时间不停的流逝，转眼之间，三年时间过去了。
此时距离波风浩人死去已经十三年了，因此，波风浩人这只蝴蝶给忍界带来的影响越来越小。
在外修炼的鸣人归村之后，木叶就接到了砂隐的求援。和动漫中一样，鸣人等人成功的救出了我爱罗。虽然在自来也的训练下，鸣人的实力大增，但是一尾还是被晓组织夺走了。不过，在砂隐千代婆婆的牺牲下，我爱罗成功复活。此事之后，木叶和砂隐的联盟更加的可靠。
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在仙法之印的作用下，阿斯玛的实力是影级，但是，阿斯玛还是没有避免自己死亡的命运，飞段的能力太特殊了，如果不知道底细，很少有人能够逃过一劫。
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佐助在认为自己已经获得了超越大蛇丸的力量之后，突然向大蛇丸发难，破解了大蛇丸的转生忍术，打倒了大蛇丸。
培养佐助是波风浩人安排给大蛇丸的任务，所以，大蛇丸对佐助可以说是倾囊相授。这就导致了，佐助不但变的非常强大，而且佐助对大蛇丸相当的了解，尤其是大蛇丸的弱点。
大蛇丸对佐助虽然没有任何的企图，但是，在所有人看来，大蛇丸的目的就是宇智波佐助的身体，佐助自己也这么认为，毕竟，大蛇丸会波风浩人完整的克隆技术的事情，只有大蛇丸、波风浩人和漩涡轻水三人知道。
大蛇丸在与三代火影的战斗中失去了双臂，无法使用任何忍术，精神力方面又无法战胜拥有写轮眼的佐助，因此，大蛇丸和动漫中一样，被佐助打倒了。
打倒了大蛇丸之后，佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香燐和重吾，四人组成了名为“蛇”的小队。
香燐在大蛇丸的全力培养下，能力得到了很好的开发。和动漫中一样，香燐爱上了佐助，因此，香燐不顾母亲漩涡轻水的反对，选择了跟随佐助。漩涡轻水因为肩负着复活波风浩人的任务，所以，没有去追回香燐。在漩涡轻水心中，香燐很重要，但是波风浩人也很重要。
经过一番波折之后，佐助终于找到了鼬，和鼬展开了激烈的战斗。虽然宇智波鼬因为波风浩人的原因，不像动漫中一样身染重病，但是，为了让自己的弟弟得到永恒的万花筒写轮眼，鼬还是选择了死在佐助的手中。
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自来也的命运也没有发生变化，自来也为了获取“晓”的情报而潜入了雨忍者村，最终为了得到佩恩六道的情报而牺牲了自己的生命。
得知自来也牺牲的消息之后，鸣人悲痛万分，为了替自来也报仇，鸣人决定前往妙木山修炼真正的仙术，毕竟，仙法之印和真正的仙术相比，还是有一定差距的。
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和动漫中一样，长门为了得到鸣人体内的九尾，突然袭击了木叶村。
加藤断立刻率领木叶忍者开始了战斗，纲手则利用蛞蝓施展大范围的医疗忍术以减少木叶的伤亡，就连志村团藏都率领“根”的成员战斗在第一线。
木叶此时的战力很强，因此，加藤断并没有利用联络蛙向妙木山求援。而事实也证明，木叶此时的战力真的很强，这场战斗不同于动漫中，木叶并没有处于一边倒的劣势，双方激战了很长时间，一直旗鼓相当。其实，严格说来，木叶其实是占据优势的，要知道，木叶的忍者需要一边保护村民一边战斗，不像佩恩六道可以肆无忌惮。
不过，这样的情况在加藤断倒下之后被打破了。
加藤断倒下了？没错，加藤断失手了。长时间的战斗，使得木叶村被破坏的很严重，因此，加藤断发动了自己的灵化之术开始了攻击。
灵化之术可以将自己灵化成活的灵魂，无视距离穿梭并杀害敌人，亦可以控制对方身体和进入他人精神世界。一般情况下，灵化之术是无解的，但是，当敌人是佩恩六道的时候，就不是一般情况了。
佩恩六道中的人间道能够捕获记忆与灵魂，加藤断在利用灵化之术成功的干掉了修罗道、饿鬼道和畜生道之后，不小心栽在了人间道的手中。不过，加藤断怎么说也是玩了一辈子灵化之术的人，不可能那么轻易的被人间道捕获灵魂，因此，加藤断拼着灵魂被重创，成功的脱身了，但是，灵魂回归身体之后，加藤断就陷入了深度昏迷状态。
加藤断是木叶的五代火影，是木叶的精神支柱，加藤断倒下之后，木叶忍者开始被全线压制。在混乱的情况下，静音被人间道抽出了灵魂——长门得到了鸣人的去向。之后，长门利用神罗天征将木叶夷为了平地。为了保护木叶所有的人，纲手拼尽全力，利用蛞蝓将木叶的所有人包裹了起来，在长门的攻击结束之后，纲手第一时间赶去救治灵魂被重创的加藤断，最终因为查克拉消耗过大，纲手也陷入了昏迷状态。
此时可以说是木叶最危急的情况，好在志麻仙人就在木叶附近采集食材，看到木叶竟然被人夷为了平地，志麻仙人立刻将妙木山的强者以及鸣人通灵到了木叶村。
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