队，这些现役军队无论是训练作战水平还是军事素养都不是“保皇军”手里那些商会武装和雇佣兵可以比拟的。
因此在战争初期，“神教军”节节胜利，打得“保皇军“溃不成军，甚至在“第一次明都战役”后一度占领了整个明都，攻陷了皇宫，皇帝以及一众保皇派高层不得不在“保皇军”的掩护下逃出明都，撤退至日冕城继续抵抗。
而在其他战场上，“保皇军”也是不断失利，不少“保皇军”所控制的城镇纷纷落入“神教军”手中，情况直转急下。
虽然局势对“保皇军”愈发不利，但是以皇帝为首的一众新贵族和大商贾并没有就此坐以待毙，而是立刻开始鼓动奴隶和平民百姓拿起武器，对抗神教军。
为了激发奴隶和平民百姓帮助”保皇军“的积极性，日月帝国皇帝在大商贾和新贵族的妥协和支持下，正式向全国颁布了《奴隶解放法案》和《民权宣言法案》，彻底震惊了整个日月大陆！
《奴隶解放法案》规定，从此以后日月帝国正式废除奴隶制，所有奴隶都将成为日月帝国的平民，可以享受国家法律保护和拥有私人财产。
而《民权宣言法案》更是规定，日月帝国民众各阶层人格平等，保护私有财产和知识产权，同时还规定，日月帝国民众可以自发组建民兵武装和反抗势力，抢夺教会和旧贵族的土地，抢到的土地不仅都归反抗民众所有，甚至还有可能因此获得官职甚至贵族的头衔！
由于过去教会和旧贵族对大商贾和新贵族的打压，以及在民间的横征暴敛，本来日月帝国绝大部分奴隶和平民劳动力就掌握在教会和旧贵族的手中，而大商贾和新贵族却经常因为缺少工业劳动力而犯愁。
之前由于“思潮大解放”运动的推波助澜，民众的思想本就开始觉醒，现在法案一出，更是立刻获得了大量奴隶和平民的支持！不断的有民兵武装和奴隶反抗者出现，开始在教会和旧贵族的背后展开袭击和暴动，也不断的有平民和奴隶开始逃离教会和旧贵族的控制，加入到了”保皇军“的阵营中。
前面就已经提到，由于日月帝国超过百分之九十九的魂师武魂品级都属于低中级，修为也因为武魂品级的限制而居低不高。这就导致在日月大陆上，魂师与普通人之间的实力差距远没有斗罗大陆上的那样明显。
即便日月帝国的不少魂师都配备有魂导武器，但毕竟日月帝国的魂导武器此刻还并没有长足的发展，因此威力有限，且绝大部分先进的魂导武器都掌握在“保皇军”手里。
更重要的是，普通人虽然没法使用魂导武器，但是却可以使用“保皇军”提供的，以先进技术和精良材料打造的刀剑，盾甲，弓弩，甚至包括了一些原始魂火药武器类型的大杀伤力武器！
这些武器普遍要比生产资料落后的“神教军”所配发的武器品质更加优良！产量更加恐怖！因此随着战争时间的持续和战争规模的扩大，“神教军”越来越显得后继乏力，难以招架，而与之相反的是“保皇军”却越打越多，越战越勇，不少之前丢掉的城市也纷纷光复。
最终，日月历3768年9月20日，“保皇军”在“第二次明都战役”中彻底歼灭了“神教军”最后的抵抗力量，当代日月神教教皇孔郁自杀，“神教军”残存高层分崩离析。至此，这场持续了十年之久的“神皇战争”以“保皇军”的胜利而告终！
这场战争带给整个日月大陆的，除了战火，死亡与灾难外，也为日月大陆带来了启蒙，变革与开拓！
战争结束后，按照战前日月帝国皇帝与新贵族和大商贾之间的相互承诺，日月帝国设立由上议院和下议院组成的帝国国会以及最高法院，限制皇帝权力，颁布新宪法，分封贵族，并大力推行发展工商业，兴办教育，解放劳动力。
同时日月帝国新贵族不再对地方和中央官员位置进行世袭，大幅削减控制私人武装数量和武器装备等级，依法纳税并服从中央的管理和安排。至此，在双方的相互妥协下，日月帝国又重新回归了稳定，并至此逐渐从以农业化的封建主义国家，向以工业化为主的资本主义国家的方向蜕变。
时至今日，当年“保皇军”中势力最强大的那几个商会及其所属家族，也逐渐发展成了今天的日月帝国十大家族！
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